Когда буря прошла, преподобный вернулся на место своего монастыря и деятельно принялся за восстановление его. Он построил трапезный храм в честь святителя Николая, выкопал своими руками пруды. Восстановив внешний вид обители, преподобный достаточно потрудился и над внутренним благоустроением. В обители своей преподобный Иаков ввел строгое общежитие, по правилам которого никто ничего не называл своим, но все считал общим. При этом подвижник, без сомнения, руководился примером своего наставника.
Преподобный был весьма милостив и нищелюбив, так что в обители его находили себе приют и успокоение все нуждавшиеся и обездоленные. Особенно много потрудился преподобный в тяжелую годину голода, постигшего костромские пределы после нашествия казанских татар.
После многих лет совместного подвижничества братия упросили преподобного; быть игуменом их. Уступая настойчивым просьбам братии, он принял на себя сан игумена; в то же время получил пожалования для своего монастыря.
После многих лет подвижнической жизни приблизилось время кончины преподобного: он скончался 11 апреля 1442 года. Честное тело его было положено под спудом в основанной им обители.
Великий князь московский Василий Васильевич в 1450 году, после победы над Шемякой под Галичем, приезжал в Железноборовскую обитель и здесь молитвенно благодарил преподобного за успех в борьбе с Шемякой.
По кончине преподобного Иакова начали совершаться при гробе его многоразличные знамения и чудеса. Из числа чудес, совершенных по молитве его, известны следующие.
Нифонт не один год был одержим нечистым духом и потому сильно страдал: он рвал на себе одежду, бросался, как дикий зверь, на людей и доходил до крайней степени бешенства. Часто убегал он в лес и скитался здесь; его близкие находили и приводили его домой, привязывая на цепь, но Нифонт неоднократно разрывал цепи и снова убегал в лес. Один раз, когда он зашел в окрестности обители преподобного Иакова, иноки насильно привели его ко гробу чудотворца. Лишь только больной коснулся гробницы, тотчас же пришел в себя; к нему возвратился здравый смысл, и он, взглянув на икону преподобного, стоявшую при гробнице, начал слезно молиться угоднику Божию, прося исцеления. Слезная молитва была услышана, и Нифонт вернулся совершенно здоровым.
Фотий, человек весьма богатый, затеяв спор с кем-то, произнес клятву. Но Господь наказал его: тотчас же по произнесении клятвы лицо Фотия исказилось и он впал в совершенное расслабление. Три года пробыл несчастный в таком положении. Наконец, родные его решили обратиться за помощью к угоднику Божию Иакову и привезли больного в обитель. Во время молебного пения Фотий громко каялся в грехе своем; в то же время лицо его выпрямилось, члены окрепли и он стал совершенно здоровым.
Один из иноков обители, по имени Феодосий, впал в расслабление и три года лежал на одре своем. Однажды в сердечном умилении он обратился с такой молитвой к угоднику Божию: «Отче Иакове, ты подаешь много различных исцелений у гроба своего. Подай же исцеление от недуга и мне». Вскоре после этого ночью явился Феодосию преподобный и сказал: «Дай обещание Богу, что ты пребудешь в обители моей до своей смерти, и иди к гробу моему». Расслабленный рассказал о видении братии, а братия передали игумену. По приказанию игумена больной инок был принесен ко гробу преподобного. Затем братия начали общую усердную молитву. Когда был отпет молебен, Феодосий сам приложился ко гробу чудотворца и тотчас же стал здоровым. «Пока жив, не выйду из обители!» — воскликнул он и действительно сдержал слово.
Женщина по имени Фотиния совсем ослепла. Не надеясь на помощь человеческую, она решила обратиться за помощью к угоднику Божию Иакову. Будучи приведена в обитель преподобного, она усердно молилась. Теплая молитва ее была услышана: тотчас же по окончании молебна Фотиния прозрела, так что не нуждались уже в посторонней помощи. Игумен приказал ей, в благодарность за исцеление, пробыть близ монастыря в чистоте и воздержании в продолжение сорока дней. Однако Фотиния не исполнила заповеди игумена и потому была наказана преподобным: глаза ее закрылись снова. Раскаявшись в грехе своем, она начала опять слезно молиться угоднику Божию и по его ходатайству перед Богом снова прозрела.
Благодаря этим чудотворениям с начала XVII века преподобный Иаков стал местно почитаться святым угодником Божиим. Вероятно, содействовало этому обретение мощей преподобного, совершившееся 5 мая 1613 года. В 1628 году при одной костромской церкви был придел во имя преподобного. После обретения честные мощи его погребены за левым клиросом соборного храма. На гробнице положены каменный крест и вериги, в которых подвизался преподобный.