Монастырь Святого Спаса существовал внутри Москвы в княжеском дворе до лет благочестивого великого князя Иоанна Васильевича III. Он снова перевел монастырь из града Москвы на новое место над Москвой-рекой, по ту ее сторону, на горе, называемой Крутицы, в расстоянии обозрения от места древнего Даниловского монастыря. Сия снова перенесенная обитель и доныне зовется Спасовой на Новом. Во граде же Москве церковь Преображения Господня была обращена в собор мирских иереев и в ней учреждено протопопство. Сия церковь и ныне зовется Спас на Бору.
Однажды великий князь Иоанн Васильевич ехал мимо места древнего Даниловского монастыря, где почивали честные мощи блаженного князя Даниила. Тогда у одного знатного юноши в полку княжеском споткнулся конь, и он остался один среди пути. И вот внезапно сему юноше явился незнакомый человек. Тот, увидев незнакомца, испугался; явившийся же сказал ему: «Не бойся меня, ибо я христианин, месту же сему господин. Имя мое Даниил Московский. По Божию изволению положен я здесь, на Даниловском сем месте. Иди, юноша, к великому князю Иоанну и скажи ему: “Вот, ты всячески себя утешаешь, зачем же меня предал забвению?” Но если он забыл меня, то Бог мой не забывал меня никогда». Сказав сие, он стал невидим. Юноша тотчас сел на коня своего и скоро догнал великого князя. Видя его ослабевшего, испуганного, осунувшегося лицом, князь сказал ему: «Где ты замешкался и кого испугался? Почему в таком трепете приехал сюда?» Юноша рассказал ему подробно все, что видел и слышал. Великий же князь с того времени уставил петь соборные панихиды и Божественные службы и устроил раздачу милостыни и трапезы по отшедшим душам своих родственников, поживших в благочестии.
Спустя много лет новый великий князь Василий Иоаннович ехал однажды в сопровождении множества своих приближенных. Когда бывший среди них князь Иоанн Михайлович Шуйский приблизился к церкви святого Даниила, где почивали мощи блаженного князя Даниила Александровича, над которыми в древние годы был положен камень, то князь Шуйский наступил на сей камень и начал с него садиться на своего коня. Случившийся тут крестьянин сказал тогда ему: «Господин князь, не дерзай садиться с сего камня на коня своего. Знай, что здесь положен блаженный князь Даниил». Князь Иоанн, видя место Даниловское в небрежении и сочтя обличавшего его крестьянина невеждой, не обратил внимания на слова его и, не подумав, сказал: «Мало ли тут князей!» И стал садиться на коня. Вдруг конь стал на дыбы, пал на землю и испустил дух. Князя же еле живого вытащили из-под коня. Князь раскаялся в своей дерзости и повелел иерею служить молебен, прося прощения за свое прегрешение, и панихиду по блаженном князе Данииле. И вскоре Шуйский выздоровел, по молитвам блаженного и великого князя Даниила.
Во дни царя Иоанна Васильевича, всея Руси самодержца, в городе Коломне проживал купец. Однажды сей купец поехал в лодке с товарами ко граду Москве и с ним был его юный сын. Сего юношу постигла тогда такая сильная болезнь, что отчаялись в его спасении, и он был при последнем издыхании. Когда купец с сыном приплыли к церкви, где почивали честные мощи блаженного и великого князя Даниила, купец принес своего больного сына ко гробу князя и велел иерею той церкви петь молебен, а сам с великой верой и обильными слезами стал молиться Богу, призывая в молитве святого князя Даниила, прося продления жизни своему сыну, которого и возложил на честный гроб князя Даниила. И тотчас сын его, как бы пробудившись от сна, стал здоровым. Тогда он взял своего исцеленного сына и пошел в путь, славя Бога и святого князя Даниила. С тех пор отец сильно уверовал в святого угодника и каждый год в день исцеления своего сына приходил ко гробу святого, совершал там молебны и творил милостыню.
Царь Иоанн Васильевич, видя то место Даниловское, где почивали честные мощи блаженного князя Даниила, в небрежении и забвении, сам стал ежегодно приходить к мощам сим, и митрополит со священным собором установили совершать там ежегодно панихиды и службы о святом. Царь повелел там устроить каменную церковь и воздвигнуть монастырь, собрать иноков и составить общее житие.
В 1652 году 30 августа обретены нетленными мощи святого князя Даниила и по повелению великого государя царя и великого князя Алексея Михайловича перенесены в храм во имя святых отец Семи Вселенских Соборов обители святого Даниила, где и доселе сии мощи видимы всем приходящим и почитающим их. По молитвам святого и блаженного князя Даниила помилуй нас, Христе Боже наш, ныне и присно и во веки веков. Аминь.