Псковская Церковь, подчиненная в то время Новгородскому архиепископу, доставила немало хлопот и огорчений святому Евфимию. В 1435 году он прибыл в Псков, как жалуется местный летописец, не в установленное время, но когда захотел сам. Это вызвало неудовольствие во Пскове. Псковичи просили Владыку остаться до Недели Православия и совершить торжественную Литургию с Чином Православия. Но владыка почему-то не пожелал исполнить эту просьбу и потребовал подати, которые собирались с духовенства и мирян. Псковичи отказали ему. Не понравилось последним и то, что святитель не думал считаться со стариной: поставил в Псков наместника и печатника из новгородцев, а не из псковичей, которые судили по-своему. Неповиновение пасомых так огорчило святителя, что он, пробыв всего одну неделю, покинул Псков. Одумавшиеся князь, посадники и бояре псковские нагоняют владыку в пути, бьют ему челом, просят вернуться, что он и исполнил. Псковичи дали владыке подати. Но споры его духовенства — «софьян» — с псковичами закончились схваткою.
Это еще более огорчило святого Евфимия, и он уехал, отказавшись от поднесенных ему даров. Раздор прекратился в 1447 году, когда псковские послы прибыли в Новгород, били челом владыке и всему Новгороду о заключении мира по старине и целовали крест. В 1453 году святой Евфимий приезжает в Псков, в кафедральном соборе во имя Живоначальной Троицы совершает торжественный Чин Православия, получает пошлины и с великою честью выезжает из Пскова. То же повторилось четыре года спустя.
В особенных откровениях Божиих, бывших, по сказанию летописца, в святительство Евфимия, можно усматривать как бы одобрение свыше деятельности архиепископа. В 1439 году ночью пономарь Аарон, находясь в соборе Софийской церкви, наяву видел всех бывших святителей Новгородских, как они прошли из притвора в алтарь, потом, один за другим по старшинству, вышли из алтаря и перед иконою Корсунской Божией Матери около часу совершали молебное пение. Голоса поющих были ясно слышны, но слов Аарон разобрать не мог. Когда узнал об этом архиепископ Евфимий, то прославил Бога, говоря: «Не оставил Бог места сего, молитв ради всех святых архиепископов».
Архиепископ служил соборную литургию и панихиду по всем святителям и установил на будущее время ежегодное поминовение архипастырей 4 октября. По случаю этого торжества святой Евфимий устроил почетный пир соборянам, подавал неоскудную милостыню нищим.
В том же году чудесным образом обретены были мощи святого архиепископа Иоанна. При возобновлении Софийского собора в притворе его открыт был гроб с нетленными мощами, но никто не знал, чьи были эти мощи. По молитве святого Евфимия ночью явился ему некий муж и сказал: «Я тот Иоанн архиепископ, которого открыт гроб и который послужил чуду Богоматери в 1170 году».
Тогда же позлащены владыкой гробы ктитора соборного святого князя Владимира Ярославича и матери его святой княгини Анны и вся Софийская соборная церковь была обелена снаружи известью, поставлена новая каменная звонница и проч.
Нельзя пройти молчанием забот святителя Евфимия и об умножении богослужебных и священных книг. Еще и ныне целы книги, списанные по его воле и поручению: Служебник, Устав, Минеи месячные (ноябрь, июнь, февраль и апрель) и праздничные и Октоих.
Так в трудах и подвигах приближался святитель Евфимий к старости и к закату дней своих. Указавши место погребения своего в Вяжицах, архиепископ с особенною любовью относился к обители Вяжицкой — месту своего иноческого пострижения. Воздвигнув там великолепный храм во имя святителя Николая, владыка постоянно украшал его и иконами, и добротами, и всякими деяниями, а бояре, вельможи новгородские и все народное множество не забывали обители милостыней и приношением. Было у владыки желание, соревнуя ему, построить при жизни своей в том же монастыре теплый храм с трапезой во имя святого апостола Иоанна Богослова. Бог помог исполниться этому желанию. В Великом посту заложили церковь, а в день Воскресения Христова братия уже вкушали пищу в новой трапезе. Владыка захотел расписать церковь, но живописцы говорили, что стены еще сыры и писать нельзя. Владыка не хотел слушать их, велел приступить к делу, сам же молил Бога: «Господи Вседержителю, даруй мне хоть один день видеть церковь возлюбленного Твоего с трапезою совершившуюся и тогда, как Сам хочешь, сотворишь».