Ко дню Сошествия Святого Духа все работы были окончены, и святитель Евфимий с радостными слезами восклицал: «Благодарю Тебя, Господи Человеколюбче, что Ты не оставил прошение раба Твоего, но сподобил меня, как Творец и Владыка мой, то, что я желал видеть, узреть сегодня своими очами».
Каждый год владыка Евфимий имел обыкновение проводить в своем любимом Вяжицком монастыре всю первую седмицу Великого поста. Не случилось этого только в 1458 году, в год блаженной кончины архиепископа. В последнее воскресенье перед Великим постом пришли к архиепископу посадники, бояре, игумены, священники и все множество народное дать обычное целование с прощением при наступлении Великого поста. Архиепископ, как чадолюбивый отец, всех прощал и милостиво учил, сколько можно, в чистоте проводить Великий пост, удаляться особенно пьянства, от которого происходит все зло. А когда наступил вечер, то, преподавши всем мир и благословение, архиепископ вышел из города и направился не в Вяжицкую обитель, а в монастырь Пречистой Богородицы на Лисичьей горе, откуда взят был на святительство. Придя в обитель, святитель разболелся, но всю седмицу постился и ходил на соборное пение. Все видели его телесные страдания, но ничего скорбного не было на лице у него: оно светилось радостью человека, как будто возвратившегося в свое отечество из дальних чужих стран, он радовался, что дух его разрешается от телесных уз. Перед кончиной своей он преподал всем благословение и прощение, сам испросил у всех прощение, причастился Святых Пречистых Таин, воздал хвалу Богу за все, тихо и мирно предал Господу честную и святую душу свою в 11-й день месяца марта в нощи. При кончине распространилось благоухание от тела архиепископа, а при помазании тела его найдены на нем тяжелые вериги («подобно схиме»), которых никто не видал на нем при жизни его.
Быстро распространилась весть о кончине любимого святителя. Многое множество народа и духовенства, подобно быстротечному потоку, устремилось по всем путям к обители на Лисичьей горе. Плач и скорбь были великие. С любовью, славой и честью перенесли тело архиепископа в собор святой Софии Премудрости Божией и там отпели его, а затем, согласно его завещанию, отнесли для погребения в Вяжицкий монастырь. Найденные на теле святителя вериги были повешены около гроба; «от них многие различные исцеления по молитвам святого бывают, — говорит древний жизнеописатель святителя Евфимия, — особенно страждущих студеною болезнию».
Находясь в предсмертной болезни и желая получить от митрополита Ионы последнее прощение всех своих согрешений и благословение в сей век и будущий, архиепископ Евфимий незадолго до своей кончины послал к митрополиту своего слугу с умилительным посланием и известием о своей тяжкой болезни. Митрополит сердечно отнесся к болезни святителя и послал ему разрешительную грамоту с священноиноком Евмением. Был уже шестнадцатый день со времени кончины архиепископа, когда прибыл инок Евмений. Открыли гроб святителя. Тело блаженного отца было светло, цело и не подверглось тлению. Как спящий, лежал он во гробе, «показуя душевную чистоту свою». Дивились все видимому чуду, а инок Евмений воскликнул: «Я уразумел воистину, что Бог сохраняет Великий Новгород и это святое место молитвами сего святителя».
Была прочитана разрешительная грамота и вложена в руку святителя, десная же рука его оставлена благословляющей, и гроб был закрыт.
Бог прославил святого Евфимия не только в жизни его, но и по смерти. Вскоре после кончины стали истекать чудеса от его гроба. Перечислим некоторые из них.
Игумен Вяжицкого монастыря Варлаам одержим был студеною болезнью, но помолился у гроба святителя Евфимия, возложил на себя железную его схиму, и тотчас болезнь прекратилась.
Сын одного боярина Матфея Иоанн одержим был три года головною болезнью, и никто не мог его исцелить; придя в Вяжицкий монастырь, поклонился святителю Николаю и гробу блаженного Евфимия, возложил на себя железную схиму, и постепенно болезнь утихла, и он был здоров, как будто никогда и не болел.
Келарь Вяжицкой обители Митрофан, вставая к утреннему славословию, сделался нем и почувствовал во всем теле расслабление; знаками показывал на гроб святителя и на голову; братия принесли к нему железную схиму святителя Евфимия; Митрофан с великою верою возложил ее на себя и много молился святому; затем он уснул и пробудился здоровым и ясно говорящим.
Служитель Новгородского архиепископа Ионы Захария 6 месяцев одержим был студеною болезнью, прибыл в монастырь, помолился святителю и исцелился. Через два дня, не слушаясь увещаний игумена и братии, пошел в город и на дороге снова подвергся той же болезни в сильной степени.