Но сложности на этом не кончились. Прибывший в Киев осенью 1161 года митрополит Феодор умер весной следующего года. По примеру святого Андрея Боголюбского (память 4/17 июля), пытавшегося в это время провести в митрополиты своего сподвижника епископа Феодора, святой Ростислав выдвинул своего кандидата, которым вновь оказался многострадальный Климент смолятич.
Тот факт, что великий князь изменил свое отношение к митрополиту Клименту, проникнутому идеей русской автокефалии, объясняется влиянием Киево-Печерского монастыря и особенно архимандрита Поликарпа. Архимандрит Поликарп, блюститель печерских преданий (в 1165 году он стал настоятелем обители), был самым близким к святому Ростиславу человеком.
Князь Ростислав, окруженный счастьем, не пленялся ничем земным. Никогда не искал он власти, а только принимал ее, когда вручали, и притом как тяжесть. Незлобие его прощало все другим; он помнил о своих грехах, о своих долгах перед Богом и забывал о том, чем должны ему другие. Он постоянно заботился о том, как угодить Господу. Святой Ростислав имел благочестивый обычай приглашать по субботам и воскресеньям Великого поста к своему столу печерского игумена с шестнадцатью иноками и сам им прислуживал. Часто говорил он печерскому игумену: «Приготовь мне келлию, боюсь смерти неожидаемой», — и сам в каждое воскресенье поста приобщался Святых Таин. Ему очень хотелось уклониться от сует жизни в Печерскую обитель, не раз говорил он о том печерскому игумену. Игумен останавливал его, указывая на то, что дело князя — ограждать покой людей правосудием и мечом, наконец предложил ему предоставить себя воле Божией.
Печерские иноки, пользовавшиеся огромным духовным влиянием в Древней Руси, поддерживали в князе мысль о независимости Русской Церкви. Тем более что епископы из греков были в эти годы на Руси даже под подозрением относительно их православности, в связи с известным «спором о постах» (леонтианская ересь). Но благочестивое желание святого Ростислава добиться у патриарха благословения русского митрополита Климента не осуществилось. Греки считали право назначения митрополита на Киевскую кафедру своей важнейшей привилегией, что объяснялось не столько церковными, сколько политическими интересами империи. В 1165 году в Киев прибыл новый митрополит — грек Иоанн IV, и святой Ростислав из смирения и церковного послушания принял его. Новый митрополит, подобно своему предшественнику, управлял Русской Церковью менее года († 1165). Киевская кафедра вновь осталась вдовствующей, а великий князь был лишен отеческого совета и духовного окормления со стороны митрополита. Единственным духовным утешением его было общение с игуменом Поликарпом и святыми старцами Киево-Печерского монастыря и Феодоровского монастыря в Киеве, основанного его отцом.
В 1167 году, несмотря на старость свою, отправился он в Новгород, чтобы утвердить там сына своего Святослава. На дороге смоленские послы встретили его за 300 верст от Смоленска; потом жители всех сословий приняли его с подарками: так любили добродетельного старца-князя в Смоленске. В Великих Луках взял он клятву с послов новгородских забыть неудовольствия на сына его и разлучиться с ним одною смертью. Вольным прибыл он на возвратном пути в Смоленск. Сестра и сын уговаривали его остаться в Смоленске, чтобы быть погребенным в храме, им созданным. «Везите меня в Киев, — отвечал он, — если умру на дороге, положите меня в отчем монастыре у святого Феодора, если Бог исцелит меня молитвами Пречистой Своей Матери и святого Феодосия, постригусь в Печерском монастыре».
Бог не судил исполниться давнему желанию Ростислава — окончить жизнь иноком святой обители. Блаженный князь скончался на пути в Киев, с тихою молитвою на устах. «Ныне отпусти раба Своего, Владыко, по глаголу Твоему с миром», — это были последние слова, и слезы остановились на застывшем лице его. Праведник почил 14 марта 1167 года (в других источниках указан 1168 год.) Тело его, согласно завещанию, было положено в Киевском Феодоровском монастыре.