Вместе с этими трудами проходила и незримая молитвенная жизнь святого. В Почаевской Лавре до сих пор сохраняется пещера, где в течение нескольких суток стоял на молитве преподобный Иов. В одну из ночей во время молитвы святого свидетели видели необычайный свет, озаривший пещеру. Кроме молитвы и богомыслия преподобный занимался физическим трудом. Он работал в монастырском саду, при его участии были вырыты два пруда вблизи обители. В период военных действий Богдана Хмельницкого против Речи Посполитой преподобный Иов давал многим людям убежище в своем монастыре. Известно также, что преподобного избрали своим духовником многие влиятельные люди того времени. Вплоть до 1649 года игуменствовал преподобный Иов, он назначил себе преемника лишь в 98-летнем возрасте, но и после того участвовал в важнейших делах обители. 21 октября 1651 года святой получил откровение о своей близкой кончине. 28 октября он, совершив Божественную литургию, мирно отошел ко Господу.
Преподобный Иов был погребен близ пещеры, где подвизался. Над его могилой часто видели чудесное сияние. Через семь лет после кончины святой Иов трижды явился во сне митрополиту Киевскому Дионисию (Балабану) и известил о том, что пришло время открыть его святые мощи.
28 августа 1659 года нетленные останки преподобного Иова были перенесены в храм Живоначальной Троицы. От них произошло много чудес, например, получил исцеление смертельно больной Досифей, описатель жития святого. В 1675 году по молитве преподобного Иова Матерь Божия спасла Почаевскую обитель от осадивших ее татар и турок. Пресвятая Богородица явилась над Почаевской горой вместе со святым Иовом; стрелы, направляемые в Нее врагами, возвращались назад и поражали тех, кто их пускал. От ужаса перед чудом мусульмане бежали.
В начале XVIII века Почаевская обитель отошла к униатам. Но чудеса исцеления от мощей преподобного Иова не прекращались. Униаты уверовали в святость преподобного, составили ему службу с акафистом и стали просить папу римского канонизировать его. Но папа отказал им по причине ревности святого о Православии.
В 1831 году Почаевская обитель вновь вернулась в ведение Русской Православной Церкви. Чудесные исцеления от мощей преподобного Иова побудили Святейший Синод вторично открыть их, что и было совершено 28 августа 1833 года. В 1858 году на месте пещерной церкви был устроен новый храм во имя преподобного Иова.
Память преподобного Иова Почаевского празднуется также 28 октября/10 ноября.
Возложь на ся иго Христово от юности, преподобне отче Иове, многолетне свято подвизался еси на поприще благочестия во обители Угорницстей и на острове Дубенстем, и, пришед к горе Почаевстей, знаменанней цельбоносною стопою Пресвятыя Богородицы, в тесней пещере каменной богомыслия ради и молитвы многократно заключался еси, и, благодатию Божиею укреплялся, мужественно потрудился еси на пользу Церкве Христовы и обители твоея, купно же и противу врагов Православия и благочестия христианскаго, и, наставив сицевому ополчению иночествующих, победити тех представил еси Владыце и Богу. Того моли спастися душам нашим.
Возсия от спуда земнаго сокровище нетленное мощей твоих, угодниче Божий, яко, благочестно пожив в вере Христа Бога нашего, достигл еси добродетелей совершенства, и, оставив сладость жития преходящаго, в пещере горы Почаевския в пощениих, молитвах и трудех свято подвизался еси, и теми тело твое увядил еси. Ныне же, прешед к Богу в безмятежный и вечный покой, молишися о всех с верою к тебе прибегающих. Радуйся, Иове, преславный угодниче Божий и обители Почаевския украшение.