Андрей Завалишин не смог умолчать о подвижнике, несмотря на данное ему обещание. Широко разнеслась слава праведника, и к нему стали собираться иноки. Тогда преподобный уединился от всей братии и устроил себе «отходную пустынь» в 130 саженях от общего жилища. Там ему встретилось множество искушений. Бесы принимали звериный облик, свистели по-змеиному, понуждая преподобного бежать. Но молитва святого, словно огненный пламень, палила и разгоняла бесов.
В 1508 году, на 23-м году пребывания преподобного в заповеданном месте, ему было явление Живоначальной Троицы. Преподобный ночью молился в отходной пустыни. Вдруг воссиял сильный свет, и преподобный увидел вшедших к нему Трех Мужей, облаченных в светлые, белые одежды. Освещенные Небесной славой, Они сияли чистотой ярче солнца. Каждый из них держал в Своей руке жезл. Преподобный пал в страхе, а придя в себя, поклонился до земли. Подняв его за руку, Мужи сказали: «Уповай, блаженне, и не бойся». Преподобный получил повеление построить церковь и устроить обитель. Он снова пал на колени, взывая о своем недостоинстве, но Господь восставил его и повелел исполнить указанное. Преподобный спросил, во имя кого должна быть церковь. Господь же сказал: «Возлюбленный, как видишь Говорящего с тобою в Трех Лицах, так и созижди церковь во Имя Отца, и Сына, и Святого Духа, Единосущной Троицы. Я оставляю тебе мир и мир Мой подам тебе». И тотчас преподобный Александр увидел Господа с простертыми крылами, словно по земле ходящего, и Он стал невидим. В истории Русской Православной Церкви это Божественное нисхождение известно как единственное. После этого явления преподобный стал думать, где строить церковь. Однажды во время молитвы к Богу он услышал голос свыше. Посмотрев в высоту, преподобный увидел Ангела Божия в мантии и куколе, подобно тому, как видел преподобный Пахомий Великий. Ангел, стоя в воздухе с простертыми крылами и воздетыми руками, произносил: «Един Свят, Един Господь Иисус Христос, в славу Бога Отца, аминь». И потом обратился к преподобному: «Александр, на этом месте да созиждется церковь во имя явльшегося тебе в Трех Лицах Господа, Отца, и Сына, и Святого Духа, Нераздельной Троицы». И, трижды перекрестив место, Ангел стал невидим.
В том же году была построена деревянная церковь Живоначальной Троицы (в 1526 году на ее месте воздвигнута каменная). Сразу же по построении церкви братия стали упрашивать преподобного принять священство. Он долго отказывался, считая себя недостойным. Тогда братия стали молить святителя Серапиона, архиепископа Новгородского († 1516; память 16/29 марта), чтобы он убедил преподобного принять сан. В том же году преподобный ездил в Новгород и получил посвящение от святителя. Вскоре затем братия умолили преподобного принять игуменство.
Став игуменом, преподобный сделался еще смиреннее, чем прежде. Одежда его была вся в заплатах, спал он на голом полу. Сам готовил пищу, месил тесто, пек хлеб. Однажды не хватило дров и эконом просил игумена послать из иноков тех, кто празден, за дровами. «Я празден», — сказал преподобный и стал рубить дрова. В другой раз так же начал носить воду. А ночью, когда все спали, преподобный обходил келлии и, если слышал где суетные разговоры, легонько стучал в дверь и уходил, а утром наставлял братию, налагая епитимию на виновных.
Под конец жизни преподобный Александр задумал построить каменный храм Покрова Пресвятой Богородицы. Было заложено основание храма. Однажды вечером, после совершения акафиста Пресвятой Богородице, преподобный сел отдохнуть в келлии и вдруг сказал келейнику Афанасию: «Чадо, трезвись и бодрствуй, потому что в этот час будет чудное и ужасное посещение». Послышался голос, подобный грому: «Се Господь грядет и Рождшая Его». Преподобный поспешил в предсение келии, и его осиял великий свет, распространившийся над всем монастырем ярче солнечных лучей. Посмотрев, преподобный увидел над основанием Покровской церкви сидящую на алтарном месте, словно царица на престоле, Пречистую Богородицу. Она держала Младенца Христа на Своих руках, а множество ангельских чинов, блистающих неизреченной светлостью, предстояло Ей. Преподобный упал, не стерпев великого света. Богородица сказала: «Восстань, избранник Сына и Бога Моего! Ибо вот пришла посетить тебя, возлюбленный Мой, и посмотреть основание Моей церкви. А за то, что молился об учениках и обители твоей, вот отныне всем она будет изобиловать; и не только при жизни твоей, но и по отшествии твоем неотступно буду от обители твоей, подавая неоскудно все потребное. Смотри же и наблюдай тщательно, сколько иноков сошлось в твою паству, которые тобою должны быть наставлены на путь спасения о Имени Святой Троицы». Преподобный встал и увидел множество иноков. Матерь Божия снова сказала: «Возлюбленный Мой, если кто и один кирпич принесет на построение церкви Моей, во Имя Иисуса Христа, Сына и Бога Моего, не погубит мзды своей». И Она стала невидима. Перед своей кончиной преподобный проявил удивительное смирение. Он призвал братию и повелел ей: «Свяжите тело мое грешное по ногам веревкой и отволочите его в болотную дебрь и, закопавши во мху, потопчите своими ногами». Братия отвечали: «Нет, отче, не можем сотворить этого». Тогда преподобный указал не хоронить его тело в обители, но в «отходной пустыни», у церкви Преображения Господня. Прожив 85 лет, преподобный 30 августа 1533 года отошел ко Господу.