При сыне Иоанна III великом князе московском Василии Иоанновиче (1505-1533) произошло событие, описанное в Степенной книге. Однажды великий князь с многочисленной свитой, в которой находился князь Иоанн Михайлович Шуйский, был в Даниловом монастыре и проезжал недалеко от места захоронения благоверного князя Даниила. Шуйскому нужно было сесть на коня, и он решил сделать это с надгробного камня на могиле святого Даниила. Оказавшийся поблизости некий благочестивый христианин сказал Шуйскому: «Господине княже! Не дерзай с камни сего всести на конь свой. Ведый буди, яко лежит ту великий князь Даниил». Гордый же князь не послушал совета и, встав на камень, хотел сесть на коня. Неожиданно конь вздыбился и упал мертвым на землю, подмяв седока, едва оставшегося в живых после падения.
В царствование Иоанна Васильевича Грозного (1533-1584) на могиле князя Даниила получил исцеление умирающий сын коломенского купца. Иоанн Грозный установил ежегодно совершать крестный ход к могиле благоверного князя Даниила и служить о нем панихиды. Он же издал указ о построении в запустевшем к тому времени монастыре двухэтажной каменной церкви, братских келлий, пополнении обители иноками и устройстве монашеского общежития.
В 1652 году царь Алексий Михайлович (1645-1676) по повелению явившегося ему благоверного князя Даниила совершил торжественное открытие мощей святого. 30 августа патриарх Никон с собором епископов и царь Алексий Михайлович с придворными открыли могилу благоверного князя и обрели честные мощи нетленными. В то же время среди многочисленного народа произошло немало чудесных исцелений. Святые мощи были торжественно перенесены в монастырский храм в честь святых отцов Семи Вселенских Соборов и положены в специально приготовленной деревянной гробнице напротив правого клироса. Тогда же благоверный князь Даниил был причислен к лику святых и ему было установлено общецерковное празднование 4/17 марта — в день блаженной кончины и 30 августа/12 сентября — в день обретения нетленных мощей.
Явися, яко звезда пресветлая, благоверне и преподобне княже Данииле, в богопорученном твоем граде Москве в жизни временней и просветися воздержанием, и всенощным стоянием, и постом, и молитвою, и слезами ко Всемилостивому Спасу за град свой Москву и за вся страны Российския земли. И по преставлении твоем честныя твоя мощи источают исцеления неоскудно приходящим с верою, темже вопием ти: моли Христа Бога спастися душам нашим.
Явился еси в стране нашей, яко звезда пресветлая, благоверне княже Данииле, лучами света твоего озаряя град твой и обитель твою, людем православным поборник еси, пленным свободитель и нищим защититель. Моли Христа Бога державе Российстей даровати мир и спасти души наша.
Идеже поется служба вкупе обоим преподобным и благоверным князем Александру Невскому и сыну его Даниилу Московскому, тропарь, глас 3
Преподобнии и благовернии князие Александре и Данииле, молите Милостиваго Бога отечеству вашему земному всегда в Православии и благочестии пребывати и всем русским людем в мире спастися.
Красоту мира сего, княже и славу яко временная помышляя, и сего ради благочестно в мире пожил еси, блаженне княже Данииле, милостию и молитвами, и иночеством Богу угодив, и по преставлении своем чудес дар приим от Христа Бога, и светильник явися пресветлый, просвещая своими чудесы, приходящим с верою подаеши скорое здравие и от бед избавляеши. Темже Христова Церковь песньми славит тя, благочестивый княже Данииле, царствующему твоему граду Москве великое утверждение.
Еже по образу соблюд непреложно и яже в мире тленное оставив, со Ангельскими лики предстоиши Христу, преподобне княже Данииле, никакоже забывая чад твоих, но милостивно посещая и глаголя им: аз есмь с вами и никтоже на вы.
Церкве Христовы похвало высокая, граду Москвы стено необоримая, державы Российския божественное утверждение, преподобне княже Данииле! К раце мощей твоих притекающе, усердно молим тя: призри на нас, память твою воспевающих и с верою под кров молитв твоих прибегающих. Пролей теплое твое ходатайство ко Спасу всех, яко да утвердит миром страну нашу, грады и веси ея и обитель сию добре да сохранит, благочестие и любовь в людех твоих насаждая, злобу же, междоусобие и нравов развращение искореняя; всем же нам вся благая ко временному животу и вечному спасению даруй молитвами твоими, яко да прославляем дивнаго во святых Своих Христа Бога нашего во веки веков. Аминь.