В том же 1694 году совершилось новое чудо. Верхотурский воевода Иоанн Циклер сам рассказал о сем преосвященному митрополиту Тобольскому Игнатию, который прибыл в Верхотурье для освящения вновь построенного храм во имя Пресвятой Троицы.
Один из его слуг, по имени Петр, объезжал коня. Вдруг конь взбесился, сбросил с себя Петра, раздробил ему на одной ноге кость. Петр даже не мог сам приподняться с земли, нога его сильно распухла. Страдая, он дал обет сходить в село Меркушино, отслужить молебен святому Михаилу Архангелу и отпеть панихиду над гробом нового чудотворца. Но вследствие сильной боли он не мог отправиться туда пешком. «Посему он обратился ко мне с просьбой, чтобы я позволил ему ехать в Меркушино и дал лошадей, что я и приказал тотчас же исполнить», — рассказывал Циклер митрополиту.
В Меркушине, по просьбе Петра, сначала отслужили молебен Архистратигу Михаилу, затем панихиду над гробом праведника. Петр взял земли с гроба святого и стал ею растирать ушибленное место. В это время и совершилось чудо по неизреченной милости Божией. Тотчас болезнь Петра прекратилась, опухоль опала, и он стал ходить, как будто никогда и не хворал. Все видевшие это чудо прославили Господа, Его великого Архистратига Михаила и вновь просиявшего праведника.
Вскоре было совершено первое освидетельствование святых мощей праведного. Вышеназванный митрополит Тобольский Игнатий, объезжая епархию, направлялся из Пелыми в город Верхотурье, где он намеревался освятить соборный храм. Прибыв в деревню Караульное на расстоянии семь верст от Меркушина, он остановился здесь на некоторое время. Здесь к нему приступил игумен Далматовской обители Исаак и сказал: «Недалеко отсюда стоит село Меркушино с храмом во имя святого Архистратига Михаила; при сей церкви находится выходящий из земли гроб. Не благоизволишь ли, владыка, сам осмотреть сей гроб? Уже немало чудес и знамений совершилось у него».
Но митрополит сам не хотел свидетельствовать гроб, а послал для того в Меркушино Исаака, игумена Далматовского, и вместе с ним ключаря Тобольского собора иерея Иоанна, другого иерея Иоасафа, диакона Петра и иеродиакона Далматовского монастыря Василида. Посланные быстро достигли села Меркушина и приступили к освидетельствованию гробницы с останками праведника. Их взорам представилось все тело праведника: глава, перси, ребра, стан и ноги — все оставалось в целости, кожа словно приросла к костям, только немногое обратилось в персть. Сие первое освидетельствование последовало 18 декабря 1694 года.
Тем времени и митрополит, выслушав утреннее славословие в Караульном, направился с остальными своими спутниками в село Меркушино, ибо путь в город Верхотурье лежал через это селение. Прибыв в Меркушино, митрополит посетил церковь во имя Архистратига Михаила. Потом он спросил игумена Исаака: открывали ли они гробницу и что в ней обрели? Сам митрополит был в нерешимости и недоумении, когда услышал ответ игумена. Но милосердый Господь вскоре положил предел его колебаниям. В тот же самый день митрополит почувствовал боль в левом глазу. Преосвященный сначала подумал, что болезнь его произошла от зимней стужи и ветра. Но вдруг, словно молния, блеснула у него мысль, что болезнь постигла его за то, что он не хотел сам освидетельствовать мощей праведника. Тогда он стал молиться и взывал: «Помилуй мя, Господи, и исцели мое око. И ты, святый праведник, не гневайся на меня. Я обещаю, что после Божественной литургии, если тебе будет угодно, я сам приду к святым мощам твоим и сам воззрю на них». Тотчас же боль утихла, и он опять стал хорошо видеть своими глазами. Согласно со своим обещанием преосвященный после литургии вместе с игуменами, священниками и диаконами отправился к явленному гробу. Раскрыв гроб с подобающим благоговением, он нашел то же, что ему сообщил игумен Исаак: он увидел, что все тело праведника совершенно цело, только не сохранилось перстов на руках. Кости были плотно покрыты плотью, так что исполнилось слово Писания: Прильпе кость моя плоти моей (Пс. 101, 6), погребальные же пелены обратились в прах. Тогда исполненный благоговения митрополит провозгласил: «Свидетельствую и я, что воистину это мощи праведного и добродетельного человека; во всем подобны они мощам древних святых. Сей праведник подобен Алексию, митрополиту Московскому, или же Сергию Радонежскому, ибо он сподобился от Бога нетления, подобно сим светильникам веры православной!»