По отъезде из Кривцов послушник Онисим доставил много беспокойства святому Афанасию и даже порывался бежать от него, говоря: «Вернемся в Литву, ибо здесь погибнем. Для чего мы терпим такую беду и добровольно отдаем себя еще большим опасностям? Настойчиво стремишься ты быть в столице Московской, не будешь, не будешь!» Преподобный, обратившись про себя с молитвой к Господу и Пречистой Богородице, тихо сказал своему спутнику: «Милый брат, побойся Бога! Ты ведь сам слышал и видел немало Божиих чудес над нами; зачем же не рассудительно поступаешь?» И обстоятельнее раскрыв перед ним Божественное попечение о них обоих, наконец, сказал: «Нам спутешествуют Пресвятая Богородица по обещанию Своему и Ангел Хранитель наш, которого я ясно видел в лице Неемии, диакона купятицкого».
Выслушав это, Онисим попросил у святого прощения и с того времени спутники ехали в полном согласии.
Когда спутники прибыли в Карачевский Воскресенский монастырь, его игумен принял их с любовью и посоветовал взять пропуск к царю от местного воеводы. Выслушав рассказ путников, воевода произнес: «Дивны судьбы Божии! Я об них выведывать не хочу, а каждому деянию Божию простым сердцем верую». И дал им лист и проводника до самой столицы. «Чудесным образом, — говорит преподобный, — доехавши до Московской столицы, будучи за рекою Москвою, на Ордынской улице, в гостинице, и по всей правде написавши историю того, что происходило по дороге по указанию Божию (как Тому верую по простоте сердца), подал ее царю московскому на укрепление, охрану и распространение православной веры». Вероятно, история чудесного странствования святого Афанасия, поданная Михаилу Феодоровичу, пришлась вполне по душе благочестивому царю, и ее составитель, святой Афанасий, был отпущен домой с богатой милостыней на сооружение церкви во имя Пресвятой Богородицы Купятицкой. Из Москвы преподобный и его спутник выехали в Неделю Вербную (1638 г.) через Можайск и Вязьму до Дорогобужа, а отсюда Днепром на челноке через Смоленск и Оршу до Могилева, из Могилева 16 июня «возом» через Минск на Вильно и прибыли в Купятицы 16 июля 1638 года.
Скоро после того, в 1640 г., монашествующие Брестского Симеонова монастыря просили настоятеля Купятицкого прислать им на игуменство одного из двух лиц: Афанасия Филипповича или Макария Токаревского: Иларион Денисович, не желая пускать от себя ни одного из дорогих трудников, отправил третье лицо, и брестские иноки не приняли его. Тогда решено было кинуть жребий, кому ехать в Брест, Макарию или Афанасию, и по воле Божией жребий пал на святого Афанасия. Расставаясь с ним, Иларион Денисович написал брестским инокам, что «с великой скорбью» отпускает к ним «половину себя самого» и при этом прибавил: «Спостраждите во всем ему, да со Христом воцаритеся».
По прибытии в Брест на игуменство преподобный прежде всего занялся разысканием старинных грамот, епископских и королевских, которыми утверждались разные права и преимущества за вверенным монастырем. Усмотрев из сих грамот, что «уния со старым Римом, принятая вопреки законам Церкви Восточной, проклята навеки, я, — говорит Афанасий, — открыто в церкви и в разных местах объявлял об этом». Открытое заявление произвело столь сильное действие, что, по словам преподобного, «в месте том Берестейском и во всем округе того воеводства униаты начали испытывать величайшую тревогу». В следующем (1641) году, в сентябре, святой Афанасий отправился на сейм, то есть на собрание государственных чиновников, в Варшаву и выхлопотал у короля Владислава IV (1632-1648) за его собственноручной подписью грамоту (привилегий), которой подтверждались все старые преимущества православного братства в Бресте и обеспечивалась на вечное время полная свобода богослужения и обрядов по уставу Восточной Церкви. Но по законам царства Польского королевский привилегий не мог иметь силы без утверждения его печатью коронного канцлера или подканцлера. Святой Афанасий молился об этом и даже предлагал деньги, но напрасно.
«Будете все униатами, — говорили хранители печатей просителю, — так мы и даром запечатаем; знайте, что нам от святого отца, Папы Римского, под клятвой запрещено умножать здесь греческую веру».
Тогда преподобный обратился за советом и помощью к православным, сначала к влиятельным духовным особам, прибывшим на сейм. Но и здесь не нашел он поддержки, так как каждый из них был занят исключительно своими частными делами и выгодами. «Остальные отцы и монахи, — замечает преподобный, — все приехали со своими личными побуждениями и говорят одно: у меня довольно церквей, как себе кто хочет, так пусть и хлопочет, это не мое дело. О полном и общем успокоении веры православной даже нет и помину». Проникнутый мыслью «о полном и общем успокоении», святой Афанасий чутко прислушивался к жалобам на унижение Православной Церкви, которые раздавались отовсюду и были принесены в Варшаву приехавшими на сейм по разным делам горожанами. Трогательными чертами со слов православных мирян описывает преподобный бедствия Православной Церкви в Польско-Литовском государстве: «Даже и за деньги нельзя иметь свободы в отеческом благочестии и поступать, как требует совесть православных людей. О, горе! Живут дети без крещения, взрослые — без венчания, а умерших хоронят крадучись, ночью, в полях, огородах, погребах. Здесь, в христианском государстве, православные люди терпят больше стеснений, чем в турецкой неволе. Бедные оршане потому только, что в своем братстве устроили новую церковь, должны были дать за печать двести червонцев». Пораженный грустью при мысли об этих притеснениях православных, святой Афанасий однажды говорил сам себе: «О, Боже правый! Весы беззакония упали до самого края; уже и отцы наши старшие не пекутся о вере православной, об утверждении славы Божией; все как будто стыдятся ее, а что хуже всего — некоторые, обольщенные латиной и высокоумием, из-за почестей и свободы света сего, безрассудно перекидываются от истинной веры к другой вере и, как бы хромая, возглашают: «О, и та и эта вера добра», а этого быть не может, чтобы существовало много вер добрых, ибо написано: Един Господь, едина вера, едино крещение (Еф. 4, 5)».