Сівши на великому тому всеросійського пастирства престолі, Иона святий почав подвійно чинити подвиг і труди до трудів докладати, велику маючи турботу, аби всюди благочестя виправити, через що без лінивства богонатхненне учення поширював, писання посилаючи. І як справжній пастир православну утверджував віру, як же в самих посланнях його просторо знаходимо. Велике мав старання, щоб Богом вручене йому стадо пильнувати без шкоди. Дарував же йому Бог і чудотворення благодать — недуги зцілювати і майбутнє передрікати. Великого князя донька на ім'я Анна при смерті була — молитвою від хвороби зразу в здоров'я перемінив. Один же чоловік із заздрости диявольської невір'ям був одержимий до святого, говорив, що не молитвою митрополитовою велика княжна одужала, але ж як сама по собі та хвороба прийшла, так сама по собі і відійшла. Блаженний же, прикликавши чоловіка того, повчив його не злословити на Благодать Духа Святого і сказав йому: "Дитино, не сумнівайся ні в чому. Те, що неможливе для людей, можливе для Бога. Через віру її батьків, що благочесно правлять державою, понад надію дарував Бог життя дівчині". Він же не послухав, але й більше почав говорити слова образливі. Святий же сказав до нього: "Хай зв'яжеться язик твій лукавий, і хай загородяться хульні твої уста. І нехай замість тої дівчини, що мала померти, ти помреш". І зразу хульник впав на землю безголосий, нічого не міг промовити, лише очима дивився, і через короткий час викинув свою душу, бо насмілився хулити дар Духа Святого, який у великому тому архиєреєві був. Був у великого того отця чернець один на ім'я Пімин, пивничний ключник, йому ж наказано було давати пити тим, що приходили, жебракам немічним. Прийшла до нього одна вдова убога і просила напитися трохи меду через неміч свою. Він же з гнівом відповів: "Іди, жінко, поки не прийде час пиття". І пішла та зажурена. Довідався про те святитель Божий, прикликав Пімина і сказав йому: "Чи не знаєш, брате, яку образив ти вдовицю — Божу угодницю. І за це послав на тебе Бог смертне посічення, іди-бо покайся швидко у гріхах своїх, бо прийде час відходу твого". І звелів духівникові своєму постригти його в схиму. І того ж дня, в який він був у схиму пострижений, переставився Пімин, за словом святителя Божого.
В один час одному зі слуг своїх віддав святий срібла немало, звелів давати милостиню убогим. Той же частину роздав, а частину собі приховав. І прийшла до святого одна вдова убога, кажучи: "Святче Божий, нічого ж мені слуга твій не дав із того, що наказав ти". Святитель же прикликав слугу і сказав йому: "Чому образив удову цю, не давши їй нічого?" Той же сказав: "Я багато разів їй давав, але вона безсоромно просить знову". Удова ж наполягала, казала, що "нічого в тебе не взяла". Слуга ж сказав їй із гнівом: "Іди помри, бо брешеш". Тоді святий сказав йому: "Не буде так, бо вдова ця каже правду, ти ж крадеш і брешеш. Тому вдова нехай жива буде, ти ж помреш". І в ту годину хвороба вогневична охопила слугу того, і він помер. Боярин же один на ім'я Василій, кликали його Кутуз, невірство маючи до святого, не приходив до нього і благословення від нього приймати не потребував. Найшов же на нього біль зубний дуже великий, і страждав люто, ніяк не міг зцілитися. Якось, коли служив архиерей Божий Йона святий Божественну у соборній церкві літургію, трапилося і тому боярину, що на зубний біль страждав, у церкві тоді бути. Після закінчення Святої літургії Йона святий прикликав до себе того боярина Василія, благословив його і просфору дав йому, поучивши його з Божественного Писання. Раптом рукою своєю вдарив його по щоці, що й багато людей у церкві чули звук удару. Василій же, скрикнувши вельми, сказав: "О горе мені, ти мені й останні зуби вибив!" І зразу відчув себе здоровим, зовсім болю зубного не мав. І пішов у дім свій, радіючи, і хвалячи Бога, і хвалячи угодника Його великого святителя Йону.