У рік 6959-ий було з Божого допусту через гріхи наші нашестя безбожних агарян на Руську землю. Один-бо царевич сарацинський із багатьма татарами несподівано в Москву прийшов і передмістя попалив, і до града з усіх боків агарянська приступила сила. Блаженний же митрополит Йона з усім клиром, взявши чесні хрести і святі ікони, мури града з молільним співом обходив, багато сліз з очей випускав у старанній до Бога за град і за людей молитві. Поглянувши на ченця одного на ім'я Антоній, який був Чудового монастиря старцем, знаючи і відаючи життя його добродійне, сказав йому: "Сину і брате Антонію, помолися до милостивого Бога і Пречистої Богородиці за визволення града і всього православного християнства від безбожних цих агарян". І сказав йому Антоній: "Превеликий архиерею, дякуємо Богові і Пречистій його Матері, міцній і швидкій помічниці нашій, почула-бо молитви твої і впросила Сина свого, Господа нашого Ісуса Христа, щоб врятований був град цей і все православне християнство задля тебе. Агаряни ці невидимою силою швидко переможені і прогнані будуть, мені лише одному пораненому бути від них і померти, долі Господньої велінням". Коли Антоній те сказав, раптом прилетіла стріла від татар і зранила того старця Антонія, і він, похворівши трохи, переставився. Поховав його чесно преосвященний митрополит і цілий собор. Після цього настав празник Покладення ризи Пресвятої Богородиці у другий день місяця липня. Збентежилися погані раптом страхом і трепетом і повтікали з града, невидимою силою Божою гнані. Святий же митрополит звелів швидко збудувати у дворі своєму церкву Покладення ризи Пресвятої Богородиці на пам'ять про визволення від агарян молитвами Божої Матері, бо в той день звільнився град від облоги варварської. Тоді через досить років преблаженний отець наш Нона, досягнувши старости глибокої, наблизився до чесної кончини своєї, і було про те откровення від Бога таке. Сторож соборної церкви на ім'я Максим одної ночі за звичаєм сторожування свого навколо церкви ходив. Побачив, що церква відчинена і свічки всередині горять, і священики співають. Сповнився страху, побіг і сповістив те ключареві церковному єрею Якову. Він же, із поспіхом прибігши, побачив церкву замкнену, як же було, світло ж всередині світилося. Відчинивши двері, увійшов і не побачив нікого, лише бачив палаючі свічки. Був же настрашений, і чув голос із вівтаря, який промовляв до нього: "Якове, іди скажи рабові моєму Ионі-митрополиту. Просить він у мене хвороби для тіла свого задля душевного спасення, і Я почув молитви його, і пошлю рану на ногу його, і в тій хворобі переставиться, щоб управив він добре дорученою йому паствою скоро, бо відійти має негайно". Той голос почувши, Яків сповнився страху і жаху і, в нерозумінні бувши, нікому не розповідав про те видіння, навіть самому святителеві, хоч йому ж розповісти мусив. Коли ж наступний день минав, прикликав його до себе святий пастир Йона і сказав йому: "Якове, де був ти цієї ночі, що бачив і що чув? І чому не розповів мені того, що було тобі про мене відкрито?" Яків же затремтів, упав перед ногами святителя, кажучи: "Прости мені, владико, я не смів розповідати, але благодать Божа відкрила тобі". Святий же сказав йому: "Бог нехай простить тобі, дитино. Повідомляю тобі, що забере Бог дружину твою від тебе. Іди-бо швидко і зроби те, що для душі її, щоб у чистому покаянні померла", Коли ерея кликали до митрополита, жінка його була здорова, коли ж повернувся додому, побачив її хворою дуже — вона через три дні кінець прийняла по-християнськи. Святими Таїнствами, як же годиться, напутствувана. Після цього і великий святитель Иона, мало часу проживши, повний днів і добрих діянь, закінчивши святість у страху Божому і благодаттю Святого Духа переповнившися, блаженної досягнув кончини своєї. Впав-бо у хворобу — на нозі рану мав, знеміг тілом, але не духом, і в хворобі цій із церкви не відлучався. Коли ж хотів Богові в руки передати святу свою душу, мир і благословення подав великому князеві Василію, і насінню його, і всім людям, і молитва була в устах його — звільнився від тіла і відійшов до Господа в рік 6969-ий, місяця березня у 31-ий день. Пас церкву Божу дванадцять років і шість місяців. Тіло ж його чесне покладене було у Соборній Пресвятої Богоматері церкві.