За кілька днів до кончини його стояв якось він уночі на молитві за звичаєм своїм, і прийшли до нього святі апостоли Петро й Іван, їх — бо бачив раніше, коли в Антіохійському монастирі жив. Вони сказали йому: "Радуйся, пастирю добрий словесних овець Христових, міцний страстотерпче, послані ми є до тебе від спільного Владики нашого Ісуса Христа, щоб допомогти тобі і втішити тебе у скорботах і трудах твоїх, які підняв ти заради чистоти сумління свого: викрив — бо ти царів, що у беззаконні, бувши наслідувачем Івана Хрестителя, який викривав законопереступи. Тим — ото подужуй і кріпись, уготоване тобі велике воздаяння у Царстві Небесному. Добровістим тобі велику радість, що по кількох днях відійдеш до свого Господа Бога і будеш, почиваючи з нами, в Царстві Небесному в безконечні віки. Уповай — бо, здолав — бо ти ворогів, і ненависників своїх посоромив ти, і супостата диявола переміг ти. Євдоксія має червами возкипіти і шукатиме тебе в поміч, і не знайде, і помре в недузі з болем великим, без зцілення-бо хворітиме, бо від Бога таку покару прийме". Подавши йому щось їстівне, сказали: "Прийми це і з'їж, щоб уже по тому не потребував іншої їжі в цьому житті, цього досить тобі стане, доки душу свою віддаси в руки Божі". Він же взяв і з'їв перед ними і звеселів. Тоді явлені відійшли від нього.
Були з Іваном два пресвітери та один диякон, котрі від Константинополя йшли з ним у вигнання і не відлучалися від нього, але вкупі з ним усі страждали, любов'ю до нього прив'язані, — ті очима своїми бачили, коли приходили апостоли до Івана, і всі слова чули, сказані ними, і раділи вельми, що такій людині пішли вслід, співстраждаючи, що вельми догідний є Богові і має частку зі святими апостолами. Минуло мало днів, досягли Команів, де поблизу міста була церква святого священномученика Василиска, єпископа Команського, котрий постраждав за Христа в Никомидії вкупі з Лук'яном, пресвітером антіохійським, від Максиміяна, нечестивого царя, і там при церкві тій переночували. Настало ж свято Воздвиження Чесного Хреста, і в ту ніч явився блаженному Іванові святий мученик Василиск, кажучи: "Уповай, брате Іване, завтра-бо обидва будемо разом". Той-таки святий мученик явився і пресвітеру його церкви, кажучи: "Приготуй місце братові Іванові, йде-бо до нас!" Коли настав день, молив святий Іван воїнів пробути там до п'ятої години, вони ж не послухали, але намагалися йти спішно, маючи там дорогу по воді. І, пустивши корабля, пливли швидко, ніби птиця перната летячи, і в малому часі відпливли від міста на тридцять стадій. За Божим скеруванням відтак сталося, що пристали при церкві святого Василиска, і здивувалися вельми. Іван же знову молив їх, щоб почекали трохи на тому місці, доки помолиться в церкві. Вони ж, бачачи Божу силу, що раптово перепинила їм дорогу і невидимою рукою привела на попереднє місце, не забороняли, щоб сталося за Івановим бажанням. Той-бо зайшов до церкви, попросив церковних світлих священичих риз і все одіння своє змінив аж до чобіт, а свою одежу, яка була з ним у кораблі, роздав. А в церковній здійснив Святу Літургію і причастився пречистих і Животворящих Чесних Дарів Тіла та Крові Христової, а по достатній молитві учинив благодарення, дав останнє цілування тим, що з ним були, і ліг, кажучи звичайне для себе слово: "Слава Богові за все!" Також хресне на собі учинив знамення й прорік останнє слово: "Амінь!" І тоді віддав духа свого у руки Божі, в самий день Воздвиження Чесного Хреста, носив-бо хреста свого проздовж усього життя, розпинаючись для світу і співрозпинаючись із Христом. І покладений був у тій-таки церкві вкупі зі святим мучеником Василиском. Збулося-бо пророцтво святого Єпифанія Кипрського, коли сказав йому: "Не дійдеш до того місця, на яке виженуть тебе", — а був ведений у Питиунт. Так загас світильник церковний, так замовкли золоті вуста, так завершив подвиг і протяг життєвий добрий подвижник і страждалець, проживши на престолі шість літ, у вигнанні три літа провів, переводжений із місця на місце.
Помер-бо великий той усього світа вчитель; два пресвітери й диякон, що йшли за ним аж до останнього дихання, багато плакали за своїм вітцем, ідучи в Рим до папи Інокентія, і все йому звістили докладно, що перетерпів святий Іван і з якої причини. Оповіли й про успіння його, як перед відходом приходили до нього святі апостоли Петро та Іван Богослов і що казали, як явився йому святий мученик Василиск. Інокентій, це все вислухавши, почудувався вельми й опечалився щодо неправедного вигнання та смерті такого вчителя і стовпа церковного. Звістив-бо про те папа царю Онорію, Аркадієвому братові, котрий царював у Римі, і гірко пожаліли обидва — і цар Онорій, і папа Інокентій. І тоді писали до царя Аркадія. Папа ж од себе написав: "Кров, — мовив, — брата мого Івана волає до Бога на тебе, царю, як колись кров праведного Авеля волала на братовбивця Каїна, і всяко відомщена буде, що в час миру гоніння на Божу Церкву підняв ти. Вигнав ти такого істинного пастиря, вкупі ж із ним і Христа Бога вигнав ти, наймитам, а не пастирям стадо ти вручив". Це і багато іншого писав Інокентій до Аркадія, відлучаючи його та Євдоксію із ним од Божественних Тайн, а всіх, що святого Івана скидали, анатемі віддав. Теофіла ж, який не тільки чуже санові, але християнству чинив, на соборний суд закликав, щоб прийняти кару за ділами. Онорій же від себе писав до брата Аркадія. "Не знаю, — сказав, — яке протиборство і бісівське дійство звабило тебе, брате, що жінці віддав себе, послухав її і вчинив таке, чого жоден благочестивий християнський цар не чинив, бо присутні тут преподобні єпископи волають на царство ваше, що великого Божого архиєрея Івана без суду, супротивно канонам, із престолу скинувши і вельми великим ув'язненням умучивши, силою життя позбавили".