У той час царював над греками злочестивий Лев, Константина Копронима син, зваблений єрессю іконоборства. Той послав по всій області вибрати пригідних і хоробрих юнаків у воїнство. Дійшло-бо те послання і до Витинійської країни, і коли були посланці в тому селі, в якому Йоаникій пробуття мав, побачили, що він добрий є юнак, віком зрілий, тілом міцний і до воїнства придатний, забрали його з собою і записали в чин Екскубіторовий. Відтоді Йоаникій був воїном, страшний ворогам через свою мужність, улюблений співтоваришами через покірливість та смирення, але ще більше любий був Богові, бо святі Його заповіді бережливо хоронив. Позаздрив диявол такому його чеснотливому життю і схилив його до єресі іконоборства, якою тоді через царів-єретиків усю Церкву Божу зворушено: викидали-бо із храмів Господніх святі ікони, а тих, що поклонялися їм, гонили. Отак тією єрессю Йоникій зваблений був, що ані чути не хотів про святі ікони. Бог же, бажаючи спасти всіх, спас і його від зваби в такий спосіб: владнав, щоб посланий він був із воїнством на захід. Коли ж звідтіля повертався, переходив якусь частину Олімпійської гори. І, за промислом Божим, ішов повз одного інока, котрий там, на горі, постив і прозорливий був. Той відчув Йоаникія, який із воїнами мимо проходив, і все про нього від Духа Святого довідався, вийшов із келії і в пустелі явився йому та й каже: "О дитино, Йоаникію! Хоча й християнином називаєшся, Христову ікону чом зневажаєш? Марнотні-бо всі твої чеснотливі труди, коли не маєш благочестивої віри". Це почувши, Йоаникій здивувався, що той називав його на ім'я, хоча його не знав, і викрив діла його, а з ним він ніколи не бачився. Пізнав, що той, котрий говорить до нього, сповнений є Духа Божого і прозірливими очима про все, що в ньому, довідався. Через це впав на землю, кланяючись і прощення просячи, бо в невіданні зогрішив, і пообіцяв виправити себе і належну честь та поклоніння Христовій іконі та зображенню всіх святих воздавати.
Від того-бо часу блаженний Йоаникій дбало почав пошановувати святі ікони, каявся-бо, що зневажив їх у невігластві і, шкодуючи про це, покарав себе постом і всілякими умертвленнями плоті. В царських предпокоях пробуваючи, на голій землі поклони клав, старатливо молитві і всеношньому неспанню віддаючись, і ніколи до ситості їжі не їв. Коли ж і на загальній трапезі зі своєю дружиною йому часто траплялося бувати, то уживав їжу й пиття із такою ж повстримністю, щоб тільки могти перед ними свого поста приховати. В такому покаянні жив він шість років, відтак повстали болгари з великою силою своєю і воювали на греків, полонячи Тракію. Вийшов-бо проти них грецький цар з усіма своїми воїнами, серед них був і блаженний Йоаникій, і коли обидві країни зійшлися, битву учинивши, і перемагали болгари греків, тоді Йоаникій велику з'явив хоробрість, ніби другий Давид, іноплеменників долаючи і перед лицем царським дружину свою захистив од меча супротивних, мужньо супроти ворогів постаючи і січучи їх, неначе стебла. Одного із знаменитих вельмож грецьких, що сікся з болгарами і від них подоланий був і вже в руки їхні потрапив, Йоаникій вибавив: кинувся-бо на них, одних мечем посік, інших же розігнав і полоняника на свободу вивів. Побачив-бо цар таку його хоробрість, запитав про батьківщину його, і про рід, і про ім'я та й повелів записати його у Пам'ятну книгу, щоб після здійснення битви великим саном і багатьма дарами пошанувати такого хороброго воїна. Той-бо уздрів в одному місці болгарина страшного, ніби другого Голіата, котрий тісний прохід загородив і багатьох греків убивав, кинувся на нього, а тоді й обезголовив його. Така була блаженного Йоаникія супроти ворогів видимих мужність, що стало передвіщенням міцних його з невидимими ворогами борінь та перемоги.
Завершилася війна, і, коли повертався цар додому, побачив Йоаникій раніше згадану гору Олімпійську, що стояла праворуч, і, згадавши того інока, що в пустелі до нього вийшов та в іконоборчій єресі звинуватив його, поклав в умі своєму все залишити і, на ту гору поселившись, безмов'ям іночому наслідувати життю і приєднатися до єдиного Бога, — що й вчинив незабаром. Коли ж бо прийшов у царське місто, щоб за явлену в боях мужність дістати чесний сан і дари від царя прийняти, то все зневажив і в послід це поставив. Відійшов од співтоваришів-воїнів і пішов до іноків після двадцять четвертого літа свого до плоті та крові воїнства, бажаючи вести бран із духом злоби піднебесним. Спочатку прийшов до монастиря Агавровського і прийнятий був від іноків, які там жили, відкрив думку свою ігуменові Григорію, що бажає іти в пустелю і самому в безмов'ї жити. Ігумен же спершу похвалив намір його, а тоді сказав: "Хоча й добре мислиш, улюбленче, одначе раджу тобі вибрати спершу не пустельне і від людського співжиття віддалене пробуття, адже не звик до іночих уставів та звичаїв, а насамперед поселися із чеснотливими та вправними ченцями і пізнай од них час і чин молитви, відтак навчися смиренномудрія, послушання та покірливості, а по тому підеш у пустелю. Дбай, дитино, бо коли підеш ненавчений на таке життя, то замість того щоб ворога зранити, сам од нього зранений будеш і замість того щоб перемогти його, сам переможений станеш". Такої корисної ради Йоаникій послухав, од наміру свого тимчасово відійшов і пристав до співжиття богонатхненних мужів, аби звикнути до такого чеснотливого пробуття. У трьох монастирях придивлявся й навчався іночих уставів та життя, спершу в тому Агавровському, тоді пішов до іншого монастиря, названого Утотеляс, а що був некнижний, там почав навчатися грамоти. Побачив-бо, що в той монастир багато мирських людей приходить і безмов'я через них годі втримати, відійшов звідтіля і прийшов у третю обитель — Антидієву, де пробув два літа, вивчив там тридцять псалмів Давидових і добру користь дістав од іноків, котрі там жили. Після двох років знову забажав пустельного безмов'я і захотів вийти на гору, що була поблизу, і, там в усамітненні поселившись, почати пустельне життя, але спершу сім днів пробув, постячи, і молив старатливо Бога, щоб став наставником у його путі, якої бажає. І на сьомий день почув новий той Мойсей голос із висоти, що повелів йому вийти на ту гору. Рушив Йоаникій із монастиря Антидієвого та й подався до гори, що неподалік стояла, і, на неї виходячи, туди й сюди поглядав, де б знайти місце для пробування. І тут побачив двох іноків-пустинножителів — мали вони ризи з волосся, а харч їхній був від зілля, яке росло в пустелі, — до них прийшов і поклонився блаженний. Вони ж, ставши, учинили молитву, а по тому бесідували з ним. Виповів їм Йоаникій усе про себе: відкрив наміра свого і велику користь дістав од святої їхньої бесіди. Пророчили йому ті пустельники, що після п'ятдесяти літ його постництва, в самому кінці життя, нанесено буде на нього спокусу від заздрісних людей, але їм, сказали святі, хворість їхня на голову їхню обернеться. "Ти ж жодним злом не постраждаєш", — що і збулося, про це згодом оповісться. Таке напророкували Йоаникієві блаженні ті пустельники, дали йому ризу волосяну, що мовою країни тієї зветься левитонар; та риза була Йоаникієві як щит нездоланий супроти стріл ворожих, як сам пізніше оповідав. І після корисної поміж себе бесіди розійшлися пустельники і в глибшу пустелю пішли, а Йоаникій на гору, що звалася Трихаликс, пішов і там без келії пробував, небо тільки за покров маючи. Довідався про нього вищезгаданий Григорій, ігумен Аговровського монастиря, збудував йому на горі тій малу хижу, щоб у ній міг ховатися блаженний від бурі, дощу та снігу, — у тій-бо хижі Йоаникій, зачинивши себе, й пробував. Після того почала приходити до нього бесідувати численна братія — брати користь духовну од нього хотіли. Отож, затуживши від того, що перебивають йому безмов'я, залишив ту гору й пішов, іншого шукаючи місця для безмов'я. Проходив повз село, що звалося Єллеспонт, побачив поблизу нього іншу гору, високу, важкопрохідні пущі та кручі вона мала, поселився там і, викопавши тісну і глибоку в землі печеру, почав безвихідно у ній жити. Харч же мав від одного пастуха, котрий на горі тій кози пас, той приносив трохи хліба та води святому і то раз на місяць, сам же від нього більший дар приймаючи: благословення та молитву, і пробув святий там три літа, день і ніч молячись і славлячи Бога. Співав же псалми Давидові, прикладаючи до кожного вірша такі слова: "Уповання моє — Отець, прихистя моє — Христос і покровитель мій — Дух Святий". Ті слова, як солодощі якісь, на язиці носячи, веселився, їх-бо згодом багато від нього перейняло і завше мали в устах своїх.