Сів якось преподобний на корабля та й відплив до обителі святого Теофана, що була у Сигрияні, аби поклонитися там. Повертаючись ізвідтіля, пристав до острова Фаса, і коли почули жителі того острова, іноки та миряни, що прибув до них Йоаникій, зійшлися всі до нього і, припадаючи, молили блаженного, щоб помилував їх і відігнав змій од їхнього острова, — без числа примножилося змій на тому острові і вельми шкодили людям та худобі. Святий-бо вислухав їх, і, ніби якісь стріли, випустив на зміїв свої старатливі до Бога молитви — і тоді всі змії з того острова, забравшись, скинули себе в морську глибину, і відтоді не було їх на тому острові ніколи, а преподобний відійшов звідтіля до іншого безмовного місця.
Ішов із ним і Дани'їл, ігумен монастиря, що був на острові Фасі, а з ним був брат, інок Євтимій, що його швидку кончину святий прорік, говорячи: "Брате Євтимію, готуйся, невдовзі-бо до горнього вшестя відлучишся". Це сказавши Євтимію, зайшов в одну малу печеру, бажаючи в ній спочити, і знайшов там поселення диявола, лютішого за перших, а вселивсь у ту печеру Йоаникій із Даниїлом. Диявол же, не терплячи їхнього пришестя, явився їм, чорний на вигляд, страшний, ярячись і нападаючи на них, щоб вигнати їх із печери. Вони ж, на Господа покладаючись, безбоязно пробували. Кинувся-бо на них, як предковічний людиновбивця: Даниїлу ноги зв'язав, а Йоаникія у ребра поранив такою хворобою, що безголосий він був сім днів, сам же лукавий утік із печери, не можучи із Божим угодниками в одному місці пробувати. Після того знову на Трихаликову гору преподобний повернувся і такому собі Ісакію, ченцю, що недбало жив, звістив смерть, що наближалася, і гусениць од садів відганяв молитвою і знаменням святого хреста.
Якось прийшла до нього молитви заради одна стариця, Клувійської обителі ігуменія зі своєю дочкою. Він же взяв палицю, що була в руці матері, і дав її в руку дочці її. Знітилася мати й каже: "Отче, мені належить палиця, щоб підпирати немічне моє тіло через похилу старість мою". Він же нічого не відповів, а ділом показав майбутнє, бо невдовзі та стариця померла, а дочку її вибрано було на начальство замість неї.
По тому знову звідти пішов блаженний із учнем Євстратієм до іншої гори, крутішої і для виходу незручної, що називалася Вороняча, де, певний час проживши, вийшов на гори обителі Антидійської і там, побудувавши тісну келію, живучи для Бога, численні чудеса учинив: болящих лікував, мову гугнявого виправив, ярого та гнівливого на покірливого перетворив, єретиків од блуду до православ'я навернув, багатьом кончину прозвістив, сповнений-бо благодаті був Святого Духа, який у ньому жив. Життя преподобного було таким, що не кожен чоловік міг його бачити: до келії його заходили й не бачили його, а коли відходили вони, казав смиренний той отець до учня свого: "Брате Євстратію, твоїми молитвами невидимий був я приходням".
Якось будували на тій горі храма святого Івана Хрестителя, вигляд будівлі якого даний був од преподобного Йоаникія. Прийшла якась братія віддалік, хотіли бачити святоліпне лице чесного й боговгодного мужа. Дійшли до храму, який будувався, сіли, сподіваючись, що туди прийде отець преподобний, якого побачити бажали. Прийшов преподобний Йоаникій, бажаючи зріти, як за даним ним образом храма будують, і стояв перед очима братії, яка прийшла заради нього, дивлячись на будівлю, — вони ж його побачити не змогли. І достатній час посеред них був та й відійшов до своєї келії, не явивши себе приходням, котрі прибуття його старанно дочікувалися. Один із іноків, ті жили поблизу від нього, на ім'я Іван, втямивши, що сталося, рече до нього: "Отче, не годиться, аби братія, яка заради тебе таку дорогу трудилася, повернулася скорботна, не побачивши лиця твого, ой, жалісна то річ і самого серця торкається". Святий же, похваливши труд і старання тієї братії, почав молитися за них, після ж молитви повернувся до Івана та каже: "Брате, не маємо волі своєї, а що Бог хоче в нас, те й творить". Коли б благословив Бог, щоб мене братія, яка прийшла, бачила, то ж хоч би й ховався від них, одначе б уздріли мене, я ж бо достатній час перед очима їхніми стояв, не ховаючись, і не бачили мене, — так Бог зволив".