Було, що прийшла якась братія до преподобного й сиділа перед його келією та й бесідувала поміж себе. І тут з'явилася велика і страшна ведмедиця з лугу, що був поблизу, і на них пішла, — це побачивши, злякалися вельми. Святий-бо рече до них: "Господь наш дав рабам своїм владу перемагати лева та змія, що є найстрашніші звірі від усіх звірів, а ви ведмедиці боїтеся". І повелів їм кинути шматка хліба. Вона ж, узявши хліб, відійшла в пустелю.
Настільки духовний був преподобний цей отець і мав світлі духовні очі, що й небесних духів і душі праведних міг бачити. Якось стояв він на молитві й побачив душу такого собі Петра, архимандрита, якого ангели зі славою несли на небеса, — сяяла вона навколо невимовним світлом. І повідав про це учням своїм для користі.
У той час царював над греками Теофіл-іконоборець: той послав двох чесних мужів до преподобного Йоаникія запитати його, як належить пошановувати Христовий образ. Як прийшли послані, розтулив святий богоодуховлені вуста свої і з поданої йому з висоти премудрості коли почав говорити, посоромилися мужі, не можучи противитись і ані жодним словом відповісти супроти його слів, — Бог-бо через нього говорив, як в Євангелії казав учням своїм: "Не турбуйтеся заздалегідь, що вам говорити, Я ж бо дав вам вуста і премудрість", показуючи ясно, що належить святим іконам достойну честь воздавати, наставив їх до благочестя, і вони відкинули іконоборчі єресі і поклонились образу Христовому. Запитав якось преподобного Йоаникія Євстратій, ігумен монастиря Агаврівського: "Отче, доки святі ікони побивати будуть, і не віддають їх Церкві, та ж гонителів більшає, і Христове стадо дикі розтягують звірі?" Відповів отець: "Трохи зажди, брате, і побачиш Божу силу, прийме-бо управління церковне один, на ім'я Методій, той божественним духом її управить і єресь знищить, догматами ж православними Церкву утвердить, тишу й однодумність подасть, а супротивних змирить правиця Всевишнього". Те пророкування преподобного Йоаникія невдовзі здійснилося; мало-бо часу минуло, помер Теофіл, цар-іконоборець, а після нього настав син його Михаїл із матір'ю Теодорою, і Методій був поставлений патріярхом. Той святі ікони вніс у церкву і православ'я утвердив, усі бурі та хвилювання у тишу перемінив і знічення змирив. Невдовзі знову диявол підняв нечестивих, котрі колотили й роздирали Христову Церкву, — супроти них блаженний Методій, духовним мечем слова Божого воюючи, мав собі помічника преподобного Йоаникія, цей-бо чи ж сам од себе, чи посланнями своїми благочестя захищав, і відпалі від Церкви знову навернулися; архиєрея ж Методія, який од великих змагань із єретиками знемагав, преподобний писанням своїм підкріпив та утвердив.
Якось, коли читали в соборі Йоаникієве послання, почали єретики лаятися і гудили блаженного, на сміх і наругу його брали. Про те духом Божим довідався преподобний, став раптом посеред собору і в повний голос почав говорити. І таке слово мовив про Бога та Божественне, що всі дивувалися премудрості його та й розуму. І не марні слова богомовних вуст його були, бо як колись у Єрусалимському соборі Петро проповідував, так і в цьому зібранні ті, що чули Йоаникія, котрий богословів, зворушилися серцем і люб'язно приймали слова його та й наверталися до благочестя. Таке мав преподобний старання про мир церковний та спасіння душ людських — і невдовзі діянням та молитвами його зникла єресь і мир Церкві повернувся, а диявол, котрий сколочував Церкву, із ганьбою втік, боявся — бо Йоаникія, і від молитов його, як віск у вогні, зникав.
Було якось в обителі преподобного оновлення молитвенного храму, що його сам він збудував, і зібраній собором братії (а святого з ними не було) раптово явився полк бісів, що у плоті із горба сходив. Злякалися всі вельми і в недорозумі були. А святий, хоча й не був там із ними, одначе провидів духом, що відбувалося, відтак до молитви звернувся і, руки вгору звівши, молебні свої до Бога слова, ніби стріли, здаля на бісівський полк випустив і побив їх, до втечі навернувши. Братія ж, бачачи, що біси втікають, ніби гнано їх биттям і ранами, страх відклала і радісно справляла свого празника.