Тоді взяли мучителі за царевим повелінням і повели святого на місце мучення, щоб роздробити його на частки. Ішли ж бо слідом за ним численні знайомі із сановитих, і з воїнів, і люди з міста без числа, бажаючи бачити страждання й кончину його. Він-бо, прийшовши на визначене місце, вмолив мучителеві дати час йому для молитви. І звів очі свої на небо, молячись і кажучи: "Господи, Боже мій! Почуй мене, раба Свого, і, побачивши із висоти Своєї святої, подай мені силу й мужність у час оцей, щоб перетерпів болі оці. І воздам кров'ю своєю за прогріх мій, що відкинувся Тебе, Творця і Владики мого, сповідую ім'я Твоє святе, і кладу душу свою за Тебе. Ти ж, Господи, пошли мені поміч у терпінні, щоб побачили вороги Твої й посоромилися, що Ти, Господи, допоміг мені й утішив Ти мене".
Так святий помолився, і приступили мучителі, оголили його, розтягли йому руки й ноги та й кажуть: "Що тепер хочеш учинити, Якове? Послабу тобі вже нема, бо повелено плоть твою роздробити на частки: пальці рук твоїх та ніг і все тіло твоє від шиї до литок кроїти, а по тому й голову маємо відсікти. Роздивися, що тобі ліпше: чи покоритися волі царській і лишитися живому й цілому та здоровому, чи в лютих отих муках гірко померти?" Також і від друзів деякі плакали за ним, кажучи: "Пощо марно губиш душу свою, пожалій себе й красної юності своєї не погубляй, учини волю цареву й поклонися богам його, нехай живий будеш, а своєму Богові потай служи, коли бажаєш". Розтулив святий вуста свої та й каже: "Не плачте за мною, але плачте за собою і за дітьми вашими, я ж бо у спокій іду, ви ж у вічних муках загинете. Роздробляючи мені вуди, випросите мені нерозлучне й невимовне воздаяння на небесах, а собі численні мучення в пеклі, щоб із бісами, яким поклоняєтеся, були палені навіки". Один із приставників царських почав катівство, кажучи: "Чого стоїте, дивлячись на нього, починайте чинити повелене вам".
І тоді один узяв праву руку святого й відрізав йому великого пальця. Блаженний же, позираючи на небо, сказав: "Помічниче мій і Уповання моє, Господи Боже, великий у міцності, через перст Твій Божий, який проганяє бісів, прийми цього пальця, котрий заради Тебе, за попустом бісівським, відрізаний, як гілка од дерева, і милостивий мені будь, бо із винограду відрізаються гілки, але лоза більше зеленіє, і більше росте, і приносить більший плід".
Приставник же царський, милосердствуючи до нього, каже: "Пожалій себе, Якове, і послухай повеління царського, це ж бо всі жаліємо про тебе. Поклонися богам, щоб живим бути! А про відрізаного пальця не сумуй; є лікарі, котрі тебе зцілять, тільки більше не зволяй губити здоров'я і краси юності своєї".
Блаженний же рече до нього: "Чи не бачиш лози виноградної, адже коли обрізається віття її у час, як починає від сонця нагріватися земля, при кожному відрізаному місці проріст з'являється". Коли ж бо лоза різана буває, то на те, щоб у майбутньому проростила прорість і принесла плода. Наскільки ж більше вірна людина посаджена у винограді Бога вишнього і приєднана до істинної лози, Сина Божого, Який сказав: "Я виноградина, ви — галуззя". Той, що відрізається тепер тимчасовою смертю, у майбутньому віці воскресне цілий, зеленіючи приростом нетлінної слави і носячи плода вічного воздаяння".
Коли це святий сказав, приступив мучитель і відрізав другого його пальця. Святий же Яків, терплячи, сказав: "Прийми й другу віть од саду свого, що його насадила десниця Твоя, Господи!" Було у святого лице світле і радості наповнене, ніби насолоджувався від якихось веселощів.
Й урізали третього пальця його. Він же рече: "Од трьох, котрі у світі, спокус звільнений, благословлю Отця, і Сина, і Святого Духа, і з трьома юнаками, спасенними від вогню, ісповімся Тобі, Господи, і в образі мученика оспіваю ім'я Твоє, Христе".
І відрізали четвертого пальця його. Він же рече: "Від чотирьох істот прийми хвалення, прийми страждання четвертого пальця, урізаного за ісповідання святого імені Твого".
І відрізали п'ятого пальця. Він же сказав: "Здійснилися веселощі мої, як на весіллі у п'яти мудрих дів".
Хотіли мучителі обрізувати пальці лівої руки й почали говорити йому: "Пощади нині душу свою, Якове, і не погубляй себе, але учини волю цареву, щоб цілий був та живий, аніж на ці муки страждати й померти. Не печалься про пагубу однієї руки, є ж бо багато людей у світі з однією тільки рукою, одначе численними багатствами та честю наповнені і насолоджуються добробутом та всіляким добром на землі". Святий же рече: "Коли пастухи стрижуть овець, то, остригши правого бока, чи ж кидають лівого неостриженим? Я ж овеча Христового стада, який віддав себе у ваші руки заради мого Господа, щоб, ніби вовну, остригали ви члени мої. І вже маю стрижену праву руку, то чи жалітиму лівої? Не пожалію і всіх вудів моїх. Скину й усю тлінну плоть мою, щоб у нетлінне одягтися". Глянувши ж на небо, каже: "Малий і простий є супроти Тебе, Господи, що Богом є великим: умалив був Ти Себе, в наш одягшись образ, розп'яття й заколення перетерпів Ти за нас. Не можу, Владико мій, наслідувати Твої страждання, одначе віддаюся за Тебе на роздроблення та смерть, аби в час воскресіння живого мене цілого підняв Ти".