Преподобні отці відтак нічого іншого не захотіли мовити цареві, кажучи подумки: "Навіщо говоримо це розпутній душі, яка не хоче зцілитися?" Блаженний-бо Теодор узяв духовного меча і так промовив йому: "Зрозумій-бо, о царю, і втям, що не твоє [діло] є церковні повеління роздивлятися і спитувати, твоїй владі належить мирські речі розмірковувати й управляти, церковні ж справи святителям та навчителям церковним належать, тобі ж тільки наслідувати і повинуватися є повелено. Так каже апостол: "Поставив Бог у Церкві, першими — апостолів, другими — пророків, третіми — учителів", а не царів". Цар же рече до преподобного: "Чи ти ж бо проженеш мене із Церкви?" Відповів преподобний: "Не я, а слово божественних апостолів і передання святих отців проженуть: "Якби ... ангел із неба благовістив нам те, що святій вірі супротивно, — нехай буде проклятий". Коли хочеш усередині Церкви Христової бути з нами, які поклоняються іконі Христовій, то послідуй в усьому патріярху, а з ним сущому чесному собору". Це почувши, цар більше ярості наповнився і прогнав усіх від себе із безчестям.
Вийшли ж від царя прогнані преподобні отці вкупі із патріярхом, обступили блаженного Теодора, вустами, водночас і душами, похваляючи його, бо великим благорозум'ям та мужністю супротивився мучителю і сильно поганьбив його, дерзновенно викривши його злочестя. Коли простували вони додому, вийшло від міського єпарха таке слово, щоб ніхто не бесідував і не розпитував про віру, але хай усі творять тільки цареве передання, — так повелів цар. Дійшли послані із тим словом і до блаженного Теодора, він-бо, відповідаючи, сказав до них: "Чи ж праведно вас слухати більше, аніж Бога, самі розсудіте! Ліпше язику моєму відрізаному бути, аніж мовчати і не допомагати істинній вірі".
Навчав усіх преподобний без сумніву тримати благочестиву віру, одних до себе закликаючи, а до інших сам приходив, до тих писання посилаючи і підкріплюючи тих, хто знемагав душею. До патріярха часто приходив, добрим йому дорадником буваючи і втішаючи його, оскільки бачив його скорботного, та й душею той болів, і казав йому: "Не печалься, отче, вірний є Господь не покинути нас і не попустити спокуси вище сили нашої, ані потерпить, аби злоба ця до кінця була. Коли ж і підійме ворог бран на Церкву, то помалу болість його на голову йому повернеться. Знай слово Господнє, що говорить: "Бо мусять спокуси прийти, але горе людині, що від неї приходить спокуса". Від днів-бо святих апостолів аж дотепер скільки єресей двигнули на Церкву люди, розпутні розумом, і скільки постраждало від них із тих святих отців, що перед нами були. Але Церква непереборна лишається, а постраждалі світлопрославлені та вінчані є. Єретики ж прийняли за ділами своїми". Це почувши, патріярх, а з ним і увесь собор укріпились і дбали всі скорботи терпіти за благочестя, а злочестю покоритися не зволяли.
По тому малий час минув і скинутий був святіший патріярх Никифор із престолу свого від злочестивого царя і прогнаний із Царгорода, також і всі православні архиєреї засуджені були до ув'язнення. Тоді бачене було страшне і жахливе видовище, що чинили іконоборці: святі ікони одні безчесно на землю кидали, інші вогню віддавали, ще інші нечистотами обмазували та й іншого багато зла творили. Преподобний же Теодор, бачачи таке злодіяння, гірко стогнав і дивувався Божому довготерпінню, навіть плакав, кажучи: "Як земля носить таке беззаконня!" Одначе не бажав у тайні Богопошановувачем бути і мовчки на таку біду плакати. Повелів братії своїй, а настало свято неділі Вайї, взяти до рук святі ікони й навколо монастиря ходити, підносячи їх догори і співаючи велеголосно: "Пречистому Твоєму образу поклоняємося, Благий", — та інші переможні пісні Христові посилаючи. Довідався про це цар, відтак послав до святого, погрожуючи йому й забороняючи, щоб перестав чинити таке діло. Коли ж не перестане, то хай знає, що ув'язнення, і рани, і смерть належать йому. Святий же не тільки не перестав, але й більше дерзав, велеголосно всіх навчаючи й наказуючи триматися благочестивої віри і належну честь іконам воздавати. Побачив цар, що неможливо ані ласками, ані забороною припинити дерзновення та ревність преподобного Теодора, на ув'язнення засудив його. Преподобний же закликав до себе всіх учнів своїх і, достатньо повчивши їх, рече: "Тепер, братіє, кожен із вас, спасаючи, нехай спасе душу свою, оскільки час лютий настав". Відтак, печалячись і плачучи, залишив братію, яка ридала за ним, і, всівши до корабля, відвезений був до Аполлонії та й зачинений у темниці в місті, названому Месопа. Однак і там навчав благовір'я, до одних вустами говорячи, до інших писання посилаючи, і не переставав писати із темниці про благочестя до багатьох. Дійшло писання його й до самого царя — він-бо тоді послав такого собі Микиту, Олексієвого сина, повеліваючи відвести святого на дальнє місце, що звалося Вонита, і там, у темниці зачинивши, твердо стерегти його, щоб ані до кого не бесідував ніколи, ані не писав чогось про пошанування ікон. Прийшов-бо Микита до преподобного, звістив йому волю царську. Той же відповів: "Переміну таку з місця на місце я з радістю прийму, оскільки немає мені в цьому житті правдешнього мого місця, отож куди переведений буду, там і моє буде, Боже-бо скрізь є, а мовчати мені й не навчати правдивої віри неможливо, не послухаю вас у тому і заборон ваших не злякаюся".