Говорив преподобний отець Пафнутій учням своїм, що можна пізнати з очей, якщо якийсь брат якимось помислом всередині одержимий — добрим чи злим. Такому його слову дивувалися учні як речі непростій, але що таке ясновидство в ньому самому було, пізніше точно пізнали. Один-бо новоначальний чернець, який жив з преподобним і ще зухвалости мирської в погляді очей не здолав, вийшов через якусь потребу за обитель. Побачивши світських чоловіків і жінок, що йшли, кинув на них поглядом, звабився очима і сприйняв пристрасно вигляд жіночих облич, і полонився помислом, і затримався в ньому. Потім повернувся в келію отця і застав старця за читанням. Піднявши ж очі свої, отець глянув на нього і зразу пізнав, що він збентежений нечистими помислами, і, відвернувши лице своє від нього, сказав: "Оце — чоловік! Не так, як раніше". Брат же злякався дуже і розповів про те Йосифові, який мешкав з ним. Той же звелів йому, щоб сказав усе отцеві й попросив прощення. І коли визнав брат перед отцем прогрішення своє, наставлений був словами отчими і прощення сподобився. Коли знов сидів преподобний Пафнутій і читав Божественне Писання, один чоловік, прийшовши, помолився і через віконце поглянув на святого, спитав його про учня його Йосифа, був-бо йому співгромадянином. Старець же, бачивши чоловіка, якого ніколи не знав, сказав до Йосифа: "Іди, бо муж, злий на вигляд, питає за тобою". Коли вийшов Йосиф і знайомого чоловіка побачив, спитав його, чому прийшов. Той же сказав: "Хочу бути монахом". І сповістив Йосиф про те блаженному отцеві. І сказав отець до Йосифа: "Не питаючи, відпусти чоловіка того, бо він недобрий". Здивувався ж Иосиф з відповіді отця і не смів спитати його тоді, чому недобрий той чоловік, що прийшов, але спершу пішов, відпустив того, давши їсти. Тоді повернувся Иосиф у келію, і сказав отець: "Чоловік той — убивця, ще бо коли молодим був, одного ченця вдарив ножем у живіт і убив його . І дивувався Иосиф ясновидності блаженного, що, не лише ніколи не бачивши, але навіть не чувши про чоловіка того, зі самого вигляду лиця його пізнав, що той убивця.
Чернець один прийшов в обитель преподобного. Бачивши, що він до нього йде, старець святий сказав тихо до учнів своїх: "Чи бачите, що навіть чернечим чином не очиститься від крови". Учні ж дивувалися і питати не сміли, пізніше ж сам старець одному з них розповів, що чернець той мирянином був, служив одному князю благочестивому у Великому Новгороді й отрутою заморив пана свого. Пізніше, совістю мучений, одягнувся в чернецтво, але так і не очистився, бо не зробив правдивого покаяння, достатнього за гріх сподіяний.
Була жінка одна, бояриня, дружина Олексія, названого Гобурина. її ж діти пізніше в чернецтво увійшли, і жив з ними Вассіян, автор житія його. Вона велику віру мала до блаженного отця Пафнутія і посилала до нього часто своїх дітей з дарами, просячи молитов і благословення від нього. Трапилася їй хвороба з диявольської дії — помутніння розуму, і бачила очевидно демонів багатьох, що приходили до неї і страшили її, через те бентежилася розумом. Коли ж з нею це траплялося, являвся якийсь старець, низький на зріст і згорблений, бороду мав сиву велику, у бідний одяг одягнений. Він владно відганяв від неї демонів, як вовків від вівці, — і ставала здорова. Якось почула голос, що до неї говорив: "Пафнутій, що в Боровську, вижене від тебе демонів". Це ж з тою жінкою було багато разів, тоді цілком виздоровіла, захотіла бачити святого, хотіла точно довідатися, чи той являвся їй при хворобі, виганяючи бісів від неї. І прийшла з отроками своїми до обителі преподобного. Не було ж входу жінкам у монастир, через те перебувала біля воріт і послала до учнів блаженного, просячи їх, як би побачити їй отця святого. Вони ж, отрокам її показуючи святого, веліли, щоб показали його пані своїй, коли буде з церкви іти з братами на трапезу, був-бо час обіду. Вона ж швидше, ніж їй показали, коли святий вийшов з церкви, зразу побачила його, пізнала і зі сльозами крикнула: "Це насправді той, хто явленням своїм відігнав від мене демонів і зцілення мені дарував". І послала велику милостиню ченцям, дяку віддаючи Богові, і Пречистій його Матері, і їхньому угодникові преподобному отцеві Пафнутію.
На одного з учнів преподобного напала хвороба ока, дуже воно в нього було хворе, шукав ліку. Отець же дав йому вервицю свою, звелівши тисячу молитов промовити: "Господи Ісусе Христе, Сину Божий, помилуй мене, грішного". Той же ледве погодився, змучений сильним болем. Закінчивши ж півтисячі молитов, відчув око своє зовсім здоровим. І, забувши заповідь, скочив з радости і побіг розповісти отцеві про зцілення ока свого. Але не втаїлося від прозорливого отця те, що не тисячу, але половину лише вимовив молитов, і звелів знову повернутися й закінчити тисячу молитов.