Через недовгий час брат його Иоан переставився до Господа. І поховав його за звичаєм із псалмами і піснями. Сам же піклувався, аби повсякдень бути кращим і від помислів, що находили, вільнішим. Повчався в страху Божому завжди і, маючи в умі пам'ять про смерть, і Суд Страшний, і вічні муки, тілом же трудився в будівництві монастирському. Те бачивши, біси почали відкрито нападати на нього, скрегочучи зубами й багато спокус завдаючи. Він же, щитом віри і молитви озброївшись, оминав ворожі пастки, завжди в устах псалмоспіви мав. Коли молився, намагалися біси багато разів перервати його молитву: коли схиляв коліна, показували перед ним яму глибоку і воду бурхливу, щоб злякався і не схилив колін до молитви, — проте святий не зважав на бісівські привиди й не зупинявся в коліносхилянні своєму. Часом, коли ходив, оточували його біси, ішли за ним і перед ним, наче перед якимось князем, і казали один одному: "Пан Пахомій іде, дайте місце рабу Божому". А святий насміхався з тих привидів і мав їх за псів гавкаючих. Коли він стояв на опівнічному правилі у келії своїй, найшли біси у великій кількості, з шумом і криком великим, і почали хитати келію його і трясти землею, хотіли споруду з основи перевернути і вбити Пахомія. Він же почав співати: "Бог нам пристань і сила, помічник у скорботах, що обступили нас вельми, тому не боїмося, коли бентежиться земля". І зразу зникли біси як дим — і була тиша й безмовність. Але ті, як пси безсоромні, відбігши, знову повернулися. Коли сів святий після молитви до ручної роботи, диявол, перетворившись у півня великого й заспівавши перед ним голосно, кинувся в лице йому. Святий же дмухнув на нього і хресним знаменням знаменувався — відігнав його від себе. Знову в инший час зібралося багато бісів, зчепили листя дуба великим і довгим шнуром і наче якийсь великий камінь з трудом і стогоном волокли — так виглядало. І переконували один одного тягнути, і кричали голосно, одні до одних горлаючи: "Тягніть, тягніть!" Це ж робили, хотівши на сміх зрушити раба Божого, але святий усе бісівське те полчище прогнав молитвою. Багато разів, коли сідав святий скуштувати їжі, біси, перетворившись у вродливих жінок, сідали по обидва боки від нього і до страв поставлених зближалися. Преподобний тілесні очі (щоб не бачити тих примарних жінок) примружував, умові ж очі зводив до Христа Бога — і втікали бісівські примари, не могли нічого досягти, бо була з преподобним благодать Господа, що говорив до угодників своїх: "Не бійтеся, Я з вами до кінця віку". Якось, допустом Божим, велику кривду від бісів прийняв: цілий день з ранку до вечора били його, і, як мученик, ранами був зранений. Проте не знеміг, не втратив надії на допомогу Божу, певний був, що не залишає в напастях Господь рабів своїх. Прийшов його відвідати один чернець старий на ім'я Аполлон. Коли йому преподобний Пахомій почав детально розповідати про всі біди й напасті, яких завдають йому біси, сказав Аполлон: "Будь мужнім і кріпися, рабе Господній, знає-бо диявол, що якби здолав тебе, який нам усім на користь і всі тебе наслідувати намагаємося, то нас, немічних, легко поневолить собі. І тому на тебе найбільше озброюється. Ти ж, о отче, маючи допомогу Божу, не засмучуйся, не знемагай у подвизі, але все доблесно терпи, щоб і за нас не дати перед Богом відповіді, що був смутком переможений і малодушности приклад подав". Чув це Пахомій, більше на ворогів невидимих укріпився і славив Бога, що послав йому такого брата, який утішив його в печалі і на більший зрушив подвиг. І просив того монаха, аби часто відвідував його і корисними словами укріплював. Якось же блаженний той старець Аполлон, до преподобного Пахомія прийшовши, розхворівся і, трохи днів у нього пробувши, перейшов до Господа, і похований був Пахомієвими руками.
Таку ж преподобний Пахомій мав у Бозі відвагу і настільки велику віру, що багато разів на зміїв і скорпіонів наступав і залишався від них неушкодженим. Часто велів крокодилам, аби на другий бік ріки перенесли його, — і слухали крокодили наказу його, і переносили швидко через ріку на собі угодника Божого. Дякував же Богові преподобний, що зберіг його від усіх ворожих наслань неушкодженим, молився до Нього, кажучи: "Благословен Ти, Господи, що не зневажив смирення моє, не дав немочі моїй від ворога бути звабленій. Але Сам укріпив й укріпляєш мене і, невігластво моє бачачи, Сам наставляєш і навчаєш мене волі Твоєї святої. Я-бо невправний і нерозумний, Ти ж нарозумив мене у страху своєму". Знову бачив святий ненастанні бісівські пастки — як доблесний і досконалий подвижник просив Бога, аби забрав у нього сон, щоб, вночі і вдень без сну (скільки зможе) перебуваючи, зміг допомогою Його перемогти супротивних, за писаним: "Не повернуся, поки не буде їм кінця, ображу їх і не зможуть стати, падуть перед ногами моїми, і підперезав мене Ти силою на боротьбу". Тому дарувалося йому прошене, і бачив невидимих духів як видимих, і далеко проганяв їх духовною зброєю молитви. Була ж молитва преподобного завжди про те, щоб воля Господня на ньому звершувалася, аби жоден помисел світських турбот не пристав до нього.