Таким чином упокорював тіло своє аж до останньої години кончини своєї. Так і знайшли його померлого, коли сидів і кошики в роботі у руках тримав — душа ж його свята відійшла до Господа. Настільки великий був трудолюбець, подвижник і умертвитель пристрастей тіла свого блаженний той старець Иона.
У тому ж Мухонському монастирі преподобний отець наш Пахомій збудував церкву нову руками досвідчених у тому ділі братів і прикрасив її колонами гарними — і веселився в ділі, добре й гарно збудованому. Тоді роздумавши, що не годиться ченцям веселитися через красу будівлі своєї, взяв грубі мотузи, зв'язав стовпи і, скликавши братів, звелів тягнути всією силою, допоки не схилилася будівля і не виглядала негарно. І сказав до братів: "Не хваліться, брати, багатьма трудами рук ваших, що гарну зробили будівлю, але більше піклуйтеся, щоб збудувати себе і прикрасити душу свою, як Церкву Божу. Ви-бо Церкви Бога живого, як же сказав Господь". Так преподобний отець, в яку обитель приходив, давав користь братам, навчаючи їх з Божественного Писання, просячи і вмовляючи непорочними бути в житті, знати й розуміти підступи ворожі, чинити їм спротив силою Святого Духа і часто говорити слово псалма: "В Бозі сотворимо силу, і той знищить ворогів наших".
Сидів же якось преподобний отець Пахомій з братами в монастирі своєму, що в Тавенисіоті, і з божественних книг учнів своїх навчав. Прийшли якісь єритики-постники, що волосяним одягом внутрішню отруту покривали, і стояли перед воротами монастирськими, до деяких братів говорили: "Ми послані від отця нашого до вашого отця, тож сповістіть йому від нас слова ці: "Якщо ти справді чоловік Бога й уповаєш на Нього, що послухає тебе, то прийди і перейди з нами цю ріку, що біля монастиря, ногами поверх вод, як по сухому, щоб зрозуміли всі, хто з нас більше має до Бога сміливість: ми чи ти". Такі сповнені гордині слова тих єретиків почувши, преподобний Пахомій сказав до братів: "Допустом Божим зможуть ті єретики перейти ріку, як по сухому, допомогою диявола, який уловив їх у сіть свою, щоб утвердилася єретична зваба. Проте я не прошу в Бога такого чуда, аби ми ходили по водах: знаю, що не лише не чернечий, але навіть і не християнський це помисел. Ідіть і скажіть їм: "Так говорить смиренний Пахомій: "Уповаю на Бога, але на свої діла не уповаю і знаю, що я грішний, і не хочу випробовувати Господа, Бога мого. Старання ж моє не про те, щоб по водах ходити, але щоб плакати весь час над гріхами моїми і щоб здобути допомогу Божу перейти мені без шкоди ворожі спокуси". І пішли собі єретики, засоромлені.
Був же в обителі преподобного брат один, який чинив за своєю волею і не їв у той час, коли всі брати, але постив понад установлений час і думкою про себе возносився. Бачив же отець зарозумілість ченця того, взяв його осібно і сказав йому: "Брате, Господь каже: "Зійшов Я з неба не щоб чинити волю свою, але волю Того, хто послав мене". Тому й ти послухати нас і берегти монастирське правило маєш: коли кличе час трапезування — їж з братами поставлене, у міру ж їж, не вельми пересичуючись, щоб не стало дебелим тіло і не підняло в тобі боротьби; ані дуже мало не їж, аби не знемогти тілом до труду, але в міру тілесних сил приймай їжу, допоки не переможеш марнославного біса". Брат же той спочатку послухав умовляння отця, але після того знову до своєї схилився волі, кажучи: "Де написано: "не пости, не стримуйся?" І знову переконував його отець, але той не послухав — і заволодів ним диявол, допоки святий належною своєю за нього до Бога молитвою не зцілив його, — і виправився надалі брат той, покаранням переконаний.
Якось стояв на молитві преподобний Пахомій, був у піднесенні і бачив братів своїх, різними бідами одержимих. Одні-бо з них були навколо полум'ям загороджені і втекти з полум'я зовсім не могли, инші в терні босими ногами заплуталися, бідували, колені терням, і не могли з нього вивільнитися, а инші стояли на високому місці над кручею глибокою, під нею ж видно було ріку велику, страшну, крокодилами наповнену. І не могли брати ті ні від кручі відійти, ані в ріку вкинути себе через велику кількість крокодилів. Те видіння преподобний з великими сльозами розповідав братам і пророчо говорив, що після його відходу з цього життя ченці, різними пристрастями мирськими обплівшись, у великих до спасення перепонах бідувати будуть, не можучи вивернутися і втекти із суєтних пристрастей, що ворожим підступом обійдуть їх. Після цього прийшов зі світу до преподобного в чернецтво один зі скоморохів. Прийнявши і досить про покаяння повчивши, преподобний одягнув його в чин чернечий, ім'я ж йому було Сильван. Він за якийсь час розбестився, почав негоже жити, скоморошеством своїм знову займатися на спокусу юним братам. Про те довідавшись, преподобний карав його дуже, часом і бив, той же обіцяв покаятися, проте не виправлявся. Після двадцятилітнього довготерпіння преподобний отець звелів скинути перед братами з нього образ чернечий, дати йому світський одяг і з обителі вигнати. Тоді Сильван почав припадати до ніг великого старця, просячи й кажучи: "Ще й це прости мені, отче, і потерпи мене, вірю-бо у Владику Христа, що спасає грішних, що твоїми молитвами наверне мене на покаяння". Старець же сказав йому: "Знаєш, скільки тебе терпів, що багато разів і рани накласти тобі через твої погані звичаї мусив, чого нікому не робив, окрім тебе одного, ані руку свою ні на кого не піднімав, на тебе ж це робити, хоч не хотів, був змушений. І коли ти був битий, я більше сам терпів через тебе душею, милосердно співстраждаючи. Бив-бо не тому, що бити хотів, але сподівався, що ти, життям покараний, кращий станеш і спасеш душу свою. А тому що ти ані покаранням, ані ранами не виправився, відтинаю тебе, як частину гнилу від тіла, щоб і инші частини від тебе не пошкодилися". Так святий Пахомій до нього говорив, а той більше зі сльозами благав, обіцяючи, допомогою Божою, покаяння. Старець же казав: "Коли хочеш, аби знову тебе в число братів я прийняв, то хай хтось за тебе поручиться, що відтепер покаєшся". І поручився за нього один старець чесний на ім'я Петроній. Пробачив тому преподобний Сильвана, вручив його поручникові — старцеві Петронію, сам же помолився за нього належно до Бога, аби наставив його на путь справжнього покаяння. Бог же милосердний, що не хоче смерти грішника, дав Сильванові, молитвами угодника свого Пахомія святого, таке в покаянні сердечне розчулення, що весь час, наче потоки, сльози з очей його витікали. І на трапезі коли сидів з братами, часто не міг від сліз і хлипання стриматися. І збувалося на ньому Давидове слово: "Були сльози мені за хліб, і пиття моє з плачем розчинялося". Казали ж йому брати, аби принаймні перед подорожніми, що на трапезі бували, стримувався від сліз, він же відповідав: "Дуже хочу стриматися, але зовсім не можу". Знову брати казали йому: "Плакати годиться на самоті, в молитві, при трапезі ж у час їжі стримуватися треба від плачу, може-бо душа і без зовнішніх сліз зажди бути в серці розчулена". Знову питали його: "Чому так плачеш? " І забороняли, кажучи: "Нам соромно дивитися, як ти плачеш, і їсти не можемо". Відповідав він: "Не хочете, брати мої, щоб я плакав, а я коли бачу мужів святих, що мені, грішному, служать, їх же і пороху ніг я не достойний, то хіба не маю плакати, що мені, скоморохові нечистому, такі чесні й богоугодні прислуговують. Плачу тому, о брати, у всі дні, аби не бути так, як Датан і Авірон, землею пожертим через безліч гріхів моїх". З такого його виправлення і правдивого покаяння преподобний отець наш Пахомій радів вельми, як же і святі ангели на небі радіють через навернення грішника. І розповів про нього святий старець братам, кажучи: "Свідчу перед Богом, що, відколи склалася ця киновія, ні одного ж зі всіх, що зі мною жили, братів, не бачив, аби так наслідував смирення, як же цей брат. Знаю, брати, що й ви, допомогою благодаті Христової, трудитеся багатьма добродійними подвигами, перемагаєте і проганяєте ворога, проте, коли трохи розлінитеся, знову ворог ваш повстане на вас і, прогнаний, повернеться і почне воювати. Сильван же, найостанніший з вас, його ж я давно вигнати хотів, на такому глибокому смиренні поставив спасення своє, що до кінця диявола розтоптав. Видається, що й не може вже ворог його, повернувшись, піднятися на нього. Нічого ж погірдливого ворога до решти не знищує, як правдиве сердечне смирення ченця, що відкинув себе цілком". Пожив же блаженний Сильван у такому покаянні літ вісім і помер, і бачив Пахомій преподобний, коли святі ангели душу його, як жертву вибрану, до неба несли.