Після того як пішов Арсеній із палат царських, були великі за ним пошуки царя Теодосія, вельми-бо цар за ним сумував. І послав у всі краї шукати його, але не міг знайти — Бог покривав раба свого до часу явлення його багатьом на користь. Арсеній же в келії, яку старець йому дав, жив, постом, і трудами, і всілякими чеснотами догоджував Богові і скоро перевищив багатьох отців постницькими своїми подвигами. Молився ж він до Бога і казав: "Господи, настав мене, як спастися". Знову був голос зверху до нього, що казав: "Арсенію, втікай від людей і в мовчанні перебувай, це-бо корінь безгрішности". Тому встав, пішов далі на безмовність пустельну і, келію малу собі влаштувавши, жив у ній сам, всіляко намагаючись зберегти мовчання. Через те завжди усіляких бесід уникав; весь же ум свій спрямувавши в небо, тілом на землі був, духом же із силами вишніми єднався. Приходив же в дні недільні і святкові до церкви і після закінчення церковного правила зразу повертався мовчки в келію свою пустельну, нічого нікому не кажучи, хіба часом, коли хтось про щось потрібне запитував, відповідав словами короткими й поспішав на безмовність свою. І дивним було життя його для всіх отців у скиті. Якось же спитав його авва Марко, кажучи: "Отче, чому уникаєш нас?" Відповів йому Арсеній: "Бог знає, що люблю вас, але не можу бути з Богом і з людьми, бо вишніх сил тисячі тисяч і мільйони мільонів на небесах, усі ж мають одну волю й однодумно славлять Бога. На землі ж — багато воль людських і різні помисли, кожен має свою волю і думку — не можу тому, покинувши Бога, жити з людьми". Так блаженний Арсеній, з Богом єднаючись, від людей віддалявся і хотів, аби ніхто його не бачив і не знав. Проте світильника під сподом сховати не можна, розходилася про його добродійне життя слава всюди, що і в Царгороді про нього відомо стало.
Після смерти благочестивого царя Теодосія Великого син його Аркадій" воцарився — довідався про преподобного Арсенія, де він і як живе, написав до нього смиренно, просячи прощення за юначий гріх свій і благаючи помолитися до Бога за нього і за брата його Гонорія, що на Заході царство прийняв, аби скерував Господь добре царювання їхнє. Ще ж писав, даруючи йому всю данину царську, з Єгипту взяту, аби роздав церквам, і монастирям, і всім потребуючим, як же сам хоче. Преподобний Арсеній відписати не захотів, але словами відповів через посланця, кажучи: "Скажи тим, що послали тебе: "Так говорить смиренний Арсеній: "Бог нехай вас простить, діти, і царювання ваше хай скерує за своїм благоволінням, і наставить вас творити волю Його. А що писали про данину — цього Арсеній не потребує: вже-бо помер для світу, і ніхто його хай не вважає живим". З такою відповіддю преподобний відіслав посланця царевого, сам же перебував у пустелі в усамітненій своїй келії, в мовчанні живучи, з Богом безперестанно молитвою розмовляючи, часом же й инших на безмовне життя наставляючи.
Якось-бо, коли він прийшов на якесь місце, що мало багато тростин, побачив, що там сидять брати, тростини ж від вітру хитаються — шум великий роблять. І спитав братів, кажучи: "Що то за шум?" Вони йому відповіли: "Тростини, отче, від вітру шумлять". І сказав до них преподобний: "Чому ж ви тут сидите і слухаєте, як тростини шумлять? Якщо-бо хтось справді любить мовчання, той ані пташиного голосу терпіти не може, бо і від того світ сердечний бентежиться, наскільки ж більше від такого тростинного шуму".