В самый день отречения, 2 марта, тот же генерал Шубенский записал слова министра Императорского Двора графа В. Б. Фредерикса: "Государю глубоко грустно, что его считают помехой счастью России, что его нашли нужным просить оставить трон. Его волновала мысль о семье, которая оставалась в Царском Селе одна, дети больны. Государь страшно страдает, но ведь он такой человек, который никогда не покажет на людях свое горе". Сдержан Николай Александрович и в личном дневнике. Только в самом конце записи на этот день прорывается его внутренне чувство: "Нужно мое отречение. Суть та, что во имя спасения России и удержания армии на фронте в спокойствии нужно решиться на этот шаг. Я согласился. Из Ставки прислали проект Манифеста. Вечером из Петрограда прибыли Гучков и Шульгин, с которыми я переговорил и передал им подписанный и переделанный Манифест. В час ночи уехал из Пскова с тяжелым чувством пережитого. Кругом измена и трусость и обман!"
Временное правительство объявило об аресте Императора Николая II и его Августейшей супруги и содержании их в Царском Селе. Арест Императора и Императрицы не имел ни малейшего законного основания или повода.
Когда начавшиеся в Петрограде волнения перекинулись и на Царское Село, часть войск взбунтовалась, и громадная толпа бунтовщиков - более 10 тысяч человек - двинулась к Александровскому дворцу. Императрица в тот день, 28 февраля, почти не выходила из комнаты больных детей. Ей докладывали, что будут приняты все меры для безопасности дворца. Но толпа была уже совсем близко - всего в 500 шагах от ограды дворца был убит часовой. В этот момент Александра Феодоровна проявляет решимость и незаурядное мужество - вместе с Великой княжной Марией Николаевной она обходит ряды верных ей солдат, занявших оборону вокруг дворца и уже готовых к бою. Она убеждает их договориться с восставшими и не проливать крови. К счастью, в этот момент благоразумие возобладало. Последующие дни Государыня провела в страшной тревоге за судьбу Императора - до нее доходили лишь слухи об отречении. Только 3 марта она получила от него краткую записку. Переживания Императрицы в эти дни ярко описаны очевидцем протоиереем Афанасием Беляевым, служившим во дворце молебен: "Императрица, одетая сестрою милосердия, стояла подле кровати Наследника. Перед иконою зажгли несколько тоненьких восковых свечей. Начался молебен... О, какое страшное, неожиданное горе постигло Царскую семью! Получилось известие, что Государь, возвращавшийся из Ставки в родную семью, арестован и даже, возможно, отрекся от престола... Можно себе представить, в каком положении оказалась беспомощная Царица, мать с пятью своими тяжко заболевшими детьми! Подавив в себе немощь женскую и все телесные недуги свои, геройски, самоотверженно, посвятив себя уходу за больными, [с] полным упованием на помощь Царицы Небесной, она решила прежде всего помолиться пред чудотворною иконою Знамения Божьей Матери. Горячо, на коленях, со слезами просила земная Царица помощи и заступления у Царицы Небесной. Приложившись к иконе и подойдя под нее, попросила принести икону и к кроватям больных, чтобы и все больные дети сразу могли приложиться к Чудотворному Образу. Когда мы выносили икону из дворца, дворец уже был оцеплен войсками, и все находящиеся в нем оказались арестованными".
9 марта арестованного накануне Императора перевозят в Царское Село, где его с нетерпением ждала вся семья. Начался почти пятимесячный период неопределенного пребывания в Царском Селе. Дни проходили размеренно - в регулярных богослужениях, совместных трапезах, прогулках, чтении и общении с родными людьми. Однако при этом жизнь узников подвергалась мелочным стеснениям - Государю было объявлено А. Ф. Керенским, что он должен жить отдельно и видеться с Государыней только за столом, причем разговаривать только по-русски. Караульные солдаты в грубой форме делали ему замечания, доступ во дворец близких Царской семье лиц воспрещался.
Отец Афанасий Беляев, регулярно совершавший в этот период богослужения в Александровском дворце, оставил свои свидетельства о духовной жизни царскосельских узников. Вот как проходила во дворце служба утрени Великой пятницы 30 марта 1917 года. "Служба шла благоговейно и умилительно... Их Величества всю службу слушали стоя. Перед ними были поставлены складные аналои, на которых лежали Евангелия, так что по ним можно было следить за чтением. Все простояли до конца службы и ушли через общее зало в свои комнаты. Надо самому видеть и так близко находиться, чтобы понять и убедиться, как бывшая царственная семья усердно, по-православному, часто на коленях, молится Богу. С какою покорностью, кротостью, смирением, всецело предав себя в волю Божию, стоят за богослужением".
На следующий день вся семья исповедовалась. Вот как выглядели комнаты царских детей, в которых совершалось Таинство исповеди: "Какие удивительно по-христиански убранные комнаты. У каждой княжны в углу комнаты устроен настоящий иконостас, наполненный множеством икон разных размеров с изображением чтимых особенно святых угодников. Перед иконостасом складной аналой, покрытый пеленой в виде полотенца, на нем положены молитвенники и богослужебные книги, а также Святое Евангелие и крест..."
"Впечатление [от исповеди] получилось такое: дай, Господи, чтобы и все дети нравственно были так высоки, как дети бывшего Царя. Такое незлобие, смирение, покорность родительской воле, преданность безусловная воле Божией, чистота в помышлениях и полное незнание земной грязи - страстной и греховной, - пишет отец Афанасий, - меня привели в изумление, и я решительно недоумевал: нужно ли напоминать мне как духовнику о грехах, может быть, им неведомых, и как расположить к раскаянию в известных мне грехах".
Доброта и душевное спокойствие не оставляли Императрицу даже в эти самые трудные после отречения Государя от престола дни. Вот с какими словами утешения обращается она в письме к корнету С. В. Маркову: "Вы не один, не бойтесь жить. Господь услышит наши молитвы и Вам поможет, утешит и подкрепит. Не теряйте Вашу веру, чистую, детскую, останьтесь таким же маленьким, когда и Вы большим будете. Тяжело и трудно жить, но впереди есть Свет и радость, тишина и награда все страдания и мучения. Идите прямо вашей дорогой, не глядите направо и налево, и если камня не увидите и упадете, не страшитесь и не падайте духом. Поднимитесь снова и идите вперед. Больно бывает, тяжело на душе, но горе нас очищает. Помните жизнь и страдания Спасителя, и ваша жизнь покажется вам не так черна, как думали. Цель одна у нас, туда мы все стремимся, да поможем мы друг другу дорогу найти. Христос с Вами, не страшитесь".
В дворцовой Церкви или в бывших царских покоях отец Афанасий регулярно совершал всенощную и Божественную литургию, за которыми всегда присутствовали все члены Императорской семьи. После дня Святой Троицы в дневнике отца Афанасия все чаще и чаще появляются тревожные сообщения - он отмечает растущее раздражение караульных, доходящих порой до грубости по отношению к Царской семье. Не остается без его внимания и душевное состояние членов Царской семьи - да, все они страдали, отмечает он, но вместе со страданиями возрастали их терпение и молитва. В своих страданиях стяжали они подлинное смирение.
"...Ныне смиренный раб Божий Николай, как кроткий агнец, доброжелательный ко всем врагам своим, не помнящий обид, молящийся усердно о благоденствии России, верующий глубоко в ее славное будущее, коленопреклоненно, взирая на крест и Евангелие... высказывает Небесному Отцу сокровенные тайны своей многострадальной жизни и, повергаясь в прах пред величием Царя Небесного, слезно просит прощения в вольных и невольных своих прегрешениях", - читаем мы в дневнике отца Афанасия Беляева.