Часто святителю приходилось усовещевать своих сограждан. В 1460 году в Новгород прибыл великий князь Московский Василий с двумя своими сыновьями, Юрием и Андреем. На сей раз он прибыл в Новгород с миром, ибо желал поклониться Новгородским чудотворцам и собрать подать с жителей. Несколько лет тому назад он же приходил под Новгород с сильным войском и наказал Новгородцев за их приязнь к его врагам. Некоторые жители, помня сие, составили дерзкий замысел умертвить князя. Когда святитель узнал о таком безумном намерении, он немедленно явился в собрание заговорщиков.
— Безумцы, — сказал им святитель, — что вы замыслили? Если вы и убьёте великого князя, то чего вы добьетесь? Только одно несчастие и бедствие навлечёте на Новгород. Его старший сын Иоанн, сведав о вашем злодействе, немедленно явится с сильным войском и опустошит страну.
Сие увещание сильно подействовало на заговорщиков; они сами ясно поняли свое положение.
Новгородцы с честью приняли великого князя. Святитель также оказывал ему свое уважение. Великий князь часто беседовал с блаженным архипастырем и исполнял все его советы. Он полюбил его, как своего отца и слушал его во всем. Особенно он уважал святителя за его добродетельную жизнь. Во время пребывания в Новгороде великого князя произошло дивное исцеление княжеского постельничего у раки мощей святого Варлаама Хутынского [5]. Этот молодой человек из рода бояр Рязанских внезапно сильно занемог. Силы его быстро истощались. Наконец он, казалось, совсем умер. Когда его поднесли к раке мощей святого Варлаама, он вдруг ожил и стал совершенно здоровым. Сие удивительное чудо произошло на глазах самого великого князя, его бояр и других лиц. Прибывшие в Новгород признали, что сей город пользуется особенным покровительством свыше. Святитель Иона тут же повелел записать сие чудо на память потомкам и возложил сие дело на прибывшего со Святой горы Пахомия Логофета. Спустя некоторое время, князь отправился обратно в Москву. Прощаясь со святым пастырем, великий князь приглашал его на совещание в Москву.
Вскоре святителю пришлось отправиться туда. Князь разгневался снова на жителей Новгорода. Некоторые вельможи старались усилить нерасположение князя к Новгородцам. Святой Иона, желая утолить гнев его, не смотря на свои годы, отправился в Москву, пренебрегая всеми трудностями далёкого пути. Приближаясь к сему городу, он вспомнил великого защитника Русской земли — преподобного Сергия Радонежского [6], и дал обет по возвращении построить храм во имя сего славного подвижника и дивного угодника Божия. За 5 верст от Москвы святителя встретили бояре и несколько игуменов. Когда же святитель прибыл в город, митрополит Московский принял его с любовью. На княжеском дворе уже давно ждали святого архиепископа. Здесь его встретили бояре. На лестнице в великокняжий терем его взяли под руки дети Василия Васильевича. Сам князь был весьма рад видеть пред собою мудрого владыку. Он принял дань и подарки, которые святитель привёз с собою из своего города. Во всё время пребывания святителя в Москве, великий князь оказывал ему полное уважение. Он часто призывал его к себе, беседовал с ним о разных делах гражданских и церковных. Однажды он призвал к себе святителя Новгородского и митрополита Московскоего и высказал свое недовольство на Новгородцев. Он жаловался на них святому Ионе за то, что они готовы стать на сторону врагов Русской земли — литовцев, оказывая мало уважения ему — великому князю, и даже сказал, что намеревается идти с войском на мятежных Новгородцев, чтобы раз навсегда положить предел их смутам и своевольствам. Святитель Иона, как истинный пастырь, стал горячо заступаться за своих духовных чад; говорил князю, что ему многое передают неправильно, стараясь возбудить его гнев. Он просил Василия не обращать внимание на речи завистливых клеветников, не увлекаться гневом, но помиловать Новгородцев.
— Великий государь, не позволяй гневу овладевать твоим сердцем, не внимай клеветникам и завистникам, не карай многих невинных из-за горсти виновных, но отечески вразуми жителей нашего города и окажи им свою любовь и милость. Если же ты, не внимая мольбам нашим, строго станешь взыскивать с жителей Новгорода, то опасайся, чтобы и между твоими чадами не возникло разделение. Нет, князь, не подвигнись по клевете на твою отчину, но милостиво воззри на твой народ. Не возлагай на него новых даней и повинностей. Знай, что уже дни твои приближаются к концу. Сын твой Иоанн воссядет на престоле великокняжеском после тебя. Вместе с своей паствой я буду возносить о нем молитвы Господу, да избавит его всесильная десница Божия от насилия безбожных татар, да возвысит его над всеми врагами и укрепит его державу, если он будет соблюдать заповеди Господни и с кротостью будет управлять своей землей.
Слова сии сильно обрадовали великого князя, заветной мечтой которого было освобождение от ига татарского. Зная, что предсказание святого архиепископа в точности сбываются, Василий обещал святителю Ионе отложить всякий гнев на Новгородцев и даровать им мир. Он дал в сем слово архиепископу пред митрополитом. По окончании сей беседы, Новгородский архипастырь прослезился. Недоумевая о сем, великий князь и митрополит спросили святителя о причине его слёз.
— Кто может, — ответствовал им святой, — унизить и смирить такой сильный и многолюдной город, как наш? Только сами граждане своими усобицами. Лишь о том молю Господа, чтобы не было сего во дни мои.
Так святой Иона ясно предвидел будущее падение Новгорода. Зная сие, он испросил у Василия и его сына Иоанна право суда для любимой Отней обители. Князья охотно исполнили просьбу святителя. Они дали ему грамоту с великокняжеской своей печатью.
Великий князь так твердо верил словам Новгородского владыки, что тогда же написал духовную. Назначив в ней уделы своим сыновьям и супруге, великий князь определил в ней собирать дань для татар только до тех пор, пока они еще имеют власть над Русской землёй. «Но наступит время, — говорил здесь Василий, — когда власть их рухнет, и Господь избавит Русских князей от их ига — тогда князья уже не должны более вносить великому князю дани для уплаты Ордынскому хану».
После сего святитель Новгородский отправился к своей пастве. Князь и бояре с честью провожали уважаемого архипастыря. С не меньшей любовью встретили граждане Новгородские своего владыку, который так горячо ходатайствовал за них перед великим князем. Прибыв в свою епархию, святитель немедленно исполнил данное им обещание — построил первый в Новгороде храм в честь преподобного отца нашего Сергия Радонежского. Он со всяким благолепием украсил новый храм, снабдил его богослужебными книгами и иконами и часто посещал его. Святой Иона много заботился о духовном просвещении своей паствы; сам отличаясь большой начитанностью и глубоким знанием Божественного Писания, он желал, чтобы и духовные его чада могли поучаться и иметь для назидательного чтения описание знаменитых подвижников Новгородской области. Для сего, по согласию с митрополитом всероссийским святым Ионою, Новгородский архипастырь поручил прибывшему со Святой горы ученому иноку Пахомию Логофету пересмотреть и написать некоторые жития святых. Кроме того до нас дошло несколько богослужебных книг, писанных по благословению архиепископа Ионы.
Вскоре после возвращения из Москвы, митрополит всероссийский Иона прислал послание блаженному святителю Новгородскому. Чувствуя приближение своей кончины, митрополит Иона еще раз желал увидаться с Новгородским владыкой и насладиться его духовной беседой. Вместе с тем митрополит просил святого Иону, чтобы он принял лично участие в избрании достойного ему преемника и предал его самого погребению. Прочитав сие послание, святой Иона прослезился и воскликнул: