Когда братия обители умножились, святой, при содействии их, построил каменный храм. Во все время его строения он и сам трудился как простой работник, нося на своих плечах камень, воду и все необходимое для постройки. Поставив церковь, преподобный украсил ее иконописью и пригласил для этого лучших живописцев, которые расписали ее «чудно вельми». Преподобный украсил храм иконами, книгами и всякой утварью церковною, так что дивились даже князья, привыкшие к церковному благолепию.
Составляя и сам одушевленную церковь, преподобный Пафнутий украшался от Бога чудесною благодатию, проявлявшеюся в исцелениях, прозорливости, откровениях и иных дарах Святого Духа.
Вот некоторые из чудес подвижника.
Искусный художник-иконописец, мирянин Димитрий, приглашенный преподобным расписывать храм обители, по болезни ног не мог работать. Святой старец сказал ему: «Дионисий! Бог да благословит тебя, начни доброе дело; Господь и Пречистая Матерь Божия подаст здравие ногам твоим».
Иконописец, твердо поверив словам преподобного, с радостью принялся за дело и исцелел. Этому же Дионисию и прочим иконописцам-мирянам святой отец заповедал не вкушать в обители мяса, а есть его в ближайшем селении. Некоторое время они исполняли эту заповедь. Потом позабыли и принесли в обитель к себе на ужин вареное бедро ягненка, начиненное яйцами. Когда Дионисий первым из них отведал его, то в начинке нашел множество червей и принужден был выбросить запрещенную пищу собакам. Вдруг он заболел свербежем29. В один час все тело Дионисия представляло как бы один сплошной струп, и он не мог двигаться. Тогда больной немедля послал к преподобному, прося принять его раскаяние и дать прощение. Святой же, заповедав Дионисию не делать впредь ничего запрещенного, повел его в церковь, куда собрана была вся братия. По совершении соборного молебствия, преподобный освятил воду и повелел больному омывать ею все больное тело. Лишь только Дионисий это сделал, он ненадолго заснул. Потом, пробудившись, почувствовал себя совершенно здоровым, как будто никогда и не хворал. Струпья его отпали как чешуя, и он прославил Бога.
Обитель преподобного Пафнутия окружена была густым лесом, в котором обитало много птиц. В изобилии водились здесь черноперые вороны, вившие гнезда близ монастыря. Смотря на них, преподобный восхищался и дал заповедь не ловить и не губить их. Между тем однажды сын городского воеводы проезжал мимо обители святого Пафнутия и, увидав стаю воронов, натянул лук и убил одного из них. Обрадовался юноша, но скоро почувствовал, что голова его, повернутая в сторону, осталась неподвижною в таком неестественном положении. Скорбь и ужас сменили в его сердце веселье и самодовольство. Вместе с тем в душе юноши явилось сознание действительной причины случившегося с ним бедствия, а вслед за этим и раскаяние. Охваченный им, сын воеводы быстро отправился к преподобному и, припав к его ногам, просил прощения и святых его молитв пред Господом о своем исцелении. Подвижник приказал ударить в било и пошел в церковь. Удивленные несвоевременным звуком била иноки быстро собрались в церковь и спрашивали святого о причине необычайного звона. Преподобный с улыбкой сказал: «Отомстил Бог за кровь ворона».
Совершив затем молебное пение и осенив святым крестом страждущего юношу, подвижник обратился к нему со словами: «Силою честного и животворящего креста обратись наперед».
И тотчас голова его приняла естественное положение.
Другой юноша напустил на ворона ястреба. Но ястреб, убивши ворона, сам пал мертвым. Таким образом охотник лишился своей забавы.
Одною ночью пришли к обители преподобного воры и, захватив трех рабочих монастырских волов, пасшихся в окольном лесу, хотели вести их к себе домой. И вдруг они заблудились, и ходили подобно слепым вокруг обители. С наступлением утра воры хотели убежать без волов. Но невидимая сила Божия связала их, и они не могли отойти от похищенного скота, пока разыскивавшие его монастырские работники не нашли их и не привели затем к преподобному. Он же, дав им наставление не присвоять чужого, повелел накормить воров и отпустил их с миром.