— Великий государь, не позволяй гневу овладевать твоим сердцем, не внимай клеветникам и завистникам, не карай многих невинных из-за горсти виновных, но отечески вразуми жителей нашего города и окажи им свою любовь и милость. Если же ты, не внимая мольбам нашим, строго станешь взыскивать с жителей Новгорода, то опасайся, чтобы и между твоими чадами не возникло разделение. Нет, князь, не подвигнись по клевете на твою отчину, но милостиво воззри на твой народ. Не возлагай на него новых даней и повинностей. Знай, что уже дни твои приближаются к концу. Сын твой Иоанн воссядет на престоле великокняжеском после тебя. Вместе со своей паствой я буду возносить о нем молитвы Господу, да избавит его всесильная десница Божия от насилия безбожных татар, да возвысит его над всеми врагами и укрепит его державу, если он будет соблюдать заповеди Господни и с кротостью будет управлять своей землей.
Слова сии сильно обрадовали великого князя, заветной мечтой которого было освобождение от ига татарского. Зная, что предсказания святого архиепископа в точности сбываются, Василий обещал святителю Ионе отложить всякий гнев на Новгородцев и даровать им мир. Он дал в сем слово архиепископу пред митрополитом. По окончании сей беседы, Новгородский архипастырь прослезился. Недоумевая о сем, великий князь и митрополит спросили святителя о причине его слёз.
— Кто может, — ответствовал им святой, — унизить и смирить такой сильный и многолюдной город, как наш? Только сами граждане своими усобицами. Лишь о том молю Господа, чтобы не было сего во дни мои.
Так святой Иона ясно предвидел будущее падение Новгорода. Зная сие, он испросил у Василия и его сына Иоанна право суда для любимой Отней обители. Князья охотно исполнили просьбу святителя. Они дали ему грамоту с великокняжеской своей печатью.
Великий князь так твердо верил словам Новгородского владыки, что тогда же написал духовную. Назначив в ней уделы своим сыновьям и супруге, великий князь определил в ней собирать дань для татар только до тех пор, пока они еще имеют власть над Русской землёй. «Но наступит время, — говорил здесь Василий, — когда власть их рухнет, и Господь избавит Русских князей от их ига — тогда князья уже не должны более вносить великому князю дани для уплаты Ордынскому хану».
После сего святитель Новгородский отправился к своей пастве. Князь и бояре с честью провожали уважаемого архипастыря. С не меньшей любовью встретили граждане Новгородские своего владыку, который так горячо ходатайствовал за них перед великим князем. Прибыв в свою епархию, святитель немедленно исполнил данное им обещание — построил первый в Новгороде храм в честь преподобного отца нашего Сергия Радонежского. Он со всяким благолепием украсил новый храм, снабдил его богослужебными книгами и иконами и часто посещал его. Святой Иона много заботился о духовном просвещении своей паствы; сам отличаясь большой начитанностью и глубоким знанием Божественного Писания, он желал, чтобы и духовные его чада могли поучаться и иметь для назидательного чтения описание знаменитых подвижников Новгородской области. Для сего, по согласию с митрополитом всероссийским святым Ионою, Новгородский архипастырь поручил прибывшему со Святой горы ученому иноку Пахомию Логофету пересмотреть и написать некоторые жития святых. Кроме того до нас дошло несколько богослужебных книг, писанных по благословению архиепископа Ионы.
Вскоре после возвращение из Москвы, митрополит всероссийский Иона прислал послание блаженному святителю Новгородскому. Чувствуя приближение своей кончины, митрополит Иона еще раз желал увидаться с Новгородским владыкой и насладиться его духовной беседой. Вместе с тем митрополит просил святого Иону, чтобы он принял лично участие в избрании достойного ему преемника и предал его самого погребению. Прочитав сие послание, святой Иона прослезился и воскликнул: