Но святого ожидало другое, более трудное поприще. Около того времени царем и великим князем Иоанном Васильевичем Грозным была покорена Казань, главный оплот и твердыня татарского Казанского царства. Царь Московский озаботился распространить свет истинной веры Христовой в покоренной стране между магометанами и язычниками — инородцами. В Казани была учреждена архиепископская кафедра, на которую впервые был возведен святитель Гурий, бывший прежде игуменом в Волоколамском монастыре. Святителю Гурию было поручено устроить обитель в городе Свияжске121. Настоятелем для сей обители, по указанию Гурия, был назначен святой Герман, прибывший вместе с Гурием в 1555 г. в город Свияжск. Получив богатые пособие от царя и святителей, Герман ревностно начал строить обитель. Много трудов и усилий пришлось ему положить при строении обители. Недостаток необходимых материалов, дороговизна работ, враждебное отношение инородцев — всё это затрудняло и замедляло строение монастыря. Но при помощи Божией через 1,5 года работы были закончены. Святой Герман построил Никольскую церковь, существующую доныне, и при ней высокую колокольню, потом воздвиг великолепный, сохраняющийся до сего времени, храм в честь честного и славного Успения Божией Матери. Герман благолепно украсил сии храмы иконами и другими священными предметами.
Особенно ревностно заботился Герман о распространении истинной веры Христовой между магометанами и язычниками. Строгая и подвижническая жизнь святого пастыря многих привлекала к нему. Одни приходили за советом, другие за благословением. Блаженный всех принимал с любовью, не делая различия между православными и неверующими, всем равно помогая, ко всем одинаково попечительно относясь. Такое обхождение святого мужа сильно действовало на язычников, так что те стали принимать истинную веру Христову. Святой Герман щедро помогал всем, кто обращался к нему с просьбой о помощи. Но щедрый и милостивый к другим, святой был строг и требователен к себе. Еще до сих пор сохраняется тесная и узкая келлия святого, длиной в 1,5 сажени, шириной около сажени. Помогая всем, он сам старался обходиться без посторонней помощи, сам себе чинил одежду. До сих пор сохраняются наперсток, иглы и нитки, которыми пользовался святой Герман. Заботясь о спасении своей души, сей добрый пастырь не менее заботился и об иноках Свияжской обители. Подобно настоятелю, все иноки обязаны были проводить самую строгую жизнь. Из среды их святой Герман избирал достойных проповедовать слово Божие среди неверующих, сам подавая им всем пример. Трудами святого было собрано большое количество рукописных книг, богослужебных и других, необходимых для великого дела проповеди. Свияжский Богородицкий монастырь был средоточием, откуда стал разливаться свет Христовой веры. Благодаря неусыпным попечениям святителя, сия обитель исполнила свое высокое назначение и долго еще оставалась просветительным центром на северо-востоке России. Узы братской любви связывали святого Германа с блаженным Гурием. Сей архипастырь ценил заслуги и труды такого ревностного сподвижника, каким был Герман. Они часто переписывались о различных предметах, касающихся церковного просвещения. Со своей стороны святитель Гурий оказывал ревностному проповеднику Христовой веры доверие во всем. Он поручил суду и управлению самого Германа не только Свияжский монастырь, но и все церкви Свияжской области. Все его труды были известны и царю. Так более восьми лет подвизался святой Герман.