В Риме святой апостол Петр снова занимается устроением Церкви. Там в помощь церковному правлению он рукополагает нового епископа, ревностного христианина Климента. В это же время Петр пишет Второе соборное послание. Это Послание представляет собою как бы последнее, предсмертное завещание апостола тем, кому он прежде проповедовал. Апостол учит их преуспевать в вере, советует остерегаться лжеучителей и убеждает, помышляя о последнем дне мира, пользоваться долготерпением Божиим для своего спасения. Продолжал Петр и проповедь учения Христова. Вера Христова все больше и больше распространялась в Риме, и многие богатые вельможи и знатные женщины были обращены ко Христу. Среди них были и две наложницы императора, которых он любил больше других своих наложниц. Приняв веру Христову, эти две женщины утвердились в целомудрии и не хотели удовлетворять пожеланиям Нерона. Сильно разгневался Нерон на всю Церковь верных, и особенно на апостола Петра, обратившего его наложниц ко Христу и научившего их целомудренной жизни. Припомнил император и о смерти друга своего, Симона волхва, и дал приказание найти Петра, чтобы предать его смерти. Христиане, узнав об опасности, угрожающей апостолу, стали умолять его скрыться и уйти из Рима для пользы всей Церкви. Пламенно желая пострадать и умереть за Христа, Петр не соглашался на это. Но христиане неотступно продолжали со слезами умолять его спасти жизнь свою, столь нужную для Церкви Христовой. Наконец, Петр тронулся общими слезами и молениями и дал обещание уйти из Рима и скрыться.
Ангел выводит апостола Петра из темницы
Наступила ночь. Петр в собрании всех верующих совершил молитву, простился со всеми и один пошел из города. Но вот подошел он к городским воротам и видит – навстречу ему идет в город Сам Господь Иисус Христос. Изумленный, Петр поклонился Господу и спросил: «Куда идешь, Господи?» «Иду в Рим снова распяться», – отвечал ему Господь и тотчас стал невидим. Тогда Петр познал волю Божию о себе и вернулся. На другой день он был взят воинами. Вместе с ним было взято и еще много верующих. Всех взятых под стражу христиан Нерон присудил к смертной казни чрез усечение мечом – только святого Климента, как царского родственника, пощадили и отпустили живым. Святому апостолу Петру, на которого особенно был озлоблен Нерон, была присуждена более жестокая казнь – распятие на кресте. Петр умолил распинателей, чтобы его распяли головою вниз: он не осмеливался уподобиться в своем распятии Господу Иисусу Христу и желал преклонить голову свою под ноги Его. Желание Петра было исполнено. Испытывая жестокую боль от гвоздей в руках и ногах, святой апостол Петр в муках предал Богу непорочную душу свою. Он окончил жизнь 70 лет от рождения, 29 июня 67 года по Рождеству Христову. Святая Церковь свято чтит память святого апостола Петра и совершает празднование ему в день его преставления – 29 июня (12 июля по н. ст.).
Пощаженный мучителями, святой Климент испросил тело своего учителя и снял его с креста. В собрании всех римских христиан Климент с честию предал погребению тело святого апостола Петра, а также и прочих пострадавших с ним. Честное тело святого апостола оставалось почивающим в Риме, но голова его перенесена была в Константинополь. Во время Пятого крестового похода крестоносцы овладели Константинополем и со множеством других святынь нашли и честную главу апостола Петра. Возвращаясь из Шестого крестового похода, венгерский король Андрей II проезжал Константинополь и взял с собою в Венгрию в числе других святынь главу святого апостола.