Прошло пять лет, и началась новая, еще более страшная мировая война. Бельгийские власти собирались эвакуировать драгоценный алтарь в Ватикан, но, пока велись переговоры, фронт приблизился к Генту, и алтарь повезли во Францию. Опасное путешествие по дорогам Европы, охваченной войной, продолжалось десять дней. Наконец драгоценный складень прибыл в замок По на границе Франции и Испании — в этот замок, когда-то принадлежавший Генриху IV, уже были доставлены сокровища Лувра. С немцами же было подписано специальное соглашение, в соответствии с которым алтарь мог быть вывезен из По только с согласия гентских властей, представителя немецкой организации по защите художественных ценностей и директора Национальных музеев Франции Ж. Жожара. Однако 3 августа 1942 года в По прибыл директор Баварских музеев Эрнест Бюхнер с приказом выдать ему Гентский алтарь. Согласие Жожара и тем более гентцев уже никого не интересовало. Алтарь увезли в Баварию, в замок Нойшванштайн.
Тем временем союзники наступали на Германию, в Баварии становилось опасно, и немцы приняли решение свозить все художественные сокровища в соляные шахты недалеко от городка Альтаусзее. Там были идеальные условия для хранения — поддерживались постоянная температура и влажность. В 1944 году сюда потоком пошли машины с произведениями искусства из коллекций Гитлера и известного ценителя прекрасного Геринга. 8 сентября в шахты доставили и Гентский алтарь.
Еще в начале войны стало ясно, что немцы способны уничтожить множество произведений искусства, и тогда правительства США и Великобритании создали специальную организацию, называвшуюся «Охрана памятников, произведений искусства и архивов». Советскому Союзу тоже предложили вступить в эту организацию, но Сталин отказался — у него были свои планы и свои искусствоведы с погонами. Началось соревнование — кто первым отыщет сокровища мировой культуры, награбленные фашистами. Одним из главных призов в этой гонке был Гентский алтарь. Но тут союзникам повезло. Однажды у офицера-искусствоведа Роберта Посея, как раз мечтавшего найти ванэйковский алтарь, разболелись зубы. Дело происходило в Трире. Дантист (немец), к которому обратился Посей, всячески старался задобрить клиента и развлекал его во время приема разными историями. Случайно он обмолвился, что его зять занимался во Франции «сбором бесхозных ценностей» — такое изящное определение он дал грабежу, которому с упоением предавались фашисты на захваченных территориях. Конечно же, Посей, после того, как врач закончил лечение, тут же отправился к зятю дантиста, благо, тот был тогда в Трире. Зять оказался доктором искусствоведения Германом Буньесом, а кроме того, штурмфюрером СС и одним из главных экспертов Геринга и Гитлера по французскому искусству. По-видимому, Буньес уже хорошо понимал, что грозит Германии и ему лично, а потому рассказал Посею об Альтаусзее. Взамен он просил простить его страшные преступления. Кто знает, что происходило в его душе и какие картины вставали перед его глазами — несчастные евреи-коллекционеры, у которых он забирал их сокровища и их жизни, или их замученные в концлагерях дети, — но, так или иначе, Буньес не выдержал ожидания наказания. Он застрелил сначала жену и детей, а потом и себя.
А между тем Посей рассказал своему начальству о сведениях, полученных от Буньеса. Теперь дело было за малым — нужно было как можно скорее пробиться к Альтаусзее.
Все уже понимали, что поражение Германии неминуемо. Понимал это и гауляйтер Верхней Австрии Айгрубер — люди никогда не забудут имени этого просвещенного варвара! В бессильной злобе он задумал взорвать штольни и хранившиеся в них сокровища. Операция готовилась в строжайшем секрете, и потому по приказу Айгрубера 500-килограммовые бомбы и взрыватель поместили в ящики в надписью «Мрамор». К счастью, гитлеровцы не смогли осуществить свой дьявольский замысел. 3 мая 1945 года британские диверсанты, местные шахтеры и бойцы Сопротивления разоружили охрану и взяли все входы в подземный музей под свой контроль. А пять дней спустя в шахты спустился американский искусствовед капитан Роберт Посей. После долгих блужданий по подземельям на глубине полутора километров он нашел капеллу святой Барбары. Именно здесь и обнаружился Гентский алтарь.
В середине августа 1945 года доски погрузили в транспортный самолет, который улетал в Брюссель — Посей вез бельгийцам их алтарь. В центральном аэропорту столицы Бельгии самолет уже ждали королевский военный почетный караул и члены правительства. Но шли часы, а самолета все не было. Люди, собравшиеся в аэропорту, были в полном отчаянии. Неужели авария? Лишь позже выяснилось, что во время полета началась гроза, самолет сбился с курса и с трудом приземлился на аэродроме американской военной базы в 100 километрах от бельгийской границы. Ночью, в ураган, связаться с Брюсселем было почти невозможно. Просто чудом ему удалось найти два грузовика и организовать небольшую охрану. В четыре утра, под проливным дождем, при свете молний и под грохот грома драгоценный груз был доставлен в Брюссель. А уже 30 сентября 1945 года капитан Посей слушал мессу в соборе святого Бавона, любуясь шедевром братьев Ван Эйк.