В течение 1690-1702 годов Палий вел действия не только против турецких, но и против польских войск. Постепенно территория «Палиевой державы» увеличивалась. Западная граница ее частично захватывала Белоруссию, Северная – граничила с Великим Княжеством Литовским, Южная – выходила на границу с османскими землями.
Палий не только воевал, но и вел дипломатическую переписку с польскими королями, московскими царями, молдавским государем, великим литовским князем, и, конечно, с гетманом Левобережной Украины Мазепой. Его посланцы ездили в королевские резиденции, а к самому Палию также регулярно приезжали различные делегации с дипломатическими поручениями.
В августе 1699 года Сейм Речи Посполитой распорядился распустить "казацкую милицию". Семен Палий пытался решить дело миром. Однако в 1701 году польское войско начало широкомасштабное наступление на Правобережье, после чего Палий публично отказался от протекции польского короля, объявил подконтрольные ему земли «вольной казацкой областью» и принес присягу на верность гетману Мазепе и российскому царю Петру І.
В течение 1702-1704 годов украинские повстанцы под предводительством Семена Палия разбили польские регулярные войска и шляхетское ополчение. В ноябре 1702 года пал главный оплот польского войска на Правобережной Украине – крепость Белая Церковь. Туда Палий перенес свою резиденцию из Фастова.
В мае 1704 года по приказу царя Петра 40-тысячная армия гетмана Мазепы вошла на территорию Правобережной Украины для наказания местных польских магнатов и шляхты, поддерживающих Речь Посполитую. Однако наказывать на Правобережье было уже некого. Семен Палий со своими казаками освободил Правобережную Украину давно и самостоятельно. Теперь он стремился воссоединиться со своими братьями с левого берега Днепра. Когда войска соединились, то всем казалось, что воссоединится и Украина. Но, к сожалению, согласие в верхах царило совсем не долго.
Уже в июле 1704 года Семена Палия подло арестовали люди Мазепы. Сделано это было при одобрении Москвы. Палия называли предателем, состоящим в сговоре с королем Станиславом Лещинским (полнейший абсурд). Семена Палия целый год держали в тюрьме в гетманской столице Батурине и затем по требованию царя перевезли в Москву. Оттуда 21 августа 1705 года его отправили в сибирский город Тобольск. Действия Мазепы в этой ситуации можно объяснить (но не оправдать) – он видел в народном герое Палие настоящего конкурента, способного повести за собой народ. Мало кто на Украине мог тогда сравниться с харизматичным казацким полковником.
Москва же сама запуталась в своей политике. Еще в разгар боев правобережных казаков с поляками Петр І приказывал Семену Палию (хоть и не имел на это права) немедленно освободить захваченные города. По условиям Нарвского российско-польского договора, казацкий атаман должен был «добром или злом вернуть крепости и города, которые в недавней украинской заварухе взял». Таким образом, император планировал сделать приятное одолжение своему союзнику польскому королю Августу ІІ.
Семен Палий прожил в Сибири более трех лет. Однако после предательства Мазепы, который перешел на сторону шведского короля, 28 ноября 1708 года Семен Палий указом императора Петра I был помилован и вернулся на родину. Всех противников Мазепы спешно стали прощать и награждать.
Семен Палий не затаил обиды на Россию, а по приглашению Петра I прибыл под Полтаву и принял участие в Полтавской битве 8 июля 1709 года. Петр ждал, не начиная битву, более полугода.
Перед битвой Семен Палий стоя на холме рядом с царем (см. выше стихи А.С. Пушкина) обратился к казакам Мазепы с яркой речью. Глашатай громогласно повторял его слова на всю равнину. И только, когда по призыву Палия около 20-ти тысяч казаков перешли от предателя Мазепы на сторону русской армии, Петр начал бой и одержал сокрушительную победу над шведами. Настолько высок был авторитет этого человека среди казаков и влияние казачества на судьбу России.
После Полтавы бывшего опального атамана восстановили в звании фастовского полковника, и он продолжил воевать с польской шляхтой. Но здоровье могучего казака уже было подорвано войнами, заключением и ссылкой. В самом начале 1710 года великий воин скончался и был похоронен в Киево-Межигорском монастыре.
Земли Украины (1710 г)
Таким образом, Семен Палий совершил практически невозможное – освободил силами своих товарищей огромную территорию Правобережной Украины (не меньшую, чем Левобережье), сумел организовать там казацкое самоуправление и мощную оборону. Польша смирилась с потерей этих земель. Украина смогла наконец объединиться, а Россия вздохнула с облегчением, имея надежную защиту от набегов ее врагов с Юго – Запада.