Военная служба дала ему возможность познакомиться со многими неприглядными сторонами действительности: с делами о беглых рекрутах и злоупотреблениях помещиков, с приказами Военной коллегии, с некоторыми материалами о Пугачевском восстании, которое было в самом разгаре. Тем не менее военная служба не пришлась по душе Радищеву, и в марте 1775 года он пишет рапорт об отставке.
В том же году Александр Николаевич женился на дочери члена придворной конторы Анне Васильевне Рубановской. Средств на содержание семьи не хватало, и в 1776 году Радищев вынужден был снова поступить на службу, на этот раз в Коммерц-коллегию. Президентом ее был граф А. Р. Воронцов, который искренне полюбил умного, дисциплинированного чиновника и с тех пор навсегда остался его надежным другом и покровителем. На новом месте Радищеву пришлось не только в полной мере использовать свои юридические познания, но и глубже изучить торговое законодательство. По словам сына писателя, Николая Александровича, Радищев «показывал непреклонную твердость характера в защите правовых дел».
В 1780 году Радищев становится помощником управляющего Петербургской таможней, которым был тогда Даль. Постоянные деловые отношения с иностранцами, прежде всего с англичанами, заставили Александра Николаевича основательно изучить теперь еще и английский язык. Добросовестный Радищев, по существу, тянул все дела, так как управляющий оставил за собой лишь ежемесячные доклады императрице. Радищев был одним из самых честных и неподкупных сотрудников таможни – решительно избавлялся от нечистых на руку казнокрадов и взяточников, активно боролся с контрабандой. За грамотную разработку таможенного тарифа удостоился награды – бриллиантового перстня.
В 1783 году умерла жена Радищева, Анна Васильевна, оставив неутешному супругу троих сыновей и дочь. Воспитанием детей и ведением домашнего хозяйства пришлось заняться ее сестре, Елизавете Васильевне Рубановской. На службе все складывалось удачно – в сентябре 1785 года Александр Николаевич получает орден Святого Владимира IV степени и чин надворного советника, в 1790 году его производят в коллежские советники и назначают управляющим Петербургской таможней.
Но было у него и любимое занятие – все свободное время Александр Николаевич посвящал литературному труду. Первым напечатанным его сочинением был перевод книги французского коммуниста-утописта Г. Мабли «Размышления о греческой истории», вышедшей в 1773 году, которую Радищев снабдил собственными весьма интересными примечаниями. Писал он много и упорно, но не торопился издавать свои произведения, тем более что некоторые из них явно не прошли бы цензуру. Им был написан «Дневник одной недели», выдержанный в традициях сентиментализма и опубликованный в 1811 году, уже после смерти писателя. В 1783 году была создана знаменитая ода «Вольность», позже частично напечатанная в книге «Путешествие из Петербурга в Москву», а до этого ходившая в рукописи. В 1789 году вышла из печати книга о безвременно умершем в Лейпциге талантливом друге «Житие Федора Васильевича Ушакова». В ней автор описывает жизнь русских студентов за границей, рассказывает об их тесном кружке, размышляет о дуэлях, которые по-человечески осуждает, посвящает читателя и в некоторые других предметы дружеских споров. В 1790 году вышла еще одна книга: «Письмо другу, жительствующему в Тобольске», написанная по поводу открытия памятника Петру Великому в Петербурге и наполненная раздумьями о деятельности императора.
Радищев работал в то время и над произведениями на юридические темы. По свидетельству его сыновей, Александром Николаевичем была написана история российского Сената, впоследствии им самим же уничтоженная. Его перу принадлежит также трактат «О законодавстве».
В 1784 году Радищев вступил в «Общество друзей словесных наук», куда входили бывшие воспитанники университета, люди передовых убеждений. Общество издавало журнал «Беседующий гражданин», в нем обсуждались вопросы политической деятельности граждан, их права и обязанности по отношению к государству. Здесь в 1789 году Радищев опубликовал статью «Беседа о том, что есть сын Отечества». После ареста Радищева деятельность общества была запрещена полицией, а многие его участники подверглись различным репрессиям: лишились своих должностей или были высланы из столицы.
С середины 1780-х годов Радищев усиленно работает над своим основным трудом – книгой «Путешествие из Петербурга в Москву». В собственноручных объяснениях, данных впоследствии в Тайной экспедиции, Радищев подробно рассказал, как у него возникла мысль написать такую смелую книгу. Работая в таможне, он часто покупал различные «коммерческие книги». Однажды ему попалась в руки «Философская и политическая история учреждений и торговли в обеих Индиях» французского историка и социолога Г. Рейналя. В ней автор остро критиковал феодально-абсолютистские порядки. Слог книги, высокопарный стиль, дерзновенные выражения – все понравилось Радищеву. Вот и ему захотелось создать нечто подобное, но на российском материале. Сначала он задумал написать повесть о крестьянах, проданных с торгов. Затем, прочитав книгу немецкого писателя и философа И. Гердера, набросал несколько страниц о тисках русской цензуры. Но все это осталось незаконченным, ему никак не удавалось найти яркую форму подачи накопленного материала. Лишь после того, как Радищев прочитал книгу Л. Стерна «Сентиментальное путешествие по Франции и Италии», у него окончательно созрела идея «Путешествия из Петербурга в Москву». В конце 1788 года книга была закончена и представлена в Управу благочиния на цензуру. Поразительно, но дозволение печатать было получено.