Родственникам Радищева о решении императрицы стало известно из уст подполковника Горемыкина – того самого, который арестовал писателя. Елизавета Васильевна, столь много сделавшая для него и его детей, узнав о приговоре, разрыдалась. Спустя некоторое время эта мужественная женщина последует за Радищевым в Сибирь вместе с его детьми, Катей и Павлом. Там она станет его женой, разделит с ним все тяготы изгнания и умрет в дороге, при возвращении Радищева из ссылки.
8 сентября 1790 года Радищева доставили в губернское правление и официально объявили о ссылке в Илимский острог, находившийся недалеко от Иркутска. Писателя заковали в цепи и под «крепчайшей стражею» отправили в Сибирь. Александру Николаевичу не дали даже проститься с родными. Друг и благодетель граф А. Р. Воронцов, желая хоть как-то облегчить участь Радищева, выделил триста рублей для покупки ему всего необходимого, но даже он не знал точной даты отправления. Когда ему стало известно, что писателя, закованного в ручные и ножные кандалы, отправили в Сибирь без теплой одежды, лишь накинув на него «гнусную нагольную шубу», взятую у какого-то солдата, возмущению его не было предела. Благодаря активному вмешательству Воронцова вдогонку арестанту был отправлен курьер с повелением императрицы снять у Радищева оковы с ног. Поскольку путь арестанта лежал через Тверь, Воронцов написал письмо губернатору Осипову, прося его оказать писателю всяческую помощь, и выслал деньги на покупку теплых вещей. Осипов выполнил просьбу Воронцова, но 2 октября 1790 года сообщил графу, что, по имеющимся у него сведениям, Радищев довезен до Москвы в «весьма слабом здоровье».
По дороге в Илимский острог и обратно Радищев вел дневник, записывая путевые впечатления и размышления. Им написано проникновенное стихотворение: «Ты хочешь знать: кто я? что я? куда я еду? – /Я тот же, что и был и буду весь мой век: /Не скот, не дерево, не раб, но человек! /Дорогу проложить, где не бывало следу, /Для борзых смельчаков и в прозе и в стихах, /Чувствительным сердцам и истине я в страх /В острог Илимский еду».
Александр Николаевич Радищев пробыл в Илимском остроге шесть лет, но и там не оставлял своих литературных занятий. Он написал несколько стихотворений, статей, трактатов – в частности, «О человеке, о его смертности и бессмертии» (издан в 1809 году), «Письмо о китайском торге», «Повествование о приобретении Сибири», начата историческая повесть «Ермак».
После смерти Екатерины II вступивший на российский престол Павел I разрешил Радищеву вернуться из ссылки. Писатель поселился в имении своего отца, селе Немцове под Москвой. Въезд в столицы ему был запрещен, и он находился под бдительным полицейским надзором, разве что ему разрешили навестить родителей в Саратовской губернии.
Только император Александр I разрешил Радищеву вернуться в Петербург. Ему были возвращены чины, дворянские права, орден Святого Владимира. Казалось, жизнь налаживается. 6 августа 1801 года Александр Николаевич, благодаря протекции графа А. Р. Воронцова, поступает на службу в Комиссию составления законов, где ему положили оклад 1500 рублей в год. Как всегда, он очень ответственно отнесся к порученному делу: тщательно изучал многочисленную юридическую литературу, труды по истории и теории законотворчества, тексты различных законодательных актов.
Его работа в комиссии оказалась очень продуктивной – Радищев подготовил проект гражданского переустройства, основанный на началах гражданской свободы личности, равенства всех перед законом и независимости суда, проект гражданского уложения, записку «О законоположении». В ней Радищев высказал оригинальные мысли о статистическом изучении уголовно-правовых явлений. В связи с этим советский ученый профессор С. С. Остроумов отметил, что Радищева по праву можно считать основоположником судебной статистики. Еще Александр Николаевич написал интересную записку «О ценах за людей убиенных», в которой он доказывал, что жизнь человека не может быть оценена никакими деньгами.
Однако руководивший работой комиссии граф П. В. Завадовский негативно относился к проектам Радищева. По свидетельству А. С. Пушкина, как-то раз даже сказал ему с упреком: «Эх, Александр Николаевич, охота тебе пустословить по-прежнему! Или мало тебе было Сибири?»
11 сентября 1802 года Александр Николаевич Радищев выпил из стоявшего на подоконнике стакана жидкость, в которой оказалась азотная кислота, использующаяся обычно для чистки эполет, и скончался в страшных мучениях. Было это самоубийством или трагической случайностью, доподлинно не известно, но можно представить себе отчаяние человека, если его надежда искренне и благородно служить России в очередной раз терпит крах.