П. И. Ягужинский довольно быстро занял ключевые позиции в государственных делах – по существу, он играл роль второго лица в империи после Петра I. Императора вполне устраивала активная деятельность Ягужинского, и он во всем поддерживал его. Петр I не раз говорил своим приближенным: «Что осмотрит Павел, так верно, как будто я сам видел».
Положение первого генерал-прокурора Сената было довольно сложным. Император, человек исключительно деятельный и энергичный, нередко сам выполнял прокурорские обязанности: он постоянно ездил в Сенат и строго следил за тем, как принимаются решения.
Первое время Ягужинский тратил немало сил, чтобы навести в Сенате хоть элементарный порядок. Основное внимание он сосредоточил на контроле за повседневной работой, за правильностью и законностью разрешения дел, их своевременным прохождением, порядком заседаний и прочими дисциплинарными моментами. Стремясь к возвышению над Сенатом, он все свои предложения к сенаторам обычно прикрывал авторитетом Петра, с которым оставался очень близок. Коллегиальные решения еще были чужды сознанию самолюбивых сановников, сенаторы не привыкли считаться с чужим мнением и уважать его, поэтому в заседаниях зачастую возникали споры, крики и брань, а иногда даже потасовки. В связи с этим 16 октября 1722 года Ягужинский даже написал особое «предложение» Сенату, в котором просил сенаторов воздерживаться от ссор и споров, «ибо прежде всего это неприлично для такого учреждения».
Постепенно генерал-прокурор занимает ключевое положение в государственном управлении. Русский историк В. О. Ключевский писал по этому поводу: «Генерал-прокурор, а не Сенат, становился маховым колесом всего управления; не входя в его состав, не имея сенаторского голоса, был, однако, настоящим его президентом, смотрел за порядком его заседаний, возбуждал в нем законодательные вопросы, судил, когда Сенат поступает право или неправо, посредством своих песочных часов руководил его рассуждениями и превращал его в политическое сооружение на песке».
В. О. Ключевский не случайно упомянул о песочных часах. Дело в том, что в то время в Сенате существовал такой распорядок – сенаторы, выслушав доклад по какому-либо вопросу, имели право переговорить меж собой о том или ином деле, и для этого им давался срок от получаса до трех часов. Для определения точного времени генерал-прокурор имел под рукой песочные часы. Как только доклад заканчивался, он тотчас ставил часы на стол. Когда весь песок высыпался, сенаторы обязаны были немедленно садиться на свои места и «подавать голоса», начиная с младших.
Император Петр I, всегда строго преследовавший сановников за взяточничество и воровство, часто поручал генерал-прокурору Ягужинскому ведение «розыска», хотя расследование преступлений и не входило тогда в прямую обязанность генерал-прокурора. В 1722 году Петр I получил прошение посадского человека Сутягина, в котором тот доносил о злоупотреблениях ярославского провинциал-фискала Попцова. В доносе сообщалось, что Попцов содержит беглых крестьян, за взятки освобождает людей от рекрутского набора и разворовывает казенные деньги. Такую же жалобу Сутягин подавал еще несколько лет назад, но она затерялась где-то в чиновничьих канцеляриях. На этот раз она все же дошла до императора, и Петр I приказал своему кабинет-министру Макарову отослать полученную челобитную Ягужинскому для расследования. Генерал-прокурор быстро выяснил суть дела. Попцов признал свою вину и, более того, стал изобличать во взяточничестве также и своего начальника, обер-фискала Нестерова. Ягужинский донес о результатах следствия императору, который находился тогда в Астрахани. 15 октября 1722 года Петр I писал генерал-прокурору: «Г. Ягужинский, письмо твое октября 5-го числа до нас дошло, в котором пишешь, что фискал Попцов с розыску показал во взятках и в других преступлениях на обер-фискала Нестерова и в своих показаниях винился, и оное дело велите, по отлучении своем, следовать и разыскивать прокурору Егору Пашкову и для того придайте ему в помощь из прокуроров, кого он будет требовать, и ежели обер-фискал дойдет до розысков, также и другие, то велите разыскивать».
Вскоре после этого обер-фискал Нестеров был изобличен во взяточничестве и казнен.
Когда дело касалось интересов закона, Ягужинский не боялся противостоять даже членам царской фамилии. Об этом свидетельствует такой случай. Подьячий Василий Деревнин, служивший у царицы Прасковьи Федоровны, вдовы царя Ивана Алексеевича, брата Петра I, нашел оброненное фаворитом царицы и ее главноуправляющим Юшковым письмо. Разобрать в нем он ничего не мог, так как оно было писано специальным цифровым шифром. Но то, что писала его царица, – знал доподлинно. Будучи человеком нечистым на руку, он решил выторговать себе из этого случая максимум выгоды (ведь можно написать донос государю!), поэтому письмо припрятал. Пропажа письма весьма обеспокоила царицу, и Юшков получил от нее хороший нагоняй, врученный разносом фаворит в исчезновении письма заподозрил Деревнина, за которым и раньше замечал воровство. Он схватил его и посадил в свою домашнюю тюрьму, но когда подьячего хватились – выпустил, так и не дознавшись о письме. Чтобы не искушать судьбу, Деревнин решил скрыться, но его быстро отыскали и отправили в Тайную канцелярию. Там ему учинили допрос с пристрастием, но безрезультатно, подьячий оказался крепким орешком. Тогда царица Прасковья Федоровна решила самолично допросить арестанта. Поздно вечером, под видом раздачи милостыни колодникам, она вместе со своими слугами прибыла в московскую контору Тайной канцелярии в конце Мясницкой улицы. Зловещие, пугающие жителей Москвы железные ворота Тайной выходили прямо на Лубянскую площадь.