Несмотря на свой вспыльчивый и невоздержанный нрав, Обольянинов отлично разбирался в людях, ценил и всячески выделял талантливых сотрудников и покровительствовал им, даже идя против воли императора. Когда по указанию Павла I все чиновники Сенатской канцелярии, служившие при Екатерине II, подлежали увольнению, он сумел отстоять М. М. Сперанского, который благодаря своему уму, энциклопедическим знаниям и изысканным манерам сразу же пришелся по душе грозному Обольянинову. Однажды, когда Обольянинов по делам приехал в Гатчину вместе со Сперанским, император, увидев их, рассвирепел: «Это что у тебя школьник Сперанский – куракинский, беклешовский? Вон его сейчас!» Но Петр Хрисанфович сумел добиться от государя, чтобы Сперанского не увольняли со службы. Под давлением генерал-прокурора Павел I даже наградил Сперанского одним из высших российских орденов.
П. X. Обольянинов пользовался полным доверием Павла I. Своей близостью к монарху он вызывал трепет у самых высоких сановников. К его дому непрерывно подъезжали экипажи: сенаторы приезжали с докладами, от него ждали милостей. В его дом наведывались даже великие князья Александр и Константин. По словам одного из современников, Д. Б. Мертваго, «с каждым днем становясь сильнее, Обольянинов вскоре уподобился великому визирю. Все лично имевшие доклад у государя получили приказания присылать свои представления через генерал-прокурора и были принуждены объясняться по всем делам с Обольяниновым, соображаться с его мнением или, лучше сказать, с его приказанием, которое казалось всем волею царя».
Обольянинов был на редкость непримирим к подношениям. Когда некая Угриновичева вместе с прошением по делу прислала генерал-губернатору карманную книжку, расшитую шелком, он направил ее прошение и подарок генерал-губернатору Эртелю и попросил возвратить их заявительнице, предупредив, чтобы она впредь воздержалась «от неприличной переписки и дерзкой посылки подарка».
Время царствования Павла I было очень тяжелым. В обществе усилилась подозрительность, репрессии приняли еще более зловещий характер. По поручению императора генерал-прокурор Обольянинов, в руках которого находилась ненавистная всем Тайная экспедиция, организовывал слежки даже за самыми высшими сановниками, заподозренными в чем-нибудь предосудительном. «Время было самое ужасное, – писал современник, – государь был на многих в подозрении. Знатных сановников почти ежедневно отставляли от службы и ссылали на житье в деревни». В частности, Павел I санкционировал «наблюдение за поведением» сына знаменитого фельдмаршала – Николаем Румянцевым, за бывшими своими фаворитами – князьями Алексеем и Александром Куракиными, графами Кириллом и Андреем Разумовскими, князем Голицыным и другими лицами.
Много шума вызвало дело лифляндского пастора Ф. Зейдера, в библиотеке которого оказалась запрещенная книга Лафонтена «Вестник любви». По доносу библиотеку опечатали, а пастора отправили в Петербург и после допроса заключили в Петропавловскую крепость. Вскоре был вынесен приговор – «наказав телесно, сослать в Нерчинск на работу». Обольянинова в связи с делом Зейдера возненавидели еще больше.
Строгий и требовательный, Петр Хрисанфович все же не страдал излишней подозрительностью. Именно этим и воспользовались участники заговора против Павла I, избрав дом генерал-прокурора местом своего сбора. Однако за два дня до убийства Обольянинов предупредил императора о готовящемся заговоре.
11 марта 1801 года, в ночь убийства Павла I, Обольянинов был арестован в своем доме. Зная переменчивый нрав государя, он решил, что все происходит по его повелению. Когда его привели в ордонанс-гауз, он лег и уснул… На рассвете ему объявили о кончине государя и отпустили домой. А еще через пять дней указом Александра I отправили в отставку «за болезнью».
Следующие семнадцать лет он жил в своем доме в Москве, не занимаясь ни государственной, ни общественной деятельностью. Затем московские дворяне избрали его своим предводителем. Впоследствии он еще дважды удостаивался этой чести, но в 1828 году, когда его хотели избрать на четвертый срок, категорически отказался. После 14 декабря 1825 года Обольянинов проявил известное мужество, на которое тогда осмеливались немногие: он смело ходатайствовал о смягчении участи декабриста князя Е. П. Оболенского, приговоренного к смертной казни, – и казнь заменили каторжными работами.
П. X. Обольянинов был женат на Анне Александровне, урожденной Ермолаевой.
Последние годы своей жизни Петр Хрисанфович провел в селе Толожня Новоторжокского уезда Тверской губернии, где и скончался 22 сентября 1841 года на девяностом году от рождения. Погребли его при местной приходской церкви.