Осенью 1839 г. кружок М. В. познакомился с Александром Герценом и его друзьями, возвратившимися в Москву из провинции, куда они были сосланы, и тогда произошло весьма острое столкновение между московскими гегельянцами, не останавливавшимися перед тем, чтобы распространить положение «все существующее разумно, раз оно существует» также и на позорнейшие явления российской действительности, с одной стороны, и кружком Герцена – свободомыслящими, республиканцами, сочувствующими французскому социализму, – с другой. В результате каждая из двух сторон осталась пока при своих взглядах, но благодаря ознакомлению с кругом идей противника обе стороны извлекли большую пользу из этих дискуссий.
В 1840 г. после краткого пребывания в Петербурге Бакунин стал готовиться к от'езду в Берлин с целью изучения немецкой философии в тамошнем университете. Возможно, что он расчитывал добиться современем в России профессорской кафедры по философии. Во всяком случае он почувствовал потребность покончить с бездеятельной жизнью, которая, как он опасался, должна была привести его к «самому большому несчастью – к постепенному опошлению». Он выехал в июле или августе 1840 г. из Петербурга в Берлин, где уже со следующего зимнего семестра стал посещать университет.
Внутренний процесс превращения Бакунина из консервативного в революционного гегельянца очень ясно вырисовывается из следующих результатов. Профессора Вердера, пользовавшегося тогда большой славой в качестве красноречивого излагателя гегелевской системы, Бакунин был вынужден признать поверхностным краснобаем, который в своем стремлении к компромиссам избегает доводить идеи Гегеля до их логического конца. Он также присутствовал при полном фиаско Шеллинга, впервые выступившего зимой 1841–42 гг. с изложением своей реакционной системы. По этому поводу появилась в Лейпциге, в 1842 г. брошюра анонимного автора, которая, согласно письму А. Руге к Розенкранцу (апрель 1842 г.), была написана Бакуниным, жившим тогда уже в Дрездене. Ее заключительные страницы впервые показывают нам революционного Бакунина, увлекающегося Фейербахом. Он призывает «рискнуть наконец своей жизнью в последней священной войне, за которой последует тысячелетнее царство свободы»… «…великий решительный день, день сражения народов приближается, победа должна быть на нашей стороне». В этих вдохновенных призывах он говорит правда пока только о философском бое, но все же они прежде всего обнаруживают темперамент, победивший наконец покой абстрактного мышления.
В Берлине Бакунин жил несколько времени вместе с Тургеневым. Там же он познакомился с Фарнгагеном фон Энзе, сохранившим навсегда к нему чувство глубокой симпатии. Летом 1841 г. он ездил в курорт Эмс. Когда он оставил Берлин, неизвестно. Весной 1842 г. он был уже в Дрездене, где он близко сошелся с Арнольдом Руге и его друзьями, группой радикальнейших гегельянцев. Его брат Павел и Тургенев также прожили некоторое время в Дрездене, и там же Бакунин познакомился с музыкантом Адольфом Рейхелем, происходившим родом из Восточной Пруссии, и приобрел в его лице истинного друга на всю жизнь.
Опубликование сочинения Бакунина «Реакция в Германии. Письмо француза» в журнале «Deutsche Jahrbücher»(17–21 октября 1842 г.), выходившем под редакцией Руге, представляет собою поворотный пункт в его жизни. Статья эта подписана псевдонимом «Жюль Элизар», но авторство Бакунина не сохранилось в тайне, и таким образом не приходилось больше думать о преподавании в русском университете. Бакунин, впрочем, уже давно был и без того скомпрометирован в политическом отношении благодаря своим связям с радикальнейшими немецкими кругами, а также и с поляками. Статья эта направлена против половинчатых и тепловатых, компромиссных течений. Заключительные слова статьи общеизвестны, менее известен весь заключительный абзац: «Будем–те же доверять вечному духу, который только потому разрушает и уничтожает, что он является непостижимо глубоким и вечно творящим источником жизни. – Дух разрушения есть в то же время созидающий дух!»
В начале ноября 1842 г. в Дрезден приехал Гервег, путешествовавший тогда по Германии, и остановился у Бакунина. Спустя несколько недель положение Бакунина стало непрочным очевидно он не согласился на требования неофициального характера вернуться в Россию, а Саксония, где вскоре после этого был закрыт журнал Руге, не могла считаться безопасным для него убежищем. Вследствие этого он уехал вместе с Гервегом из Лейпцига в Швейцарию (через Страсбург) в начале января 1845 г.