Почти одновременно с выходом окуневых мальков из трав стайки взрослых окуней в свою очередь покидают свои летние стоянки и выходят в более открытые и обыкновенно в более глубокие места реки, пруда или озера. Стайки эти собираются по возрастам в стада, которые продолжают увеличиваться в продолжении всей осени, почти до замерзания вод. Эти изменения образа жизни окуня обусловливаются соответственными изменениями образа жизни мальков карповых рыб, служащих ему почти исключительной осенней пищей. С конца августа окуни неотступно следуют за мелочью, собравшейся тучами, подбирают отсталых и отбившихся рыбок и, врываясь по временам в стаю, производят в ней страшные опустошения. Они охотятся уже не из засады, как летом, а нападают открыто, пищи им вдоволь, и она достается им даже легче, чем летом. А так как местопребывание малька осенью еще более зависит от уровня воды и направления ветра (в озерах в особенности), то это обстоятельство необходимо всегда иметь в виду при разыскивании окуня. В паводки, как сказано выше, малявка жмется к берегам или входит в притоки; в сильный ветер она уходит обыкновенно или в подветренную сторону, или вглубь. Кроме того, большую часть осени хорошими указателями местопребывания малька и, следовательно, окуня служат чайки и гагары, которые в свою очередь преследуют мелкую рыбу, иногда довольствуясь мальками, замятыми окунями или вырыгнутыми ими. За редкими исключениями, окунь осенью держится близко от дна, поднимаясь в полводы только в очень теплую и ясную погоду. После первых сильных утренников он уже перестает выбрасываться из воды, конечно, потому, что вся рыба, тем более мальки, с этого времени держится в нижних, более теплых слоях.
По той же причине стаи окуней, вслед за стадами малька, с наступлением холодов, в конце осени, мало-помалу перебираются в более глубокие места, вернее, в ямы и выходят оттуда все реже и реже. В конце октября и начале ноября в средней полосе окунь стоит уже на зимних становищах и меняет их только в том случае, если будет чем-нибудь потревожен. Места этих становищ неизменны, и главные условия их заключаются в углублении дна с возможно крепким, песчаным, каменистым или глинистым, грунтом и в хорошей воде; кроме того, чем крупнее окуни, тем глубже и обыкновенно дальше от берега они становятся. Затем, смотря по характеру вод, становища имеют много особенностей. Можно, однако, принять почти за правило, что в ключевых или полупроточных прудах, также в замкнутых озерах окуни зимуют или в самых глубоких и чистых местах, или же залегают поблизости от ключей. То же замечается и в проточных прудах и озерах; здесь окунь часто зазимовывает в верховьях пруда, в так называемой трубе, или же хотя и в самом пруде, но в речном русле, в устьях озерных притоков. В больших глубоких озерах северной и северо-западной России окуни предпочитают, однако, становиться на зимовку в камнях (на лудах, нальях), так же как и в некоторых глубоких и каменистых реках, не иначе, однако, как на небольшом течении. В речках же окуни почти всегда зимуют в омутах. Наконец, на Волге, Оке и в некоторых их притоках стаи окуня, по-видимому, большей частью стоят под крутоярами или уступами берега, зачастую также в устьях речек. В низовьях Волги они, однако, предпочитают главному руслу чистые и глубокие ерики, где ложатся в самые глубокиМе, обыкновенно там, где ерик разделяется на два рукава.
Первую треть зимы окуни еще довольно энергично преследуют стаи мальков, очень часто занимающих смежные с ямами отмели, местами на севере – многочисленных рачков-бокоплавов, не боящихся холода и иногда сплошь усеивающих внутреннюю поверхность льда. Но сила и быстрота движения этих рыб, как и почти всех остальных, значительно уменьшается после замерзания вод, и они становятся все более и более вялыми. С образованием толстого слоя льда, в средине зимы, окуни, по-видимому, не выходят из своих становищ и лежат здесь на дне, почти неподвижно, тесными рядами, в несколько слоев и почти не принимают никакой пищи. С первыми оттепелями у нас, в средних губерниях, в феврале они мало-помалу начинают выходить из своего полусонного состояния и снова начинают кормиться. В конце зимы главную пищу окуней в большинстве озер северной и частью средней России составляют упомянутые выше бокоплавы (мормыш в Пермской губернии, в Западной Сибири горбунчики), которые в это время размножаются и встречаются обыкновенно парами. Затем, с образованием закраин и больших полыней, стаи окуней трогаются с зимних становищ, разбиваются на меньшие стада и вскоре приступают к икрометанию.