Службу в Туркестанском военном округе Снесарев сочетает с научной работой в Географическом обществе. Постоянная напряженная творческая работа позволяет ему в короткий срок стать ведущим востоковедом и геополитиком России. В Средней Азии он находит ключ политики России по отношению к Великобритании. Именно здесь в то время находился невралгический узел столкновения интересов двух самых больших империй того времени — Великобритании и России.
Там же Андрей Евгеньевич встречает предмет своей пожизненной любви и обожания — прекрасную Евгению Васильевну Зайцеву, дочь начальника пограничной стражи в городе Ош Зайцева Василия Николаевича. В 1904 г. они становятся супругами. История их любви и жизни достойна пера великого романиста.
В 1904 г. Снесарева переводят в Санкт-Петербург заниматься делами стратегической военной разведки России в районах Южной и Средней Азии. В столице он много пишет, читает лекции в военных училищах, активно выступает в Обществе ревнителей военных знаний, Географическом, в Обществе востоковедения, принимает участие в издании газеты «Голос Правды». В 1907 г. он публично доказывает нецелесообразность заключения Россией союзнического соглашения с Англией, поскольку дело идет к подготовке большой европейской войны, в которую последняя вместе с Францией втягивает Россию. Как геополитик и военный стратег Снесарев считает, что России в XX в. нужна военно-политическая стратегия нейтральной великой державы, а не члена одной из формирующихся европейских военно-политических коалиций, готовящих невиданную по своим масштабам войну Но правящие круги Российской империи, опутанные полученными от западных держав займами и жаждущие получения новых, такую идею были не в состоянии понять, а главное, принять. И полковника Снесарева удаляют от дел стратегической разведки методом выдвижения по должности. В 1910 г. его назначают начальником штаба сводной казачьей дивизии, дислоцировавшейся на австро-венгерской границе. Формально все было обставлено прилично, но с ущербом для интересов Отечества.
С должностью начальника штаба казачьей дивизии Снесарев, будучи сам выходцем из казачьей среды, справляется безупречно. Правда, командующий армией генерал Брусилов в предвоенной аттестации на полковника Снесарева рекомендует его использовать лучше на научной, а не на штабной и командной работе. Но, как покажет Первая мировая война, будущий знаменитый полководец в своей оценке полковника Снесарева был прав и не прав. Безусловно, Снесарев всегда был человеком науки. В то же время он блестяще проявит себя на полях сражений как на штабных, так и на командных должностях. В боевой обстановке он вел себя мужественно, проявлял высокую требовательность и разумный риск, особо заботился о жизни и здоровье подчиненных ему солдат и офицеров; они называли его командиром «с ангельским сердцем». Вместе с этими качествами Снесарев обладал могучим творческим умом и волей настоящего полководца. И все это при удивительной личной скромности. Мировую войну он пройдет в должностях начальника штаба казачьей и пехотной дивизий, командира полка, бригады, дивизии и корпуса, станет Георгиевским кавалером 4-й и 3-й степени и будет отмечен многими другими наградами, ему будут присвоены воинские звания «генерал-майор», а затем «генерал-лейтенант»[1].
Когда в конце 1917 г. императорская русская армия рухнет, вовлеченная в две революционные смуты (февральскую и октябрьскую), Снесарев уедет в родную Воронежскую губернию и попытается заняться учительством. В 1918 г., с началом наступления немецких кайзеровских войск в глубь России, от имени Советской власти ему будет предложено вступить в Красную армию. Боевому генералу, известному в России и за ее пределами ученому-востоковеду и геополитику предложат должности командующего Воронежским, затем Орловским военным округом, а в начале мая 1918 г. поручат создавать новый Северо-Кавказский военный округ, быть его военным руководителем. В это время кайзеровские войска почти беспрепятственно продвигались к Северному Кавказу.
При исполнении этой должности в Царицыне произойдет его острое столкновение с Ворошиловым и Сталиным по принципиальным вопросам ведения гражданской войны. Устремления Снесарева — поиск путей уменьшения братского кровопролития, а не принцип «победа любой ценой». Такая позиция генерала старой армии даст повод для подозрения его в изменнических настроениях и намерениях. К тому же в составе его штаба такие люди найдутся. Последуют суровые обвинения и арест Снесарева и его штаба. Московская комиссия отменит его арест и назначит командующим западным участком Завесы — своеобразного фронта между войсками Германии и слабо защищенной от их нашествия территорией страны. Затем последует его назначение командующим Белорусско-литовской армией, вскоре преобразованной в 16-ю армию со штабом в Смоленске.