За всеми этими событиями зорко следил Феофил александрийский и его агенты подкупом и наговорами усиливали и раздували вражду против Иоанна. С особенным торжеством он видел, что во главе этой вражды стала сама императрица, которая для достижения своих целей не пренебрегала никакими средствами. Дворец ея сделался открытым для всех врагов и клеветников на святителя и в ея палатах собирались все те великосветския Иезавели, которые считали себя оскорбленными Иоанном, так безпощадно изобличавшим их низкое лицемерие, наглую хищность, безумную роскошь и нравственную распущенность, и в их тайных совещаниях строились ковы против святителя и сочинялись самыя оскорбительныя для него клеветы и грязные наветы. Обо всем этом знал и император Аркадий. Лично он уважал и любил великаго святителя и в душе горевал о вздымавшейся против него злобе. Но он был слаб и нерешителен и, зная злой, неукротимый нрав царицы, предпочитал молчать, как будто ничего не зная. Все это было на руку Феофилу, и он, наконец убедившись в том, что почва подготовлена, порешил отправиться в Константинополь, но уже не как подсудимый, а как судия, порешивший так или иначе погубить ненавистнаго ему архиепископа. В этом убеждении он окончательно утвердился, когда получил от самой Евдоксии письмо, в котором она просила его немедленно прибыть в Константинополь и ничего не бояться. "Я, писала она, упрошу и царя о тебе и всем твоим противникам загражду уста, только немедленно приходи, собери возможно больше епископов, чтобы изгнать врага моего Иоанна". Теперь Феофил мог уже быть вполне спокоен за успех своего дела и он отправился в столицу - с целой флотилией, нагруженной разными драгоценностями: индийскими ароматами, великолепными плодами и овощами, многоценными египетскими материями - шелковыми и златотканными, - и все это для того, чтобы блеснуть своим богатством в столице и подарками подкупить в свою пользу возможно больше влиятельных лиц. С своей флотилией Феофил прибыл в Константинополь в августе 403 года и на пристани был восторженно встречен большой сворой своих агентов и подкупленнаго ими разнаго уличнаго сброда. Император, узнав о его прибытии, не хотел принять его, смотря на него как на подсудимаго; зато Евдоксия разсыпалась пред ним в знаках уважения и, принимая его тайно в своих палатах, торопила поскорее приступить к делу. По ея настоянию, Феофил порешил созвать собор - для суда над Иоанном, и так как в столице этот беззаконный суд чинить было неудобно и небезопасно, то местом его был избран Халкидон, находившийся по другую сторону пролива, на азиатском берегу, тем более, что и епископом Халкидона был некий Кирин, египтянин, соумышленник и даже родственник Феофила. Так как у Феофила наготове был и необходимый для собора запас епископов, отчасти привезенных им с собою из Египта, а отчасти захваченных по пути и прельщенных подарками и во всяком случае послушных и преданных ему, то действительно и открыт был собор, в загородном помещении, в предместьи Халкидона, известном под названием "При дубе".