Собор составился из 23 епископов, и это незаконное сборище, открывшее двери всем клеветникам и недоброжелателям Иоанна, начало производить суд над святейшим архиепископом, златословесным учителем вселенной! Выслушав показания разных проходимцев, отрешенных от должности диаконов и разстриженных монахов, изливавших свою злобу на подвергшаго их заслуженной каре святителя, собор составил обвинительный акт в 29 пунктов и потребовал от Иоанна, чтобы он явился для ответа. Иоанн с горечью видел, что злоба его врагов начала увенчиваться успехом, и простодушно удивлялся, как все это могло случиться и как Феофил, сам вызванный в качестве обвиняемаго, успел так скоро изменить положение дела и сам выступал обвинителем и судьей. Собрав вокруг себя преданных ему епископов, в числе сорока, он обратился к ним с трогательною речью. "Молите Бога о мне, братие, говорил он, и если любите Христа, не отходите от церквей ваших; для меня уже приблизилось время бед, и приняв много скорбей, я должен отойти из жизни сей. Вижу, что сатана, не вынося моего учения, созвал уже против меня соборище. Но вы не скорбите обо мне, но поминайте меня в молитвах ваших". Эта глубокотрогательная речь привела их в ужас и они заплакали. Утешив их, Иоанн выработал план действия и полный сознания своей правоты порешил не признавать законности и правоспособности придубскаго собора и, не смотря на неоднократный вызов его на этот собор в качестве обвиняемаго, отказался явиться на него. Разъяренные этим отказом, члены придубскаго собора даже избили посланных им с ответом епископов и пресвитеров, ввергнув одного из них в железныя кандалы, уже заготовленныя для Иоанна, и затем подкрепив себя новыми лжесвидетелями, продолжали заочно судить ни в чем неповиннаго и чистаго сердцем святителя. А он в то же время, заседая с своим собором, с полным спокойствием смотрел в лицо надвигавшейся на него бури бедствий и, вполне сознавая свою невинность, говорил: "пусть пенится и ярится море, но камня оно не может сокрушить; пусть вздымаются волны, но Иисусова корабля не могут потопить. Чего нам бояться? Смерти ли? - Но мне еже жити -Христос, и еже умрети - приобретение. Изгнания ли бояться? - Но Господня есть земля и исполнение ея! Бояться ли отнятия имений? - Но всем известно, что мы ничего не принесли с собой в мир, как ничего не может и взять с собою. Я ни нищенства не боюсь, ни богатства не желаю, ни смерти не страшусь; молю только об одном, заключил он, чтобы вы преуспевали в добром". Такия речи могли вытекать только из сердца праведника, вся жизнь котораго сосредоточивалась во Христе, и для него безстрашны были все ковы врагов. Не имея возможности вызвать Иоанна на суд, незаконное сборище порешило осудить его заочно, и действительно на основании всех выслушанных клевет и обвинений, оформленных в 32 пунктах, Иоанн был объявлен достойным низвержения и состоявшееся постановление было отправлено на утверждение императора. Малодушный император, видя теперь пред собою не только страшный для него нрав злорадствующей царицы, но и целое соборное определение, и опасаясь, что ему угрожает масса всяких хлопот и неприятностей в случае сопротивления, порешил лучше пожертвовать святителем, и утвердив постановление, дал приказ об удалении Иоанна. Уже отправлены были воины с наказом взять его и отправить в ссылку. Но лишь только слух об этом разнесся по городу, как народ заволновался и массами двинулся на защиту своего любимаго архипастыря. Угрожало кровопролитие между народом и войском. Тогда невинно осужденный праведник, желая избегнуть безполезнаго смятения и неповинных жертв человеческих страстей, сам тайком вышел из своего дома и отдал себя в руки воинам, которые немедленно отвели его на пристань, посадили на корабль и отправили в Пренет, близ Никомидии.