Все это случилось под покровом ночи, и когда на утро народ узнал, что его возлюбленный святитель, безстрашный проповедник правды, защитник сирых, бедных, труждающихся и обремененных, златословесный Иоанн уже удален и сослан, то в столице началось страшное смятение. По улицам начались схватки и буйства, во время которых многие были изувечены и даже убиты и городу угрожали разныя бедствия. Народ заволновался как разъяренное море и повсюду - и в церквах и на площадях - только и было речи, что о вопиющей неправде состоявшагося над Иоанном суда. Среди толпы поднимались даже шумные голоса, требовавшие, чтобы главный виновник этого горестнаго события, Феофил александрийский был побит камнями, и это несомненно и случилось бы, если бы он, узнав об угрожающей ему опасности, тайно не выехал из столицы. Тогда не имея возможности излить свою ярость на Феофила, народ огромной массой двинулся к дворцу и там с криками и рыданиями просил, чтобы ему возвращен был святитель Иоанн. Слыша эти угрожающие крики, Евдоксия испугалась; но продолжала настаивать на своем, надеясь, что пустые народные вопли пронесутся и смолкнут как ветер. Тем не менее сердце ея дрогнуло и она в тайнике души уже начала раскаяваться во всем совершившемся. Когда она таким образом колебалась, вдруг произошло страшное землетрясение, и особенно грозный удар потряс покой самой императрицы. Тогда она объята была ужасом и, уваренная, что это гнев Божий, карающий ее за причиненное великому святителю оскорбление, бросилась в ноги императору и стала умолять его отменить свой приказ и возвратить Иоанна. Получив согласие императора, она немедленно собственноручно написала Иоанну письмо, в котором, призывая его возвратиться в столицу, всячески старалась оправдаться пред ним, уверяя его, что лично не имеет против него ничего и введена была в заблуждение коварством негодных людей. С этим письмом и приказом императора гонцы поскакали во все стороны и сначала не знали, где искать святителя. Наконец царедворцу Врисону удалось напасть на следы его пребывания в Пренете и он, найдя его там, умолял святителя поскорее возвратиться в город и успокоить до крайности перепуганную царицу. И великий святитель, забыв о всех нанесенных ему оскорблениях и со всепрощением праведника, возвратился в город, где уже несметныя массы народа и на берегу пролива, и на многочисленных лодках и судах, покрывших весь Босфор, приготовились встретить своего возлюбленнаго архипастыря. Иоанн сначала не хотел было вступать в самый город, желая, чтобы предварительно созван был собор епископов, который отменил бы состоявшееся над ним осуждение придубскаго собора. Но народ не хотел и слышать об этих формальностях и, почти силою взяв Иоанна, в торжественной процессии со всевозможными выражениями радости и восторга, повел его прямо в кафедральный собор и поставил на том амвоне, с котораго привык услаждаться его златословесными беседами и поучениями, и хотя св. Иоанн был до крайности утомлен и подавлен волновавшими его чувствами, однако произнес краткую, но сильную речь, в которой от глубины сердца возблагодарил Бога, благодеющаго всем, и народ за его преданность своему пастырю. Народ ликовал и многие плакали от радости, а темная свора его врагов, видя этот неудержимый порыв народной радости, поспешила разсеяться и укрыться.
Святой Иоанн по милости Божией возвращенный народною любовию на свой престол и оправданный от состоявшагося над ним осуждения новым собором из 65 епископов, начал попрежнему право править делами церкви Христовой и из уст его попрежнему полились сладостныя для слуха и сердца беседы и поучения. Водворился опять мир, но к несчастью не надолго. Это было лишь временное затишье перед новой бурей и еще более яростной. Хотя враги Иоанна присмирели, но в сердце своем они затаили еще более смертельную вражду и злобу против него и ждали перваго удобнаго случая, чтобы вновь обрушиться на ненавистного им святителя, который не только своими обличительными беседами, но еще более своею праведною жизнью служил нестерпимым укором для всякой неправды, злобы и порочности. И первой зачинщицей бури опять выступила императрица Евдоксия, которая, оправившись от волнения и страха, вновь начала враждебно относиться к архиепископу. При необузданности нрава царицы, не терпевшей ни малейшаго препятствия в стремлении к ненасытному тщеславию, столкновение между нею и святителем не заставило себя долго ждать, и оно произошло чрез два месяца по возвращении Златоуста на свой престол по следующему случаю. Чувствуя, что она именно глава государства, а не малодушный и ничтожный Аркадий, Евдоксия заявила притязание на небывалую для императриц почесть v сооружение особой колонны, увенчанной серебряным ея изображением, на самой важной площади столицы, около церкви св. Софии. Это необузданное честолюбие Евдоксии возбудило даже негодование на западе и Гонорий счел своим долгом предостеречь своего брата Аркадия от подобнаго нарушения древних обычаев; но Евдоксия ничего не хотела знать, и колонна с ея серебряной статуей на вершине была поставлена при всевозможных торжествах и ликованиях. Вследствие близости колонны к церкви, шум этих непристойных торжеств с языческими церемониями и плясками делал невозможным самое богослужение, и так как они продолжались несколько дней, то святителю не могло не показаться все это явным и даже намеренным оскорблением святыни. Сначала он хотел чрез префекта устранить это кощунство; но когда префект не оказал ему в этом отношении никакого содействия, то он произнес резкую обличительную беседу, которую, по свидетельству историков, начал знаменитыми словами: "Опять беснуется Иродиада, опять мятется, опять рукоплещет и пляшет, опять главы Иоанновой ищет". Доносчики и враги Иоанна не преминули с злорадством довести об этом до сведения царицы, истолковав эти слова в том смысле, что в них она сравнивается с Иродиадой, и Евдоксия пришла в полное неистовство, с плачем жаловалась царю на нанесенное ей оскорбление и требовала, чтобы вновь был созван собор для низвержения невыносимаго дня нея иерарха. К Феофилу полетели от нея письма, в которых она умоляла его вновь приехать в Константинополь и докончить низвержение Иоанна. Тот, конечно, рад бы был исполнить просьбу царицы, так совпадавшую с его собственным желанием; но полученный им раньше урок, когда он едва не побит был камнями от народа, заставил его быть поосторожнее, и он, не желая вновь подвергать себя опасности, отправил вместо себя трех епископов - заместителей, снабдив их необходимыми наставлениями, и между прочим канонами, на основании которых можно было осудить Иоанна. Эти каноны были арианскаго происхождения, составлены были некогда арианами на Афанасия Великаго и следовательно не имели силы для православной церкви; но так как в них заключалось одно постановление, весьма пригодное в данном случае, именно, что епископ, раз низвергнутый собором, не может вновь занимать престола без отмены прежняго постановления другим большим собором, то Феофил ничтоже сумняся и настаивал на применении этого правила к Иоанну, который-де вновь занял свой престол просто по распоряжению царя и воли народа, без правильнаго соборнаго определения. Собор действительно опять составился почти из тех же епископов, которые заседали и "При дубе", и конечно произнес новое осуждение на Иоанна, обвиняя его именно в нарушении указаннаго канона. Осуждение это было вдвойне незаконно, потому что в данном случае канон, составленный еретиками с явно злонамеренною целию - погубить великого поборника православия, был неприменим и потому, что в действительности Иоанн по возвращении из ссылки был оправдан от осуждения его придубским собором со стороны большаго собора, состоявшаго из 66 епископов; но злоба врагов не признавала никаких доводов, и Иоанн был объявлен низвергнутым и это постановление утверждено императором.