Таким образом над главою многострадальнаго Иоанна опять разразилась громовая туча: он опять был в опале и извержен из своего сана. Наученный горьким опытом из прежняго случая, император однако опасался теперь прибрать к насилию над низвергнутым святителем и хотел заставить его удалиться добровольно, стараясь при всяком случае доказывать ему, что он больше не архиепископ и незаконно занимает престол. Так в праздник Рождества Христова 403 года император не хотел принять от него св. причастия. В таком неопределенном положении дело оставалось до самой Пасхи. Наконец царь, наущаемый Евдоксией, которая не давала ему покоя, пока еще оставался на своем престоле ненавистный ей святитель, порешил к светлому празднику Христову совсем удалить Иоанна и послал ему приказ оставить церковь. Св. Иоанн, исполненный сознания своей правоты и пастырскаго долга, отвечал, что он не оставит церкви, которая вверена ему Христом Спасителем, чтобы не понести ответа за самовольное оставление ея. Пусть изгонят его силою, и тогда на него не падет вина эта. Царь заколебался от такой стойкости святителя; но видя над собою неумолимую тираннию Евдоксии, порешил так или иначе покончить с этим тяжелым делом. Придворному сановнику Марину поручено было силою удалить Иоанна из церкви, где он уже готовился совершить св. крещение над 3,000 оглашенных. Сановник исполнил приказ с полицейскою точностью, и светлый праздник был омрачен безобразными сценами дикаго насилия (16 апр. 404 г.). Силою ворвавшись в церковь, полуварварские воины, под начальством язычника Луция, начали безпощадно громить все, предаваясь всяким буйствам и грабежу. Те, кто пытались защитить святителя, были избиты, духовенство выгнано из храма и даже полураздетые оглашенные, уже приготовившиеся для крещения, выгнаны были на улицу, евхаристия осквернена и священные сосуды ограблены. Мерзость запустения водворилась на месте святе, и до глубины души огорченный святитель был заключен в патриаршем доме, где он и оставался еще два месяца под домашним арестом. Положение его с каждым днем становилось все тяжелее и он находил себе единственное утешение в молитве, да в обществе близких ему лиц, среди которых истинным ангелом хранителем для него была благочестивая диаконисса Олимпиада. Ища себе защиты от злобы врагов, Иоанн в это время обращался с письмами к влиятельным епископам запада - к папе Иннокентию I и архиепископам Венерию медиоланскому и Хроматию аквилейскому. Эти иерархи глубоко сочувствовали константинопольскому святителю, ужасались силе злобы его врагов, но помочь были не в состоянии. Медлительность дела между тем все более ожесточала его смертельных врагов, и вокруг патриаршаго дома стали появляться подозрительныя и темныя личности, которыя прямо покушались на жизнь святителя. У ворот патриаршаго дома был схвачен верным Иоанну народом один мнимо-бесноватый, у котораго оказался спрятанным кинжал, припасенный с преступною целию. В другой раз обратил на себя внимание какой то раб, который в необычном волнении и торопливо пробирался к патриаршему дому. Заподозрив его в злом умысле, кто-то задержал его и спросил, что он так торопится, а тот ничего не отвечая ударил его кинжалом. При виде этого другой вскрикнул от ужаса, а он и его ударил кинжалом, а потом и третьяго, подвернувшагося под руку. Поднялись крики и вопли, а раб бросился бежать, размахивая окровавленным кинжалом и отбиваясь от гнавшагося за ним народа. В одном месте его хотел перенять человек, только что вышедшей из общественной бани, но был замертво поражен кинжалом. Когда наконец этот разъяренный зверь был схвачен, то сознался, что был подкуплен за пятьдесят золотых убить Иоанна. После этого несчастнаго случая народ стал неотступно охранять дом своего гонимого архипастыря и среди него начались волнения, которыя угрожали страшными ужасами и мятежами. Тогда, чтобы предупредить напрасное кровопролитие, смиренный святитель порешил, как и в первый раз, добровольно отдать себя в руки светской власти. Созвав в последний раз всех своих приближенных, он убедил их быть твердыми в православной вере и дал им последнее целование. Прощание было глубоко трогательное. Все плакали горькими слезами; плакал и сам святитель. И затем, положившись на Промысл Божий, без воли Котораго не падет волос с головы, святитель малыми дверьми вышел из дома и незаметно направился к морю, где его взяли воины и, посадив в лодку, перевезли в Вифинию.