Узнав об этом, все враги возликовали, но радость их омрачена была страшными бедствиями. В самой патриаршей церкви неизвестно от какой причины вспыхнул пожар: раздуваемая ветром, огненная стихия высоко поднялась к небу и, на подобие радуги изогнув свой всепожирающей исполинский язык, зажгла палату сената. Пожар превратился в огненное море и истребил множество лучших зданий столицы. Все объяты были ужасом и невольно видели в этом бедствии страшный гнев Божий в возмездие за страдания праведника. Но ожесточенные враги святителя и тут нашлись и стали распространять молву, что пожар произошел от злонамереннаго поджога единомышленников Иоанна. Многие из близких к нему лиц поэтому были арестованы градоначальником, который как язычник жестоко пытал мнимых виновников, так что многие даже умерли под пытками, хотя причина пожара так и осталась невыясненной. На архиепископский престол возведен был престарелый брат Нектария Арсакий, а оставшиеся верными истинному архипастырю заклеймены были кличкой "иоаннитов" и подвергались всевозможным гонениям, конфискации имений и ссылкам, пока подобныя жестокости не подавили всех страхом, принудив к покорности и безмолвию.