Это было 14 сентября 407 года[32]. Ему было 60 лет от роду - век не великий, и из него он в течение шести с половиной лет был архиепископом, а три года и три месяца провел в заточении.
Слава великаго святителя была так велика, что весть о его кончине быстро разнеслась по всем окрестностям, и отовсюду собрались во множестве и священники, и девственницы, и отшельники, а за ними и несметныя массы народа, и все с благоговением теснились ко гробу почившаго владыки, чтобы хоть раз взглянуть в лик угодника Божия и поклониться его праху. Прах его с торжеством погребен был в церкви, рядом с мощами священномученика Василиска, накануне призвавшаго его к себе - для пребывания вместе не только под сводами земной церкви, но и в светозарном царстве славы неизреченной. Когда весть о кончине златословеснаго учителя дошла до Антиохии и Константинополя, то и там она повергла всех в неописанное горе. Народ громко рыдал и проклинал тех, кто погубил великаго святителя, и все, близко знавшие его, восторженно разсказывали о великих делах его милосердия, о его святой жизни и о его дивном, златословесном учении. Впоследствии, когда злоба смертельных врагов смолкла пред гробом почившаго святителя, именно при императоре Феодосие и, мощи его были торжественно перенесены в Константинополь (438 г.) и таким образом прах был водворен в той самой церкви св. Апостолов, из которой некогда был с позором изгнан живой носитель его - архиепископ Иоанн.