За всеми этими событиями зорко следил Феофил александрийский, а его агенты подкупом и наговорами усиливали и раздували вражду против Иоанна. С особенным торжеством он видел, что во главе этой вражды стала сама императрица, которая для достижения своих целей не пренебрегала никакими средствами. Дворец ее сделался открытым для всех врагов и клеветников на святителя, и в ее палатах собирались все те великосветские Иезавели, которые считали себя оскорбленными Иоанном, так беспощадно изобличавшим их низкое лицемерие, наглую хищность, безумную роскошь и нравственную распущенность, и в их тайных совещаниях строились козни против святителя и сочинялись самая оскорбительная для него клевета и грязные наветы.
Обо всем этом знал и император Аркадий. Лично он уважал и любил великого святителя и в душе горевал о вздымавшейся против него злобе. Но он был слаб и нерешителен, и, зная злой, неукротимый нрав царицы, предпочитал молчать, как будто ничего не ведая. Все это было на руку Феофилу, и он, наконец убедившись в том, что почва подготовлена, порешил отправиться в Константинополь, но уже не как подсудимый, а как судия, порешивший так или иначе погубить ненавистного ему архиепископа.
В этом убеждении он окончательно утвердился, когда получил от самой Евдоксии письмо, в котором она просила его немедленно прибыть в Константинополь и ничего не бояться.
«Я, — писала она, — упрошу и царя о тебе, и всем твоим противникам загражду уста, только немедленно приходи, собери возможно больше епископов, чтобы изгнать врага моего Иоанна».
Теперь Феофил мог уже быть вполне спокоен за успех своего дела, и он отправился в столицу с целой флотилией, нагруженной разными драгоценностями: индийскими ароматами, великолепными плодами и овощами, дорогими египетскими материями — шелковыми и златотканными, — и все это для того, чтобы блеснуть своим богатством в столице и подарками подкупить в свою пользу возможно больше влиятельных лиц. Со своей флотилией Феофил прибыл в Константинополь в августе 403 года и на пристани был восторженно встречен большой сворой своих агентов и подкупленного ими разного уличного сброда. Император, узнав о его прибытии, не хотел принять его, смотря на него как на подсудимого; зато Евдоксия рассыпалась пред ним в знаках уважения и, принимая его тайно в своих палатах, торопила поскорее приступить к делу. По ее настоянию Феофил порешил созвать собор для суда над Иоанном, и так как в столице этот беззаконный суд чинить было неудобно и небезопасно, то местом его был избран Халкидон, находившийся по другую сторону пролива, на азиатском берегу, тем более что и епископом Халкидона был некий Кирин, египтянин, соумышленник и даже родственник Феофила. Так как у Феофила наготове был и необходимый для собора запас епископов, отчасти привезенных им из Египта, а отчасти захваченных по пути и прельщенных подарками и, во всяком случае, послушных и преданных ему, то действительно и открыт был собор в загородном помещении, в предместье Халкидона, известном под названием «При дубе».
Собор составился из 23 епископов, и это незаконное сборище, открывшее двери всем клеветникам и недоброжелателям Иоанна, начало производить суд над святейшим архиепископом, златословесным учителем вселенной! Выслушав показания разных проходимцев, отрешенных от должности диаконов и расстриженных монахов, изливавших свою злобу на подвергшего их заслуженной каре святителя, собор составил обвинительный акт в 29 пунктов и потребовал от Иоанна, чтобы он явился для ответа.
Иоанн с горечью видел, что злоба его врагов начала увенчиваться успехом, и простодушно удивлялся, как все это могло случиться и как Феофил, сам вызванный в качестве обвиняемого, успел так скоро изменить положение дела и сам выступал обвинителем и судьей. Собрав вокруг себя преданных ему епископов в числе сорока, он обратился к ним с трогательной речью: «Молите Бога о мне, братие, — говорил он, — и если любите Христа, не отходите от церквей ваших; для меня уже приблизилось время бед, и, приняв много скорбей, я должен отойти из жизни сей. Вижу, что сатана, не вынося моего учения, созвал уже против меня соборище. Но вы не скорбите обо мне, но поминайте меня в молитвах ваших». Эта глубоко трогательная речь привела всех в ужас, и они заплакали.
Утешив их, Иоанн выработал план действия и, полный сознания своей правоты, порешил не признавать законности и правоспособности придубского собора и, несмотря на неоднократный вызов его на этот собор в качестве обвиняемого, отказался явиться на него. Разъяренные этим отказом, члены придубского собора даже избили посланных им с ответом епископов и пресвитеров, ввергнув одного из них в железные кандалы, уже заготовленные для Иоанна, и затем, подкрепив себя новыми лжесвидетелями, продолжали заочно судить ни в чем не повинного и чистого сердцем святителя.
А он в то же время, заседая с своим собором, с полным спокойствием смотрел в лицо надвигавшейся на него бури бедствий и, вполне сознавая свою невинность, говорил: «Пусть пенится и ярится море, но камня оно не может сокрушить; пусть вздымаются волны, но Иисусова корабля не могут потопить. Чего нам бояться? Смерти ли? — Но мне еже жити — Христос, и еже умрети — приобретение. Изгнания ли бояться? — Но Господня есть земля и исполнение ея! Бояться ли отнятия имений? — Но всем известно, что мы ничего не принесли с собой в мир, как ничего не можем и взять с собою. Я ни нищенства не боюсь, ни богатства не желаю, ни смерти не страшусь; молю только об одном, — заключил он, — чтобы вы преуспевали в добром».
Такие речи могли вытекать только из сердца праведника, вся жизнь которого сосредоточивалась во Христе, и для него бесстрашны были все козни врагов.
Не имея возможности вызвать Иоанна на суд, незаконное сборище порешило осудить его заочно, и действительно, на основании всех выслушанных клевет и обвинений, оформленных в 32 пунктах, Иоанн был объявлен достойным низвержения, и состоявшееся постановление было отправлено на утверждение императору. Малодушный император, видя теперь пред собою не только страшный для него нрав злорадствующей царицы, но и целое соборное определение, и опасаясь, что ему угрожает масса всяких хлопот и неприятностей в случае сопротивления, порешил лучше пожертвовать святителем и, утвердив постановление, дал приказ об удалении Иоанна.
Уже отправлены были воины с наказом взять его и отправить в ссылку. Но, лишь только слух об этом разнесся по городу, как народ заволновался и массами двинулся на защиту своего любимого архипастыря. Назревало кровопролитие между народом и войском. Тогда невинно осужденный праведник, желая избегнуть бесполезного смятения и неповинных жертв человеческих страстей, сам тайком вышел из своего дома и отдал себя в руки воинам, которые немедленно отвели его на пристань, посадили на корабль и отправили в Пренет, близ Никомидии.
Все это случилось под покровом ночи, и когда наутро народ узнал, что его возлюбленный святитель, бесстрашный проповедник правды, защитник сирых, бедных, труждающихся и обремененных, златословесный Иоанн уже удален и сослан, то в столице началось страшное смятение. По улицам разыгрались схватки и буйства, во время которых многие были изувечены и даже убиты, и городу угрожали разные бедствия. Народ заволновался, как разъяренное море, и повсюду — и в церквах, и на площадях — только и было речи, что о вопиющей неправде состоявшегося над Иоанном суда.