Вероятно, через эту школу, а может быть, еще и раньше Иоанн сблизился с благочестивым епископом Мелетием, который, обратив внимание на даровитого и благочестивого юношу, привязал его к себе и совершил над ним св. таинство крещения. В это время Иоанну было около 22 лет (369 г.). Причина, почему так долго откладывалось его крещение, объясняется отчасти обычаем того времени — откладывать крещение до зрелого возраста, когда пройдут все увлечения молодости, а также, вероятно, и обстоятельствами времени. Антиохийскую церковь в это время обуревали печальные смуты, которые производились арианами. Захватив власть в свои руки, они дерзко и сильно теснили православных, сея при этом раздоры и между ними самими, так что благочестивый епископ их Мелетий несколько раз подвергался изгнанию.
В таком положении дело находилось в первые годы детства Иоанна и с промежутками продолжалось в течение более двадцати лет. Поэтому вполне естественно, что глубокопреданная православной церкви Анфуса и с этой стороны имела достаточно оснований откладывать крещение своего сына, чтобы не сделаться сообщницей пагубной ереси. Теперь смута несколько улеглась, епископ Мелетий мог возвратиться в Антиохию и вновь занял свой престол, и христиане Антиохии могли со спокойной совестью и безопасно принимать крещение.
Крещение оказало на Иоанна глубокое действие. Если уже и прежде он порешил посвятить себя духовной жизни, то теперь, приняв баню возрождения, он всей душой прилепился к подвигам благочестия, и архипастырь Мелетий, заметив его благочестивые наклонности, возвел его в должность чтеца, которая дала ему возможность вполне удовлетворить свою любовь к чтению Св. Писания. Чтобы всецело сосредоточиться на этом упражнении, Иоанн даже наложил на себя обет воздержания в слове и — недавний адвокат и оратор — сделался почти молчальником: удерживался от всякого празднословия и шуток и этим накоплял в себе духовные силы, которые понадобились ему впоследствии.
Между тем в Антиохии опять начались смуты; ариане, пользуясь содействием императора Валента, вновь начали теснить православных, и Мелетий был сослан в заточение. Положение православных вообще было тяжелым, а служителей церкви в особенности. Для Иоанна прибавилось еще новое огорчение: скончалась его благочестивая мать Анфуса. Он остался одиноким, и тогда он порешил совсем покончить с этим грешным миром, исполненным всяческих смут, треволнений и огорчений, и удалиться в пустыню — для отшельнической жизни. Его друг Василий торжествовал и радовался за своего сверстника, и оба они заботились о том, чтобы как можно больше друзей и товарищей своей юности обратить к этому истинному любомудрию. Сам пылая ревностью к духовному подвижничеству, Иоанн поэтому был тем более огорчен, когда узнал, что один из его друзей — Феодор, — еще недавно предававшийся истинному любомудрию и стремившийся к подвижничеству, изменил своему решению и, увлекшись любовью к некоей Ермионе, задумал оставить отшельничество и жениться на своей возлюбленной. До крайности огорченный этим, Иоанн написал своему другу два чрезвычайно сильных и красноречивых увещания, в которых, оплакав падение своего друга и изобразив суетность мира с его прелестями, призывал Феодора оставить свою суетную мысль и возвратиться к любомудрию. Увещания — это первое его христиански-назидательное творение — возымели силу, и Феодор раскаялся в своей слабости, возвратился к подвижничеству и впоследствии стал епископом мопсуестским [5].
Молодые друзья со всем пылом юности отдались духовным подвигам, и Иоанн теперь соперничал со своим другом Василием в делах благочестия: подвизаясь сам, он и других поощрял к подвигам делом и словом, возбуждая в ленивых стремление к небесам — чрез умерщвление своей плоти и порабощение ее духу. Слух об их необычайном подвижничестве распространился по окрестностям, и к ним отовсюду потянулись страждущие духом и телом и получали исцеление. Около этого времени Иоанн написал свои два слова «о сокрушении» к инокам Димитрию и Стелехию, преподав в них урок утешения всем духовностраждущим и сокрушающимся о грехах своих. Православные жители Антиохии удивлялись подвигам молодых иноков, и даже собор епископов пришел к мысли, как хорошо было бы поставить их ближе к церкви, тогда нуждавшейся в самоотверженных пастырях.
И вот пронесся слух, что составился уже план взять их обоих и рукоположить во епископов. В те смутные времена подобные случаи были нередки: в сан епископа возводились и молодые люди, если они оказывались достойными этого сана по своему уму и благочестию. Честь предстояла великая, но эта весть чрезвычайно поразила и встревожила Иоанна. Он для того и удалился в пустыню, чтобы в уединении спасать свою душу — вдали от треволнений мира сего, а теперь опять хотят поставить его среди этих треволнений, и притом в таком высоком сане, о котором он и помыслить не смел. Поэтому он порешил так или иначе уклониться от этого избрания, и так как его друг Василий оказался более склонным к предизбранию Божию, то он даже нарочито посодействовал ему в этом, а сам укрылся в пустыне.
Василий действительно был взят и рукоположен во епископа, и когда, узнав о поступке своего друга, стал сетовать на него, то чтец Иоанн в оправдание себя и в утешение своего друга написал знаменитую книгу: «Шесть слов о священстве», в которой изложил всю возвышенность и трудность пастырского служения. Эта книга сделалась навсегда необходимым руководством для всякого пастыря душ, и именно из нее черпали и доселе черпают себе духовное мужество и силы все истинные пастыри, добре правящие слово истины. Василий, успокоившись от волнения, ревностно предался своему архипастырскому служению и в качестве епископа рафанского впоследствии участвовал на 2-м Вселенском соборе в 381 году.
Между тем Иоанн, избегнув епископства, еще сильнее предался своему духовному подвижничеству. В это смутное время, когда в политической жизни чувствовалась тяжелая неопределенность, а в церковной продолжалось пагубное господство ариан, многие благочестивые люди предпочитали за лучшее бросить этот жалкий мир с его смутами, треволнениями и бедствиями, чтобы в пустыне найти себе полное успокоение. Там, в безмолвном уединении, среди вечно прекрасной природы смолкали все злобы мира сего и отшельники могли с облегченным сердцем пещись о спасении своей души. Поэтому окрестные горы Антиохии наполнились отшельниками, и из них создалась целая община, которая и вела полную духовных подвигов жизнь. Это были истинные воины Христовы, постоянно стоявшие на страже против нападений плоти. Уже в полночь они поднимались на молитву и оглашали пустынные горы стройным псалмопением. Отдохнув немного, они с восходом солнца опять вставали и совершали утреню, после чего каждый занимался в своей келье чтением Св. Писания или списыванием св. книг. В течение дня, в определенные часы, они опять собирались на общую молитву, называвшуюся часами третьим, шестым, девятым и вечернею, а в промежутки занимались разными видами труда, чем добывали себе скудное пропитание.
По обету нестяжательности все у них, как и во времена апостольские, было общее, так что у них неизвестны были самые слова — мое и твое. Трудна и сурова была жизнь этих подвижников, но она находила себе полное вознаграждение в том душевном мире, который водворяла она, услаждая их надеждой на Божие милосердие и радостью о благодати, низливавшейся на них свыше.