Восьмидесятилетний дед Бенцион был еще жив и по-прежнему читал лекции в синагоге. Статьи внука были ему недоступны, но смутные отголоски споров, которые велись на страницах древне-еврейской печати, доходили и до него. Меир-Яков Дубнов, читавший во время своих странствий газету "Гамелиц", мягко укорял сына в письмах за то, что он заходит в своей полемике слишком далеко и компрометирует славное имя Дубновых. Приближался критический момент - осенние большие праздники. "Однажды - рассказывает автор "Книги Жизни" - дед попросил меня к себе ... Он ... спросил, где я намерен молиться в праздники. Я отвечал, стараясь по мере возможности щадить его религиозное чувство, что я еще не решил этого вопроса, что у меня даже нет необходимой для женатого человека молитвенной принадлежности - талеса. На его вопрос: почему? - я ответил, что эти уборы установлены не Торой, а устным учением... Высокая фигура деда как-то согнулась, голова ниже опустилась на грудь... Несколько минут длилось тяжелое молчание. Вдруг он остановился против меня и сказал проникновенным голосом, в котором звучала бесконечная скорбь: "Шимон, придет время, когда ты скажешь вместе с пророком: пойду и вернусь к моему первому мужу, ибо лучше было мне тогда, чем теперь" ...
Долго звучали в ушах внука слова, произнесенные грустным традиционным напевом. Но когда наступили торжественные дни Рош-Гашана и Иом-Кипура, и старик, облеченный в белое, выступил перед амвоном, как "посол общины", внук остался в своем (59) кабинете, среди еретических книг. "С осени 1884 года говорит "Книга Жизни" - в тихом провинциальном городе наблюдалась такая картина: на двух параллельных улицах сидели в своих кабинетах, среди шкафов с книгами, дед и внук; один занимался мудростью Талмуда и раввинов и передавал ее своей аудитории, другой столь же ревностно углублялся в новую мудрость века и имел свою далекую аудиторию, более обширную... Оба жили как назиреи, исполнители строгого обета, каждый со своим смыслом жизни, интеллектуально различным, этически одинаковым".
В еврейском квартале поведение молодого Дубнова вызвало резкое осуждение. Враждебные взгляды провожали его, когда он прогуливался с палкой в субботу по городскому бульвару; мальчишки кричали ему вслед: "апикойрес!" А он с жаром принялся за выполнение своего университетского плана, построенного на контовской классификации наук. В программу входило естествознание, философия, история, социология. Рабочий день должен был продолжаться не менее 13-и часов. Отшельник замкнулся в просторном кабинете, где когда-то находилась библиотечка сестер Фрейдлиных, а теперь приютилась его собственная библиотека. Такие книги, как "Логика" Милля, "Всемирная История" Шлоссера, "Социология" Спенсера и ряд трудов по истории философии открывали новые горизонты и углубляли те представления о мире, которые уже прочно вошли в сознание. Но иногда грустно становилось при мысли, что не с кем делиться находками, порожденными обильным чтением. - "Сколько раз - говорит запись в дневнике - восторженное Эврика мыслителя раздается среди пустых четырех стен! Если разделенная радость есть удвоенная радость, то разделенная мысль - умноженная мысль. Но немногим такое счастье выпадает на долю".
Занятия в "домашнем университете" приходилось, однако, прерывать для текущей литературной работы. Писатель вернулся к теме, не переставшей его волновать - реформе воспитания. Новая статья, посвященная этому вопросу, была проникнута тем же духом, что и прежние рассуждения о религиозных реформах, но тон ее был менее резок. В ней указывалось на своеобразное явление: далекий потомок, наткнувшись на материал о хедерном обучении, может подумать, что трехмиллионное русское еврейство готовило всех детей мужского пола в теологи. Доказывая (60) необходимость упразднения хедеров и замены их светскими общеобразовательными школами, автор заканчивал словами, проникнутыми сердечной болью: "Тысячами детских тюрем усеяно всё пространство черты оседлости. Там совершается преступление великое: избиение младенцев, убиение духа и плоти. Изнуренные, бледные существа выходят оттуда. Они не знали детства, эти несчастные маленькие люди. Им незнакома ширь полей, свежесть лугов, глубь синих небес. Между четырьмя стенами, в душной атмосфере, в непосильном умственном напряжении, под палкой невежды протекли их лучшие детские годы. Там чудовищная вавилонская мудрость насильственно вбивалась в детские умишки. Ничего не сообщали им о действительном мире, о природе, о жизни, а всё о мире загробном, о смерти, о заповедях, о рае и аде".
Получив статью, редактор "Восхода" был крайне смущен. Он опасался новых протестов со стороны представителей петербургской еврейской общины, раздраженных недавними выступлениями строптивого журналиста. Рукопись долго пролежала в его портфеле. В конце концов, она была напечатана с сокращениями и примечанием редакции. На месте подписи редактор поставил обратные инициалы автора - Д. С.
Писатель, излив свою горечь, снова погрузился в науку; но непрерывное напряжение роковым образом повлияло на его зрение: глаза разболелись так, что пришлось прервать чтение. Близкие люди читали ему вслух по целым часам, но это не удовлетворяло ненасытного книжника. В одну из ночей в доме началась суматоха; потом потекли томительные часы ожидания - и, наконец, акушерка с гордостью показала растерянному молодому отцу красный комочек в туго свернутом свивальнике. Это была девочка, которую решено было назвать Софией. Нерадостны были следующие дни. Молодая мать, измученная трудными родами, неподвижно лежала в спальне, откуда доносился жалобный писк ребенка, а глава семьи сидел в кабинете, где по совету врача закрыты были ставни для защиты от солнца, и размышлял о своей болезни, о шаткости своего материального положения. Очень не хотелось ему запрягаться в постоянное сотрудничество в "Восходе", превращать литературный труд в источник заработка, (61) ставить себя в зависимость от капризов редактора-дельца, но появление ребенка накладывало новые обязанности ...
Спустя некоторое время зрение поправилось, но план занятий уже был нарушен. В доме наступило оживление: вернулся из Палестины брат Владимир, не выдержавший тяжести примитивного земледельческого труда. Начались горячие споры о национализме и космополитизме, но в возражениях младшего брата уже чувствовался надлом. Тоска, обуявшая его в одинокие часы раздумий в полутемной комнате, всё глубже въедалась в душу. Чтоб подавить ее, он пытался заняться физическим трудом, осуществляя толстовскую проповедь "опрощения", которая в последнее время стала ему особенно близка. На стеклянной веранде водружен был столярный станок, вызывавший недоумение заглядывавших в окна соседей; к репутации вольнодумца прибавилась слава чудака. Столярные принадлежности скоро сменились переплетными, и на высоких полках вдоль стен появился ряд книг в новых, пахнувших клеем немудреных переплетах. Но и физический труд не принес облегчения. "Что-то оборвалось в душе - пишет историк, вспоминая эту пору жизни - какая-то трещина прошла через мое миросозерцание, и через нее ворвалась тревога. Как некогда у меня возникло сомнение в вере, так теперь зародилось сомнение во всемогуществе разума. Позитивизм, везде ставивший рогатки моему мышлению, начал стеснять меня; мой умственный организм вырос из узкого костюма".