В жизни С. Дубнова внутреннее беспокойство всегда сочеталось с потребностью переменить обстановку. К концу лета, захватив с собой большой запас книг, скиталец опять перекочевал в столицу. Там он сразу ощутил перемену в общественной атмосфере. Завет идеолога реакции К. Леонтьева - "заморозить Россию" - свято выполнялся Александром Третьим. Русско-еврейская печать была в упадке; выходил только "Восход", но и над ним висел дамоклов меч цензуры, часто делавшей редактору строгие выговоры. Немало повредили репутации журнала и статьи, содержавшие резкую критику еврейского традиционализма. Тем не менее, А. Ландау предложил вернувшемуся из провинции сотруднику возобновить работу в историческом и критическом отделе. На страницах "Восхода" снова стали появляться обзоры Критикуса, отмечавшие каждое значительное явление в еврейской (62) литературе. С особенным чувством писал критик о Францозе, бытописателе галицийского еврейского местечка; в этой статье, говорящей о бедной, отсталой провинциальной жизни, прозвучала новая нотка - нотка мягкой резигнации. Автор ее почувствовал, что в этой жизни нет правых и виноватых. Статья заканчивалась лирическим обращением к читателям: "Вам кажется, будто после долгих скитаний вы опять посетили родной дом, увидели родные, близкие и любимые образы... и всё поняли: и прошлое, и настоящее, и смысл того и другого, и связь между ними".
Исторические темы попрежнему влекли к себе писателя. Мучил вопрос: о чем писать - об энциклопедистах и теории перфекционизма Кондорсе, или о еврейской мистике и каббале. На время внимание молодого историка привлекла личность современника Данте, малоизвестного еврейского поэта Иммануила Роми, по характеру своего дарования напоминающего Гейне. Серьезной исторической проблематике посвящена статья о Момзене. Автор критикует односторонность знаменитого историка, осудившего национальное восстание древней Иудеи, и пытается реабилитировать боровшихся за независимость зелотов, а отчасти даже фарисеев, пытавшихся создать оплот против ассимиляции. В этой постановке вопроса ощущается уже явный поворот от космополитизма к новым концепциям.
Литературной работе сильно мешали повторявшиеся время от времени припадки глазной болезни. Как и в Мстиславле, невольный досуг побуждал к размышлениям, обострявшим идейный кризис. К этому времени записи в дневнике становятся более частыми и подробными. В одной из них отмечаются четыре фазиса, пройденные писателем в поисках цельного миросозерцания: правоверие, очищенная вера, деизм и позитивизм. Теперь, вступая в новую фазу, автор дневника замечает: "Характер моего скептицизма пока еще не вполне выяснился. В общем подкладка его чисто эмоциональная. Существенные его черты следующие: жажда веры, неудовлетворяемая вполне позитивистской "религией человечества"; безотрадные мысли о непостижимости важнейших тайн бытия, волнующих ум вопреки запрещению позитивизма; сомнение в нравственном прогрессе человечества".
Когда такие настроения овладевали молодым писателем, его (63) тянуло к теме "Иoв и Экклезиаст, пессимизм и скептицизм в Библии". Меряя шагами свою комнату, он вспоминал строки, читавшиеся в детстве под унылый вой осеннего ветра в дни праздника "Сукот", или повторял строфу Байрона:
Count over thе joys thine hours hаve seen,
Count over thе days from anguish free,
And know, whatever than past been,
It is something better not to be.
"Я подвергал пересмотру - вспоминает он в "Книге Жизни" - всё свое миросозерцание ... Я был во власти "страха пустоты", который владел мною в этот промежуток между одной частью полной жизни и другой" ...
Сознание духовного одиночества становилось всё более тягостным. Постоянное общение с Фругом, как и в былые годы, не давало удовлетворения. Фруг приобрел в ту пору популярность звучными, непритязательными по форме стихами на национальные и библейские темы. С. Дубнов охотно слушал его декламацию и сам с воодушевлением читал наизусть многие его стихи, но избегал бесед о "проклятых вопросах". Гораздо более интересным собеседником был молодой Аким Флексер, впоследствии приобревший под псевдонимом Волынский большую известность, как религиозный философ и критик искусства. Часто студенческая каморка оглашалась возбужденными голосами: юноши до хрипоты спорили о преимуществах английской и немецкой философии. Флексер яро отстаивал гегельянство, которое его противник - верный ученик Милля - называл "мозговой паутиной". Поспорив, собеседники мирно принимались за совместное изучение юриспруденции: Флексер готовился к государственному экзамену на юридическом факультете, и они сообща проходили науки, которые С. Дубнов включил в программу своего "домашнего университета".
Летние месяцы, проведенные в Мстиславле, на лоне семьи, принесли отдых душе и глазам. В загородном домике с садом раздавался писк двух крошек (весною, в отсутствие отца родилась вторая дочь, Ольга); жена, сестра ее Фанни и Владимир Дубнов по очереди читали вслух усталому столичному гостю (64) книги и журналы. Братья снова проводили много времени вместе, гуляли по окрестностям, дружески спорили, изредка навещали деда Бенциона.
Обитатели "Шулефа" попрежнему хмуро поглядывали на невысокого бледнолицего человека в двойных очках, бормоча ему вслед, что за тяжкие грехи Бог наказал его слепотой ... А вольнодумец, о котором они сокрушались, рассеянно постукивая палкой по доскам тротуара, обдумывал очередные статьи характеристику Берне, которого он называл марраном нового типа, и цикл "Общий взгляд на историю еврейской литературы". В этом цикле ему предстояло впервые высказать мысль, что через всю историю еврейской литературы проходят параллельно два начала - национальное и универсальное. Признаком поворота в исторических воззрениях автора было то, что он подчеркивал не столько борьбу, сколько взаимодействие этих начал. Перед молодым историком открывался новый путь.