Последствия публикации оказались для Штрауса неожиданными и драматичными. Он адресовал книгу специалистам-теологам, а она вызвала настолько широкий общественный интерес, что к 1840 году вышла четырьмя изданиями, причем каждый раз в обновленной редакции. Штраус надеялся достойно войти в круг авторитетных профессионалов и внести свой вклад в разрешение выявившихся в христианской доктрине противоречий, но вместо этого едва не стал жертвой остракизма и был уволен из университета. Конечно же он ожидал споров и был к ним готов, однако столкнулся с массированным шквалом обвинений и нападок. Разумеется, случалась и серьезная, даже доброжелательная критика, но как ее было мало! Бруно Бауэр упрекнул Штрауса за излишнюю спекулятивность и недостаточно последовательную демифологизацию евангельских историй. Баур разделял ряд идей "Жизни Иисуса", но избегал публичных оценок. Зато чрезвычайно активно вели себя теисты, оценивавшие книгу с диаметрально противоположных позиций, причем с критиками-протестантами солидаризировались и критики-католики во главе с И. Л. Гугом.
Штраус защищался самоотверженно и изобретательно. В поразительно короткий срок - в течение одного года - он издал три сборника "Полемических заметок", специально посвященных защите "Жизни Иисуса". Нужно отдать Штраусу должное - в этих трудных условиях его теоретическая принципиальность не вылилась в догматическое упрямство. Он не только разъяснял и отстаивал, но и уточнял и дорабатывал свою концепцию. В новых изданиях он пытается более органично связать историческую часть с теологическими выводами; он использует и Шлейермахера, соглашаясь с тем, что религию питают также и психологические факторы; им принимаются в расчет ряд замечаний гегельянцев; наконец, у Штрауса хватает сил для написания и издания новых работ, в том числе двухтомного "Христианского вероучения" (1840- 1841), в котором он продолжил свои теоретические разработки (и, между прочим, скрестил шпаги с быстро обретающим популярность Л. Фейербахом). И тем не менее по-своему увлекательная обстановка полемики не могла снять тяжести изоляции. Особенно трудно переживал Штраус отрыв от педагогической деятельности. Возможно, в силу этих обстоятельств в бурный 1848 год он пробует силы в политике, избирается депутатом Вюртембергского собрания. Опыт оказался неудачным (хотя, как увидим ниже, и не бесполезным).
Спасительным выходом из затруднений казалось предложенное ему место профессора церковной истории и догматики в Цюрихском университете. Приглашение объяснялось тем, что в кантоне к власти в начале 40-х годов пришли либеральные силы, которые стремились расширить гражданские права, улучшить дело образования, обеспечить религиозную свободу и в этом плане сочли кандидатуру Штрауса вполне для себя приемлемой. Однако хотя университет и кантональное правительство приняли решение о зачислении Штрауса на должность, мобилизованная клиром общественность не позволила ему занять ее. Церковью была развернута широкая антиштраусовская кампания в прессе, составлялись петиции, публиковались памфлеты - одним словом, были приведены в действие все существовавшие в то время рычаги манипулирования массовым сознанием. Завершилась кампания своеобразным референдумом (мнение граждан выявляли священнослужители), в ходе которого почти 40 тысяч человек высказались против Штрауса и лишь тысяча с небольшим - "за". Таким образом, демократический механизм был умело использован для того, чтобы не пустить в Цюрихский университет профессора, образ мысли которого отклонялся от оберегаемых стандартов.
Штраус окончательно становится свободным писателем, живущим литературным трудом. Он пробует силы в разных жанрах: пишет литературоведческие статьи, рецензии, весьма квалифицированные работы о музыке, изредка выступает по вопросам политики. Однако наиболее значимы его исследования творческих биографий личностей, утверждавших себя в борении против политических, религиозных, культурных стереотипов и рутины. Как правило, это фундаментальные по объему, богатейшие по материалу и концептуально продуманные работы. Таковы книги, посвященные мало известному швабскому поэту Шубарту, берлинскому теологу-гегельянцу Мерклину, Ульриху фон Гуттену, Реймарусу, крупному немецкому гуманисту и поэту Фришлину. На первый взгляд, налицо отход от прежней тематики, но это не совсем так. Видимо, не случайно внимание Штрауса привлекают личности, так или иначе вовлеченные в реформационный процесс или религиозную критику (даже Шубарт импонировал ему своим бунтарским антиклерикализмом). Штраус задумал новые крупные исследования, посвященные Лютеру и Цвингли, но неожиданно обратился вновь к "Жизни Иисуса" и в 1864 году выпустил в свет ее обновленный вариант под названием "Жизнь Иисуса, обработанная для немецкого народа".
Причин возврата к старой теме было несколько. Прежде всего, она продолжала оставаться в центре теоретических споров, в которые включились свежие участники, выдвинувшие новые идеи, и Штраус почувствовал, что его концепция не исчерпала еще своих возможностей. К тому же он считал, что его недавние исторические изыскания, расширившие область исследований, по-своему укрепили его прежние установки, которые нуждаются в незначительной переработке. Непосредственной причиной, ускорившей эту работу, послужило появление книги Э. Ренана "Жизнь Иисуса", во многом вдохновленной мифологической теорией Штрауса. Памятуя о том, что "критическая обработка" жизни Иисуса пользовалась успехом у широкой читающей публики, Штраус создает более популярный вариант "Жизни Иисуса", веря, что ему "удалось написать для немцев такую книгу, какую для французов написал Ренан".
В "Жизни Иисуса", как и в других своих работах, Штраус критиковал не столько христианскую религию, сколько христианскую догматику, которая была внутренне противоречива и пришла в конфликт с современным знанием. Более того, Штраус полагал, что решительное развенчание заскорузлой ортодоксии будет способствовать сохранению и спасению христианства. Само по себе такое обновленческое устремление могло бы встретить понимание и поддержку в церковной среде, если бы программа Штрауса не предполагала разрушения наиболее консервативного, с его точки зрения, догмата - признания Иисуса сыном Божьим. Не случайно книга посвящена жизни Иисуса, то есть исторической личности. Говоря о работе Неандера "Жизнь Иисуса Христа" (1837), Штраус обращает внимание на то, что в ней к "чисто человеческому личному имени добавлено наименование, обозначающее сан и титул" (с. 50). Прибавление "Христос" (то есть "Помазанник") является указанием на духовное помазание Богом-Отцом, наделившее Иисуса всеведением, святостью и могуществом, то есть божественными атрибутами. В догматической интерпретации это способ идентификации его с ипостасью Бога, богочеловеком, призванным спасти человечество. Собственную концепцию Штраус понимает как последовательное развитие рационалистической традиции, ориентированное на реконструкцию естественной жизни Иисуса и выявление причин возникновения в массовом сознании образа Христа-Мессии.
Обе версии "Жизни Иисуса" Штраус рассматривает как два издания одной работы. И действительно, отстаиваемая концепция, анализируемый материал, главные аргументы в них практически те же. Изменения коснулись композиции сочинения, отчасти содержания и в большей мере - объема и редакции, что было связано с переориентацией на более широкую публику. Второй вариант заметно "похудел": по объему почти вдвое, число главок сократилось с полутораста до сотни, Штраус убрал многие узко богословские темы и облегчил аппарат. Формально упростилась и структура, в которой остались введение и две основные части, посвященные историческому жизнеописанию Иисуса и его мифической истории. Однако основное теоретическое содержание и архитектоника каждого тематического блока остались почти неизменными. Штраус сначала представляет (или обозначает, если предмет общеизвестен) супранатуралистическую трактовку с ее особенностями и противоречиями, затем, как правило, ее рационалистическую критику, после чего демонстрирует достоинства и ограниченность последней, с тем чтобы, использовав ее позитивные моменты, дать свое толкование.
Большое внимание в книге уделено тому, что можно было бы назвать литературной историей Иисуса. Во многом это связано с тем, что дискуссии библеистов в значительной мере переключились на евангелия, появилось много новых исследований, в том числе инициированных самим Штраусом, и, что особенно важно, возрасли усилия по открытию исторического Иисуса, который становится предметом мирского (прагматического) осмысления и отделяется от образа догматического Христа, хотя источник информации остается неизменным - все те же книги Нового завета и апокрифические материалы.