Другие свидетельства указывали на то, что Клюев умер в томской тюрьме. Это с определенностью заявлял, например, В.А. Баталин, ссылаясь на рассказ одного бывшего сержанта, находившегося с ним совместно в Севвостлаге.
Однако в 1989 году стало известно, что Клюев был расстрелян в октябре 1937 года по приговору «тройки» – «за контрреволюционную повстанческую деятельность». Открывшиеся материалы клюевского «дела» помогли уточнить, как это случилось.
Начнем с документа, сохранившегося в деле №12301 «по обвинению гр-на Клюева Николая Алексеевича по ст. 58-2-10-11 УК РСФСР». Документ этот – удостоверение № 4275, выданное (взамен паспорта) Томским горотделом Управления НКВД по Запсибкраю 5 января 1937 года в подтверждение того, что Клюев «состоит на учете в Томском горотделе НКВД и обязан проживать в гор. Томске без права выезда за пределы указанного пункта». Кроме того, Клюеву, как и любому административно ссыльному, следовало дважды в месяц, 1-го и 20-го числа, являться на регистрацию. (В последний раз он отметился 7 мая вместо 1-го – должно быть, в праздничные дни не регистрировали).
В апреле-мае 1937 года Клюев еще на свободе, пишет и получает письма. «Я последние три месяца не вставал с койки – все болел и болел», – пишет Клюев Н.Ф. Садомовой 6 апреля. «Восемь месяцев не был из-за болезни в бане. Самому не дойти, а помочь некому» (В.Н. Горбачевой, апрель). Последнее из сохранившихся писем Клюева – от 3 мая 1937 года к В.Н. Горбачевой; в нем сообщается новый томский адрес: Старо-Ачинская, 13.
Знал или догадывался Клюев, что в эти самые месяцы в местном НКВД уже во всю раскручивалось дело «Союза спасения России» – монархо-кадетской организации, которая якобы готовила вооруженное восстание против Советской власти. Уже в конце марта начальник Управления НКВД Миронов дал «ориентацию» – «тащить <Клюева> именно по линии монархически-фашистского типа, а не на правых троцкистов». В качестве одной из центральных фигур следствие избирает, помимо Клюева, княгиню Е.А. Волконскую, вдову высланного в 1930 году из Ленинграда архитектора А.В. Волконского.
Из материалов дела, опубликованных Л.Ф. Пичуриным, не вполне ясно, в какой степени Клюев был действительно связан с этой княжеской парой. Собственно, князь умер в феврале 1935 года – если даже Клюев и успел познакомиться с ним, то общение длилось совсем недолго. О знакомстве его с княгиней (в Томске она служила домработницей) ничего не известно. Арестованная в конце мая 1937 года, Елизавета Александровна на допросах держалась твердо, имени Клюева не назвала (да и вообще никого не оговорила), виновной себя не признала и была, естественно, расстреляна.
Младший лейтенант Горбенко (именно ему было поручено дело «Союза») допросил тем временем (в апреле и мае 1937 года) еще ряд административно ссыльных – юриста П.А. Ивановского; юриста Г.В. Лампе, немца по национальности, преподавателя английского языка; А.П. Успенского, преподавателя русского языка и латыни в местном мединституте; и др. Из них старательно «выдавливается» имя Клюева как участника и главаря монархической организации (подчеркнем еще раз: несуществующей!). Не все арестованные, правда, дают поначалу нужные следствию показания. Наиболее «податливым» оказался аспирант томского мединститута А.Ф. Голов.
«В разговорах со мной, – показывает Голов, – Ивановский неоднократно рассказывал мне о писателе Клюеве, который выслан в Томск за какие-то контрреволюционные преступления, в частности, он якобы писал и пишет стихи антисоветского направления. Я лично Клюева не знаю. Ивановский неоднократно собирался меня познакомить с ним. Кроме того Ивановский упоминал фамилию Лампе, с которым он поддерживал дружеские отношения, но я с ним ни разу не встречался. Помимо этого Ивановский поддерживал связь с бывшей княгиней Волконской, проживающей в Томске, ее я встречал на квартире Ивановского раза два-три, но он меня с ней не знакомил».
В одном из протоколов допроса, подписанных Головым, который целиком признал свою причастность к контрреволюционной организации, есть также слова о том, что «Клюев и Волконская являются большими авторитетами среди монархических элементов в России и даже за границей... В лице Клюева мы приобрели большого идейного и авторитетного руководителя, который в нужный момент поднимет знамя активной борьбы против тирании большевиков в России... Клюев очень интересуется, кто из научных работников томских вузов имеет связь с заграницей».