Он вернулся в конце августа, в тот хмурый день, когда остатки молчаливой русской армии по мосту, наведенному через бухту, уходили из Севастополя. Пирогов смотрел в зрительную трубу на замолкший Малахов курган, на выгоревшие пустые улицы Корабельной стороны, на обжитое им Дворянское собрание, от которого остались только стены да несколько колонн.
Пирогов добился права подчиняться непосредственно главнокомандующему и получил в полное свое распоряжение все перевязочные пункты и транспортные средства. Военный министр отправил было под сукно пироговскую докладную, но при дворе сочли, что отсутствие Пирогова в Севастополе "ощутительно". Государь с неудовольствием встречал в дворцовых переходах непочтительного профессора в ужасном длиннополом сюртуке взамен форменного мундира, не слишком новом и не слишком опрятном. Все почувствовали облегчение, когда он умчался обратно в Крым, перестал являться на аудиенции, неуступчивый, со своим резким голосом и невозможной откровенностью речи.
Пирогов смотрел в трубу на оставленный уже Севастополь. Нахимов до этого дня не дожил; 28 июня на Малаховой кургане поднялся во весь рост перед французской батареей: "Они сегодня довольно метко целят" — и упал, скошенный пулей. В записной книжке адмирала обнаружили среди прочих и такие пометки: "проверить аптеки", "чайники для раненых", "колодцы очистить и осмотреть", "лодку для Пирогова"…
Всю ночь уходила из Севастополя молчаливая русская армия. Разыгрался ветер. Плавучий мост качало, его захлестывали волны; под тяжестью повозок и орудий дощатые звенья моста, положенные на осмоленные бочки, внезапно погружались в море. Солдаты и матросы шли молча, не замечая, что промокли, что продрогли под порывистым северным ветром. Позади в ленивом мерцании багровых углей костром угасал Севастополь. Позади остались триста сорок девять дней героической обороны. "Надолго оставит в России великие следы эта эпопея Севастополя, которой героем был народ русский", — пророчил Лев Толстой. Крепко вцепившись, чтоб не смыло, в высокий борт санитарной фуры, последней из сестер проследовала по мосту Екатерина Бакунина…
Поток раненых катился на север. Пирогов встречал его в Симферополе. Пользуясь полученными в Петербурге полномочиями, он отобрал транспортировку раненых у интендантов и передал медикам. Он объявил войну "холодным и нежилым притонам" — путевым ночлежкам; от Симферополя до Перекопа устроил тринадцать этапных пунктов — там хозяйничали сестры: держали наготове медикаменты, белье, кипятили чай, готовили горячую пищу.
Осенью 1855 года в Симферополь прибыл Александр Второй. К государеву приезду во всякой команде и во всяком ведомстве белили фасады, прикрывали гирляндами дыры, до блеска ваксили драные сапоги, Пирогов писал из Крыма: "Государь хотел остаться всем довольным и остался…" Когда царь с многолюдной, шумно и весело, будто забыли про войну, переговаривающейся свитой появился в госпитале, Пирогов к нему не вышел: не о чем ему было говорить с царем. Все, что хотел, он уже сказал летом, в столице, прямо во дворце, призванный для аудиенции: сказал о героях — только смерть заставляет их сложить оружие, о безразличии и себялюбии титулованных командиров, сдавших Севастополь до начала его обороны, о преградах на пути всякого доброго дела, о воровстве, проевшем, как ржавчина, и громадный армейский склад, и маленький солдатский котелок. Царь сердился, тряс головой, не желал слушать: "Неправда! Неправда! Не может быть!" Пирогов озлился и, позабыв этикет, отрезал:
— Правда, государь, правда! Я сам это видел!
Из статьи Некрасова в "Современнике": "Одно из самых отрадных убеждений, что всякая личность, отмеченная печатью гения, в то же время соединяет в себе высочайшее развитие лучших свойств человеческой природы — эта истина как нельзя лучше оправдана г. Пироговым… Это подвиг не только медика, но человека… Нет солдата под Севастополем (не говорим уже об офицерах), нет солдатки или матроски, которая не благословляла бы имени г. Пирогова и не учила бы своего ребенка произносить это имя с благоговением. Пройдет война, и эти матросы, солдаты, женщины и дети разнесут имя Пирогова по всем концам России, оно залетит туда, куда не заглядывала еще ни одна русская популярность…"